Multiple platform build/check report for BioC 3.9 - CHECK report for recount on tokay2


R Under development (unstable) (2019-03-09 r76216) -- "Unsuffered Consequences"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> ## Disable the tests if the system variable 'R_DISABLE_TESTS' is set to TRUE
> 
> flag <- as.logical(Sys.getenv('R_DISABLE_TESTS'))
> if(is.na(flag) | flag == FALSE) {
+     library('testthat')
+     test_check('recount')
+ }
Loading required package: recount
Loading required package: SummarizedExperiment
Loading required package: GenomicRanges
Loading required package: stats4
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel

Attaching package: 'BiocGenerics'

The following objects are masked from 'package:parallel':

    clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
    clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
    parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB

The following objects are masked from 'package:stats':

    IQR, mad, sd, var, xtabs

The following objects are masked from 'package:base':

    Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
    as.data.frame, basename, cbind, colMeans, colSums, colnames,
    dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl,
    intersect, is.unsorted, lapply, mapply, match, mget, order, paste,
    pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind, rowMeans, rowSums,
    rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique,
    unsplit, which, which.max, which.min

Loading required package: S4Vectors

Attaching package: 'S4Vectors'

The following object is masked from 'package:base':

    expand.grid

Loading required package: IRanges

Attaching package: 'IRanges'

The following object is masked from 'package:grDevices':

    windows

Loading required package: GenomeInfoDb
Loading required package: Biobase
Welcome to Bioconductor

    Vignettes contain introductory material; view with
    'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see
    'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.

Loading required package: DelayedArray
Loading required package: matrixStats

Attaching package: 'matrixStats'

The following objects are masked from 'package:Biobase':

    anyMissing, rowMedians

Loading required package: BiocParallel

Attaching package: 'DelayedArray'

The following objects are masked from 'package:matrixStats':

    colMaxs, colMins, colRanges, rowMaxs, rowMins, rowRanges

The following objects are masked from 'package:base':

    aperm, apply, rowsum

Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)
trying URL 'ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_25/gencode.v25.annotation.gff3.gz'
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trying URL 'http://duffel.rail.bio/recount/SRP002001/bw/SRR036661.bw'
Content type 'text/plain; charset=UTF-8' length 19539759 bytes (18.6 MB)
==================================================
downloaded 18.6 MB

trying URL 'http://duffel.rail.bio/recount/SRP002001/bw/mean_SRP002001.bw'
Content type 'text/plain; charset=UTF-8' length 50936703 bytes (48.6 MB)
==================================================
downloaded 48.6 MB

trying URL 'https://github.com/leekgroup/recount-website/blob/master/metadata/metadata_clean_sra.Rdata?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 2531337 bytes (2.4 MB)
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downloaded 2.4 MB

trying URL 'http://duffel.rail.bio/recount/SRP036843/SRP036843.tsv'
Content type 'text/tab-separated-values' length 1278 bytes
==================================================
downloaded 1278 bytes

trying URL 'http://duffel.rail.bio/recount/SRP029334/SRP029334.tsv'
Content type 'text/tab-separated-values' length 50296 bytes (49 KB)
==================================================
downloaded 49 KB

trying URL 'http://duffel.rail.bio/recount/SRP050563/SRP050563.tsv'
Content type 'text/tab-separated-values' length 1296 bytes
==================================================
downloaded 1296 bytes

trying URL 'http://duffel.rail.bio/recount/SRP055438/SRP055438.tsv'
Content type 'text/tab-separated-values' length 13953 bytes (13 KB)
==================================================
downloaded 13 KB

trying URL 'http://duffel.rail.bio/recount/SRP055749/SRP055749.tsv'
Content type 'text/tab-separated-values' length 4823 bytes
==================================================
downloaded 4823 bytes

trying URL 'http://duffel.rail.bio/recount/SRP058120/SRP058120.tsv'
Content type 'text/tab-separated-values' length 9768 bytes
==================================================
downloaded 9768 bytes

