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Package 208/1823 | Hostname | OS / Arch | INSTALL | BUILD | CHECK | BUILD BIN | ||||||
bumphunter 1.28.0 Rafael A. Irizarry
| malbec1 | Linux (Ubuntu 18.04.4 LTS) / x86_64 | OK | OK | OK | |||||||
tokay1 | Windows Server 2012 R2 Standard / x64 | OK | OK | [ WARNINGS ] | OK | |||||||
merida1 | OS X 10.11.6 El Capitan / x86_64 | OK | OK | OK | OK |
Package: bumphunter |
Version: 1.28.0 |
Command: C:\Users\biocbuild\bbs-3.10-bioc\R\bin\R.exe CMD check --force-multiarch --install=check:bumphunter.install-out.txt --library=C:\Users\biocbuild\bbs-3.10-bioc\R\library --no-vignettes --timings bumphunter_1.28.0.tar.gz |
StartedAt: 2020-04-15 01:44:38 -0400 (Wed, 15 Apr 2020) |
EndedAt: 2020-04-15 01:58:14 -0400 (Wed, 15 Apr 2020) |
EllapsedTime: 815.5 seconds |
RetCode: 0 |
Status: WARNINGS |
CheckDir: bumphunter.Rcheck |
Warnings: 1 |
############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### C:\Users\biocbuild\bbs-3.10-bioc\R\bin\R.exe CMD check --force-multiarch --install=check:bumphunter.install-out.txt --library=C:\Users\biocbuild\bbs-3.10-bioc\R\library --no-vignettes --timings bumphunter_1.28.0.tar.gz ### ############################################################################## ############################################################################## * using log directory 'C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/meat/bumphunter.Rcheck' * using R version 3.6.3 (2020-02-29) * using platform: x86_64-w64-mingw32 (64-bit) * using session charset: ISO8859-1 * using option '--no-vignettes' * checking for file 'bumphunter/DESCRIPTION' ... OK * this is package 'bumphunter' version '1.28.0' * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... NOTE Depends: includes the non-default packages: 'S4Vectors', 'IRanges', 'GenomeInfoDb', 'GenomicRanges', 'foreach', 'iterators', 'parallel', 'locfit' Adding so many packages to the search path is excessive and importing selectively is preferable. * checking if this is a source package ... OK * checking if there is a namespace ... OK * checking for hidden files and directories ... OK * checking for portable file names ... OK * checking whether package 'bumphunter' can be installed ... WARNING Found the following significant warnings: Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/tmpdir/RtmpWQTopZ/R.INSTALL2a7068de667e/bumphunter/man/annotateNearest.Rd:31: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/tmpdir/RtmpWQTopZ/R.INSTALL2a7068de667e/bumphunter/man/annotateNearest.Rd:34: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/tmpdir/RtmpWQTopZ/R.INSTALL2a7068de667e/bumphunter/man/annotateNearest.Rd:59: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/tmpdir/RtmpWQTopZ/R.INSTALL2a7068de667e/bumphunter/man/annotateTranscripts.Rd:39: file link 'mapIds' in package 'AnnotationDbi' does not exist and so has been treated as a topic Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/tmpdir/RtmpWQTopZ/R.INSTALL2a7068de667e/bumphunter/man/matchGenes.Rd:41: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/tmpdir/RtmpWQTopZ/R.INSTALL2a7068de667e/bumphunter/man/matchGenes.Rd:55: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic See 'C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/meat/bumphunter.Rcheck/00install.out' for details. * checking installed package size ... OK * checking package directory ... OK * checking 'build' directory ... OK * checking DESCRIPTION meta-information ... NOTE Malformed Description field: should contain one or more complete sentences. * checking top-level files ... OK * checking for left-over files ... OK * checking index information ... OK * checking package subdirectories ... OK * checking R files for non-ASCII characters ... OK * checking R files for syntax errors ... OK * loading checks for arch 'i386' ** checking whether the package can be loaded ... OK ** checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK ** checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK ** checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK ** checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * loading checks for arch 'x64' ** checking whether the package can be loaded ... OK ** checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK ** checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK ** checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK ** checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * checking dependencies in R code ... NOTE Unexported object imported by a ':::' call: 'doParallel:::.options' See the note in ?`:::` about the use of this operator. * checking S3 generic/method consistency ... OK * checking replacement functions ... OK * checking foreign function calls ... OK * checking R code for possible problems ... NOTE bumphunterEngine: no visible binding for global variable 'bootstraps' Undefined global functions or variables: bootstraps * checking Rd files ... OK * checking Rd metadata ... OK * checking Rd cross-references ... OK * checking for missing documentation entries ... OK * checking for code/documentation mismatches ... OK * checking Rd \usage sections ... OK * checking Rd contents ... OK * checking for unstated dependencies in examples ... OK * checking contents of 'data' directory ... OK * checking data for non-ASCII characters ... OK * checking data for ASCII and uncompressed saves ... OK * checking files in 'vignettes' ... OK * checking examples ... ** running examples for arch 'i386' ... OK Examples with CPU or elapsed time > 5s user system elapsed bumphunter 0.17 0 16.56 smoother 0.03 0 10.37 ** running examples for arch 'x64' ... OK Examples with CPU or elapsed time > 5s user system elapsed bumphunter 0.14 0.06 13.22 smoother 0.05 0.00 15.54 * checking for unstated dependencies in 'tests' ... OK * checking tests ... ** running tests for arch 'i386' ... Running 'runTests.R' Running 'test-all.R' OK ** running tests for arch 'x64' ... Running 'runTests.R' Running 'test-all.R' OK * checking for unstated dependencies in vignettes ... OK * checking package vignettes in 'inst/doc' ... OK * checking running R code from vignettes ... SKIPPED * checking re-building of vignette outputs ... SKIPPED * checking PDF version of manual ... OK * DONE Status: 1 WARNING, 4 NOTEs See 'C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/meat/bumphunter.Rcheck/00check.log' for details.