trying URL 'http://duffel.rail.bio/recount/SRP005342/SRP005342.tsv'
Content type 'text/tab-separated-values' length 3628 bytes
==================================================
downloaded 3628 bytes

trying URL 'http://duffel.rail.bio/recount/SRP007508/SRP007508.tsv'
Content type 'text/tab-separated-values' length 1801 bytes
==================================================
downloaded 1801 bytes

trying URL 'http://duffel.rail.bio/recount/SRP015668/SRP015668.tsv'
Content type 'text/tab-separated-values' length 11186 bytes (10 KB)
==================================================
downloaded 10 KB

trying URL 'https://github.com/leekgroup/recount-website/blob/master/metadata/metadata_clean_tcga.Rdata?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 16334695 bytes (15.6 MB)
==================================================
downloaded 15.6 MB

trying URL 'https://github.com/leekgroup/recount-website/blob/master/predictions/PredictedPhenotypes_v0.0.06.rda?raw=true'
Content type 'application/octet-stream' length 548129 bytes (535 KB)
==================================================
downloaded 535 KB

Loading objects:
  PredictedPhenotypes
trying URL 'http://duffel.rail.bio/recount/v2/DRP000499/rse_gene.Rdata'
Content type 'application/octet-stream' length 4636353 bytes (4.4 MB)
==================================================
downloaded 4.4 MB

== testthat results  ===========================================================
OK: 56 SKIPPED: 0 FAILED: 0
> 
> proc.time()
   user  system elapsed 
 167.70   31.95  868.07


R Under development (unstable) (2019-03-09 r76216) -- "Unsuffered Consequences"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> ## Disable the tests if the system variable 'R_DISABLE_TESTS' is set to TRUE
> 
> flag <- as.logical(Sys.getenv('R_DISABLE_TESTS'))
> if(is.na(flag) | flag == FALSE) {
+     library('testthat')
+     test_check('recount')
+ }
Loading required package: recount
Loading required package: SummarizedExperiment
Loading required package: GenomicRanges
Loading required package: stats4
Loading required package: BiocGenerics
Loading required package: parallel

Attaching package: 'BiocGenerics'

The following objects are masked from 'package:parallel':

    clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
    clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
    parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB

The following objects are masked from 'package:stats':

    IQR, mad, sd, var, xtabs

The following objects are masked from 'package:base':

    Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append,
    as.data.frame, basename, cbind, colMeans, colSums, colnames,
    dirname, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl,
    intersect, is.unsorted, lapply, mapply, match, mget, order, paste,
    pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind, rowMeans, rowSums,
    rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique,
    unsplit, which, which.max, which.min

Loading required package: S4Vectors

Attaching package: 'S4Vectors'

The following object is masked from 'package:base':

    expand.grid

Loading required package: IRanges

Attaching package: 'IRanges'

The following object is masked from 'package:grDevices':

    windows

Loading required package: GenomeInfoDb
Loading required package: Biobase
Welcome to Bioconductor

    Vignettes contain introductory material; view with
    'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see
    'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'.

Loading required package: DelayedArray
Loading required package: matrixStats

Attaching package: 'matrixStats'

The following objects are masked from 'package:Biobase':

    anyMissing, rowMedians

Loading required package: BiocParallel

Attaching package: 'DelayedArray'

The following objects are masked from 'package:matrixStats':

    colMaxs, colMins, colRanges, rowMaxs, rowMins, rowRanges

The following objects are masked from 'package:base':

    aperm, apply, rowsum

Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')
Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)
trying URL 'ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_25/gencode.v25.annotation.gff3.gz'
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downloaded 10 KB

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downloaded 15.6 MB

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downloaded 535 KB

Loading objects:
  PredictedPhenotypes
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downloaded 4.4 MB

== testthat results  ===========================================================
OK: 56 SKIPPED: 0 FAILED: 0
> 
> proc.time()
   user  system elapsed 
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