bumphunter.Rcheck/00install.out
############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### C:\cygwin\bin\curl.exe -O https://malbec1.bioconductor.org/BBS/3.10/bioc/src/contrib/bumphunter_1.28.0.tar.gz && rm -rf bumphunter.buildbin-libdir && mkdir bumphunter.buildbin-libdir && C:\Users\biocbuild\bbs-3.10-bioc\R\bin\R.exe CMD INSTALL --merge-multiarch --build --library=bumphunter.buildbin-libdir bumphunter_1.28.0.tar.gz && C:\Users\biocbuild\bbs-3.10-bioc\R\bin\R.exe CMD INSTALL bumphunter_1.28.0.zip && rm bumphunter_1.28.0.tar.gz bumphunter_1.28.0.zip ### ############################################################################## ############################################################################## % Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current Dload Upload Total Spent Left Speed 0 0 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0 0 2273k 0 0 0 0 0 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 0 100 2273k 100 2273k 0 0 4717k 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 4746k install for i386 * installing *source* package 'bumphunter' ... ** using staged installation ** R ** data *** moving datasets to lazyload DB ** inst ** byte-compile and prepare package for lazy loading ** help *** installing help indices converting help for package 'bumphunter' finding HTML links ... done TT html annotateNearest html Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/tmpdir/RtmpWQTopZ/R.INSTALL2a7068de667e/bumphunter/man/annotateNearest.Rd:31: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/tmpdir/RtmpWQTopZ/R.INSTALL2a7068de667e/bumphunter/man/annotateNearest.Rd:34: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/tmpdir/RtmpWQTopZ/R.INSTALL2a7068de667e/bumphunter/man/annotateNearest.Rd:59: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic annotateTranscripts html Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/tmpdir/RtmpWQTopZ/R.INSTALL2a7068de667e/bumphunter/man/annotateTranscripts.Rd:39: file link 'mapIds' in package 'AnnotationDbi' does not exist and so has been treated as a topic bumphunter html clusterMaker html dummyData html getSegments html locfitByCluster html loessByCluster html matchGenes html Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/tmpdir/RtmpWQTopZ/R.INSTALL2a7068de667e/bumphunter/man/matchGenes.Rd:41: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic Rd warning: C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/tmpdir/RtmpWQTopZ/R.INSTALL2a7068de667e/bumphunter/man/matchGenes.Rd:55: file link 'nearest' in package 'IRanges' does not exist and so has been treated as a topic regionFinder html runmedByCluster html smoother html ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded from temporary location ** testing if installed package can be loaded from final location ** testing if installed package keeps a record of temporary installation path install for x64 * installing *source* package 'bumphunter' ... ** testing if installed package can be loaded * MD5 sums packaged installation of 'bumphunter' as bumphunter_1.28.0.zip * DONE (bumphunter) * installing to library 'C:/Users/biocbuild/bbs-3.10-bioc/R/library' package 'bumphunter' successfully unpacked and MD5 sums checked
bumphunter.Rcheck/tests_i386/runTests.Rout R version 3.6.3 (2020-02-29) -- "Holding the Windsock" Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. > require("bumphunter") || stop("unable to load bumphunter") Loading required package: bumphunter Loading required package: S4Vectors Loading required package: stats4 Loading required package: BiocGenerics Loading required package: parallel Attaching package: 'BiocGenerics' The following objects are masked from 'package:parallel': clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ, clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply, parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB The following objects are masked from 'package:stats': IQR, mad, sd, var, xtabs The following objects are masked from 'package:base': Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append, as.data.frame, basename, cbind, colnames, dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted, lapply, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique, unsplit, which, which.max, which.min Attaching package: 'S4Vectors' The following object is masked from 'package:base': expand.grid Loading required package: IRanges Attaching package: 'IRanges' The following object is masked from 'package:grDevices': windows Loading required package: GenomeInfoDb Loading required package: GenomicRanges Loading required package: foreach Loading required package: iterators Loading required package: locfit locfit 1.5-9.4 2020-03-24 [1] TRUE > BiocGenerics:::testPackage("bumphunter") [bumphunterEngine] Using a single core (backend: doSEQ, version: 1.5.0). [bumphunterEngine] Computing coefficients. [bumphunterEngine] Smoothing coefficients. Loading required package: rngtools [bumphunterEngine] Performing 500 permutations. [bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values. [bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients. [bumphunterEngine] cutoff: 0.28 [bumphunterEngine] Finding regions. [bumphunterEngine] Found 2 bumps. [bumphunterEngine] Computing regions for each permutation. [bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER. [bumphunterEngine] Using a single core (backend: doSEQ, version: 1.5.0). [bumphunterEngine] Computing coefficients. [bumphunterEngine] Smoothing coefficients. [bumphunterEngine] Performing 500 permutations. [bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values. [bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients. [bumphunterEngine] cutoff: 0.28 [bumphunterEngine] Finding regions. [bumphunterEngine] Found 2 bumps. [bumphunterEngine] Computing regions for each permutation. [bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER. Loading required package: doParallel [bumphunterEngine] Parallelizing using 2 workers/cores (backend: doParallelSNOW, version: 1.0.15). [bumphunterEngine] Computing coefficients. [bumphunterEngine] Smoothing coefficients. [bumphunterEngine] Performing 500 permutations. [bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values. [bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients. [bumphunterEngine] cutoff: 0.28 [bumphunterEngine] Finding regions. [bumphunterEngine] Found 2 bumps. [bumphunterEngine] Computing regions for each permutation. [bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER. [bumphunterEngine] Parallelizing using 2 workers/cores (backend: doParallelSNOW, version: 1.0.15). [bumphunterEngine] Computing coefficients. [bumphunterEngine] Smoothing coefficients. [bumphunterEngine] Performing 500 permutations. [bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values. [bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients. [bumphunterEngine] cutoff: 0.28 [bumphunterEngine] Finding regions. [bumphunterEngine] Found 2 bumps. [bumphunterEngine] Computing regions for each permutation. [bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER. RUNIT TEST PROTOCOL -- Wed Apr 15 01:51:18 2020 *********************************************** Number of test functions: 5 Number of errors: 0 Number of failures: 0 1 Test Suite : bumphunter RUnit Tests - 5 test functions, 0 errors, 0 failures Number of test functions: 5 Number of errors: 0 Number of failures: 0 > > proc.time() user system elapsed 12.95 1.23 46.90 |
bumphunter.Rcheck/tests_x64/runTests.Rout R version 3.6.3 (2020-02-29) -- "Holding the Windsock" Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. > require("bumphunter") || stop("unable to load bumphunter") Loading required package: bumphunter Loading required package: S4Vectors Loading required package: stats4 Loading required package: BiocGenerics Loading required package: parallel Attaching package: 'BiocGenerics' The following objects are masked from 'package:parallel': clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ, clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply, parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB The following objects are masked from 'package:stats': IQR, mad, sd, var, xtabs The following objects are masked from 'package:base': Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append, as.data.frame, basename, cbind, colnames, dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted, lapply, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique, unsplit, which, which.max, which.min Attaching package: 'S4Vectors' The following object is masked from 'package:base': expand.grid Loading required package: IRanges Attaching package: 'IRanges' The following object is masked from 'package:grDevices': windows Loading required package: GenomeInfoDb Loading required package: GenomicRanges Loading required package: foreach Loading required package: iterators Loading required package: locfit locfit 1.5-9.4 2020-03-24 [1] TRUE > BiocGenerics:::testPackage("bumphunter") [bumphunterEngine] Using a single core (backend: doSEQ, version: 1.5.0). [bumphunterEngine] Computing coefficients. [bumphunterEngine] Smoothing coefficients. Loading required package: rngtools [bumphunterEngine] Performing 500 permutations. [bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values. [bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients. [bumphunterEngine] cutoff: 0.28 [bumphunterEngine] Finding regions. [bumphunterEngine] Found 2 bumps. [bumphunterEngine] Computing regions for each permutation. [bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER. [bumphunterEngine] Using a single core (backend: doSEQ, version: 1.5.0). [bumphunterEngine] Computing coefficients. [bumphunterEngine] Smoothing coefficients. [bumphunterEngine] Performing 500 permutations. [bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values. [bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients. [bumphunterEngine] cutoff: 0.28 [bumphunterEngine] Finding regions. [bumphunterEngine] Found 2 bumps. [bumphunterEngine] Computing regions for each permutation. [bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER. Loading required package: doParallel [bumphunterEngine] Parallelizing using 2 workers/cores (backend: doParallelSNOW, version: 1.0.15). [bumphunterEngine] Computing coefficients. [bumphunterEngine] Smoothing coefficients. [bumphunterEngine] Performing 500 permutations. [bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values. [bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients. [bumphunterEngine] cutoff: 0.28 [bumphunterEngine] Finding regions. [bumphunterEngine] Found 2 bumps. [bumphunterEngine] Computing regions for each permutation. [bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER. [bumphunterEngine] Parallelizing using 2 workers/cores (backend: doParallelSNOW, version: 1.0.15). [bumphunterEngine] Computing coefficients. [bumphunterEngine] Smoothing coefficients. [bumphunterEngine] Performing 500 permutations. [bumphunterEngine] Computing marginal permutation p-values. [bumphunterEngine] Smoothing permutation coefficients. [bumphunterEngine] cutoff: 0.28 [bumphunterEngine] Finding regions. [bumphunterEngine] Found 2 bumps. [bumphunterEngine] Computing regions for each permutation. [bumphunterEngine] Estimating p-values and FWER. RUNIT TEST PROTOCOL -- Wed Apr 15 01:54:49 2020 *********************************************** Number of test functions: 5 Number of errors: 0 Number of failures: 0 1 Test Suite : bumphunter RUnit Tests - 5 test functions, 0 errors, 0 failures Number of test functions: 5 Number of errors: 0 Number of failures: 0 > > proc.time() user system elapsed 16.12 0.32 47.26 |
bumphunter.Rcheck/tests_i386/test-all.Rout R version 3.6.3 (2020-02-29) -- "Holding the Windsock" Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. > library('testthat') > test_check('bumphunter') Loading required package: bumphunter Loading required package: S4Vectors Loading required package: stats4 Loading required package: BiocGenerics Loading required package: parallel Attaching package: 'BiocGenerics' The following objects are masked from 'package:parallel': clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ, clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply, parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB The following objects are masked from 'package:stats': IQR, mad, sd, var, xtabs The following objects are masked from 'package:base': Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append, as.data.frame, basename, cbind, colnames, dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted, lapply, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique, unsplit, which, which.max, which.min Attaching package: 'S4Vectors' The following object is masked from 'package:base': expand.grid Loading required package: IRanges Attaching package: 'IRanges' The following object is masked from 'package:grDevices': windows Loading required package: GenomeInfoDb Loading required package: GenomicRanges Loading required package: foreach Loading required package: iterators Loading required package: locfit locfit 1.5-9.4 2020-03-24 trying URL 'ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_25/gencode.v25.annotation.gtf.gz' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....... downloaded 37.0 MB == testthat results =========================================================== [ OK: 15 | SKIPPED: 0 | WARNINGS: 1 | FAILED: 0 ] > > proc.time() user system elapsed 145.29 5.10 162.50 |
bumphunter.Rcheck/tests_x64/test-all.Rout R version 3.6.3 (2020-02-29) -- "Holding the Windsock" Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. > library('testthat') > test_check('bumphunter') Loading required package: bumphunter Loading required package: S4Vectors Loading required package: stats4 Loading required package: BiocGenerics Loading required package: parallel Attaching package: 'BiocGenerics' The following objects are masked from 'package:parallel': clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ, clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply, parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB The following objects are masked from 'package:stats': IQR, mad, sd, var, xtabs The following objects are masked from 'package:base': Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append, as.data.frame, basename, cbind, colnames, dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted, lapply, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique, unsplit, which, which.max, which.min Attaching package: 'S4Vectors' The following object is masked from 'package:base': expand.grid Loading required package: IRanges Attaching package: 'IRanges' The following object is masked from 'package:grDevices': windows Loading required package: GenomeInfoDb Loading required package: GenomicRanges Loading required package: foreach Loading required package: iterators Loading required package: locfit locfit 1.5-9.4 2020-03-24 trying URL 'ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_25/gencode.v25.annotation.gtf.gz' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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bumphunter.Rcheck/examples_i386/bumphunter-Ex.timings
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bumphunter.Rcheck/examples_x64/bumphunter-Ex.timings
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