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Package 420/1069 | Hostname | OS / Arch | INSTALL | BUILD | CHECK | BUILD BIN | |||||
GEOquery 2.35.5 Sean Davis
| zin1 | Linux (Ubuntu 14.04.2 LTS) / x86_64 | OK | OK | OK | ||||||
moscato1 | Windows Server 2008 R2 Enterprise SP1 (64-bit) / x64 | OK | OK | [ ERROR ] | OK | ||||||
perceval | Mac OS X Snow Leopard (10.6.8) / x86_64 | OK | OK | OK | OK | ||||||
oaxaca | Mac OS X Mavericks (10.9.5) / x86_64 | OK | OK | OK | OK |
Package: GEOquery |
Version: 2.35.5 |
Command: rm -rf GEOquery.buildbin-libdir GEOquery.Rcheck && mkdir GEOquery.buildbin-libdir GEOquery.Rcheck && D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\R\bin\R.exe CMD INSTALL --build --merge-multiarch --library=GEOquery.buildbin-libdir GEOquery_2.35.5.tar.gz >GEOquery.Rcheck\00install.out 2>&1 && cp GEOquery.Rcheck\00install.out GEOquery-install.out && D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\R\bin\R.exe CMD check --library=GEOquery.buildbin-libdir --install="check:GEOquery-install.out" --force-multiarch --no-vignettes --timings GEOquery_2.35.5.tar.gz |
StartedAt: 2015-08-20 05:05:36 -0700 (Thu, 20 Aug 2015) |
EndedAt: 2015-08-20 05:21:02 -0700 (Thu, 20 Aug 2015) |
EllapsedTime: 926.2 seconds |
RetCode: 1 |
Status: ERROR |
CheckDir: GEOquery.Rcheck |
Warnings: NA |
############################################################################## ############################################################################## ### ### Running command: ### ### rm -rf GEOquery.buildbin-libdir GEOquery.Rcheck && mkdir GEOquery.buildbin-libdir GEOquery.Rcheck && D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\R\bin\R.exe CMD INSTALL --build --merge-multiarch --library=GEOquery.buildbin-libdir GEOquery_2.35.5.tar.gz >GEOquery.Rcheck\00install.out 2>&1 && cp GEOquery.Rcheck\00install.out GEOquery-install.out && D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\R\bin\R.exe CMD check --library=GEOquery.buildbin-libdir --install="check:GEOquery-install.out" --force-multiarch --no-vignettes --timings GEOquery_2.35.5.tar.gz ### ############################################################################## ############################################################################## * using log directory 'D:/biocbld/bbs-3.2-bioc/meat/GEOquery.Rcheck' * using R version 3.2.2 (2015-08-14) * using platform: x86_64-w64-mingw32 (64-bit) * using session charset: ISO8859-1 * using option '--no-vignettes' * checking for file 'GEOquery/DESCRIPTION' ... OK * checking extension type ... Package * this is package 'GEOquery' version '2.35.5' * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... OK * checking if this is a source package ... OK * checking if there is a namespace ... OK * checking for hidden files and directories ... OK * checking for portable file names ... OK * checking whether package 'GEOquery' can be installed ... OK * checking installed package size ... NOTE installed size is 13.8Mb sub-directories of 1Mb or more: extdata 12.8Mb * checking package directory ... OK * checking 'build' directory ... OK * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * checking top-level files ... OK * checking for left-over files ... OK * checking index information ... OK * checking package subdirectories ... OK * checking R files for non-ASCII characters ... OK * checking R files for syntax errors ... OK * loading checks for arch 'i386' ** checking whether the package can be loaded ... OK ** checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK ** checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK ** checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK ** checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * loading checks for arch 'x64' ** checking whether the package can be loaded ... OK ** checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK ** checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK ** checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK ** checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * checking dependencies in R code ... NOTE 'library' or 'require' call to 'limma' in package code. Please use :: or requireNamespace() instead. See section 'Suggested packages' in the 'Writing R Extensions' manual. Package in Depends field not imported from: 'Biobase' These packages need to be imported from (in the NAMESPACE file) for when this namespace is loaded but not attached. * checking S3 generic/method consistency ... OK * checking replacement functions ... OK * checking foreign function calls ... OK * checking R code for possible problems ... NOTE File 'GEOquery/R/zzz.R': .onLoad calls: packageStartupMessage("Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto')") See section 'Good practice' in '?.onAttach'. GDS2MA: no visible binding for global variable 'MA' * checking Rd files ... OK * checking Rd metadata ... OK * checking Rd cross-references ... OK * checking for missing documentation entries ... OK * checking for code/documentation mismatches ... OK * checking Rd \usage sections ... OK * checking Rd contents ... OK * checking for unstated dependencies in examples ... OK * checking installed files from 'inst/doc' ... OK * checking files in 'vignettes' ... OK * checking examples ... ** running examples for arch 'i386' ... [8s] OK Examples with CPU or elapsed time > 5s user system elapsed getGSEDataTables 0.03 0 7 ** running examples for arch 'x64' ... [13s] OK Examples with CPU or elapsed time > 5s user system elapsed getGSEDataTables 0.04 0.01 11.02 * checking for unstated dependencies in 'tests' ... OK * checking tests ... ** running tests for arch 'i386' ... Running 'runTests.R' [415s] Warning message: running command '"D:/biocbld/BBS-3˜1.2-B/R/bin/i386/R" CMD BATCH --vanilla "runTests.R" "runTests.Rout"' had status 1 ERROR Running the tests in 'tests/runTests.R' failed. Last 13 lines of output: 1 Test Suite : GEOquery RUnit Tests - 14 test functions, 0 errors, 1 failure FAILURE in testSuppFileSupport: Error in checkEquals(10, ncol(fres)) : Mean relative difference: 0.3 Test files with failing tests test_SuppFileSupport.R testSuppFileSupport Error in BiocGenerics:::testPackage("GEOquery") : unit tests failed for package GEOquery Execution halted ** running tests for arch 'x64' ... Running 'runTests.R' [406s] Warning message: running command '"D:/biocbld/BBS-3˜1.2-B/R/bin/x64/R" CMD BATCH --vanilla "runTests.R" "runTests.Rout"' had status 1 ERROR Running the tests in 'tests/runTests.R' failed. Last 13 lines of output: 1 Test Suite : GEOquery RUnit Tests - 14 test functions, 0 errors, 1 failure FAILURE in testSuppFileSupport: Error in checkEquals(10, ncol(fres)) : Mean relative difference: 0.3 Test files with failing tests test_SuppFileSupport.R testSuppFileSupport Error in BiocGenerics:::testPackage("GEOquery") : unit tests failed for package GEOquery Execution halted * checking for unstated dependencies in vignettes ... OK * checking package vignettes in 'inst/doc' ... OK * checking running R code from vignettes ... SKIPPED * checking re-building of vignette outputs ... SKIPPED * checking PDF version of manual ... OK * DONE Status: 2 ERRORs, 3 NOTEs See 'D:/biocbld/bbs-3.2-bioc/meat/GEOquery.Rcheck/00check.log' for details.
GEOquery.Rcheck/tests_i386/runTests.Rout.fail:
R version 3.2.2 (2015-08-14) -- "Fire Safety" Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. > BiocGenerics:::testPackage("GEOquery") Attaching package: 'BiocGenerics' The following objects are masked from 'package:parallel': clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ, clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply, parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB The following objects are masked from 'package:stats': IQR, mad, xtabs The following objects are masked from 'package:base': Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted, lapply, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind, rep.int, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique, unlist, unsplit Welcome to Bioconductor Vignettes contain introductory material; view with 'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see 'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'. Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto') ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE35nnn/GSE35683/matrix/ Found 1 file(s) GSE35683_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE35nnn/GSE35683/matrix/GSE35683_series_matrix.txt.gz' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......... downloaded 5.5 MB File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\RtmpaQHjdk/GPL570.soft ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE11nnn/GSE11413/matrix/ Found 1 file(s) GSE11413_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE11nnn/GSE11413/matrix/GSE11413_series_matrix.txt.gz' ... downloaded 3984 bytes File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\RtmpaQHjdk/GPL5082.soft File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\RtmpaQHjdk/GPL97.annot.gz Loading required package: limma Attaching package: 'limma' The following object is masked from 'package:BiocGenerics': plotMA File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\RtmpaQHjdk/GPL96.soft File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\RtmpaQHjdk/GSM11805.soft File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\RtmpaQHjdk/GPL4133.soft File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\RtmpaQHjdk/GSE1563.soft.gz Parsing.... Found 63 entities... GPL8300 (1 of 63 entities) GSM26805 (2 of 63 entities) GSM26806 (3 of 63 entities) GSM26807 (4 of 63 entities) GSM26808 (5 of 63 entities) GSM26809 (6 of 63 entities) GSM26810 (7 of 63 entities) GSM26811 (8 of 63 entities) GSM26812 (9 of 63 entities) GSM26813 (10 of 63 entities) GSM26814 (11 of 63 entities) GSM26815 (12 of 63 entities) GSM26816 (13 of 63 entities) GSM26817 (14 of 63 entities) GSM26818 (15 of 63 entities) GSM26819 (16 of 63 entities) GSM26820 (17 of 63 entities) GSM26821 (18 of 63 entities) GSM26822 (19 of 63 entities) GSM26823 (20 of 63 entities) GSM26824 (21 of 63 entities) GSM26825 (22 of 63 entities) GSM26826 (23 of 63 entities) GSM26827 (24 of 63 entities) GSM26828 (25 of 63 entities) GSM26829 (26 of 63 entities) GSM26830 (27 of 63 entities) GSM26831 (28 of 63 entities) GSM26832 (29 of 63 entities) GSM26833 (30 of 63 entities) GSM26834 (31 of 63 entities) GSM26835 (32 of 63 entities) GSM26836 (33 of 63 entities) GSM26837 (34 of 63 entities) GSM26838 (35 of 63 entities) GSM26839 (36 of 63 entities) GSM26840 (37 of 63 entities) GSM26841 (38 of 63 entities) GSM26842 (39 of 63 entities) GSM26843 (40 of 63 entities) GSM26844 (41 of 63 entities) GSM26845 (42 of 63 entities) GSM26846 (43 of 63 entities) GSM26847 (44 of 63 entities) GSM26848 (45 of 63 entities) GSM26849 (46 of 63 entities) GSM26850 (47 of 63 entities) GSM26851 (48 of 63 entities) GSM26852 (49 of 63 entities) GSM26853 (50 of 63 entities) GSM26854 (51 of 63 entities) GSM26855 (52 of 63 entities) GSM26856 (53 of 63 entities) GSM26857 (54 of 63 entities) GSM26858 (55 of 63 entities) GSM26859 (56 of 63 entities) GSM26860 (57 of 63 entities) GSM26861 (58 of 63 entities) GSM26862 (59 of 63 entities) GSM26863 (60 of 63 entities) GSM26864 (61 of 63 entities) GSM26865 (62 of 63 entities) GSM26866 (63 of 63 entities) File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\RtmpaQHjdk/GPL15505.soft ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE34nnn/GSE34145/matrix/ Found 2 file(s) GSE34145-GPL15796_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE34nnn/GSE34145/matrix/GSE34145-GPL15796_series_matrix.txt.gz' ...... downloaded 6643 bytes File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\RtmpaQHjdk/GPL15796.soft GSE34145-GPL6102_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE34nnn/GSE34145/matrix/GSE34145-GPL6102_series_matrix.txt.gz' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\RtmpaQHjdk/GPL6102.soft ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE11nnn/GSE11595/matrix/ Found 2 file(s) GSE11595-GPL3906_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE11nnn/GSE11595/matrix/GSE11595-GPL3906_series_matrix.txt.gz' .......... .......... .......... .......... .......... ........ downloaded 58 KB File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\RtmpaQHjdk/GPL3906.soft GSE11595-GPL4348_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE11nnn/GSE11595/matrix/GSE11595-GPL4348_series_matrix.txt.gz' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ... downloaded 1.5 MB File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\RtmpaQHjdk/GPL4348.soft ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE1nnn/GSE1000/suppl/ trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE1nnn/GSE1000/suppl//GSE1000_RAW.tar' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... downloaded 33.7 MB trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE1nnn/GSE1000/suppl//filelist.txt' downloaded 621 bytes Timing stopped at: 0.22 0.27 26.36 Error in checkEquals(10, ncol(fres)) : Mean relative difference: 0.3 In addition: There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50) File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\RtmpaQHjdk/GDS10.soft.gz ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE2nnn/GSE2553/matrix/ Found 1 file(s) GSE2553_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE2nnn/GSE2553/matrix/GSE2553_series_matrix.txt.gz' .......... .......... .......... 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.......... .......... .......... .......... .......... .......... .. downloaded 8.1 MB RUNIT TEST PROTOCOL -- Thu Aug 20 05:14:10 2015 *********************************************** Number of test functions: 14 Number of errors: 0 Number of failures: 1 1 Test Suite : GEOquery RUnit Tests - 14 test functions, 0 errors, 1 failure FAILURE in testSuppFileSupport: Error in checkEquals(10, ncol(fres)) : Mean relative difference: 0.3 Test files with failing tests test_SuppFileSupport.R testSuppFileSupport Error in BiocGenerics:::testPackage("GEOquery") : unit tests failed for package GEOquery Execution halted
GEOquery.Rcheck/tests_x64/runTests.Rout.fail:
R version 3.2.2 (2015-08-14) -- "Fire Safety" Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under certain conditions. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. R is a collaborative project with many contributors. Type 'contributors()' for more information and 'citation()' on how to cite R or R packages in publications. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. > BiocGenerics:::testPackage("GEOquery") Attaching package: 'BiocGenerics' The following objects are masked from 'package:parallel': clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ, clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply, parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB The following objects are masked from 'package:stats': IQR, mad, xtabs The following objects are masked from 'package:base': Filter, Find, Map, Position, Reduce, anyDuplicated, append, as.data.frame, as.vector, cbind, colnames, do.call, duplicated, eval, evalq, get, grep, grepl, intersect, is.unsorted, lapply, mapply, match, mget, order, paste, pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, rank, rbind, rep.int, rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique, unlist, unsplit Welcome to Bioconductor Vignettes contain introductory material; view with 'browseVignettes()'. To cite Bioconductor, see 'citation("Biobase")', and for packages 'citation("pkgname")'. Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto') ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE35nnn/GSE35683/matrix/ Found 1 file(s) GSE35683_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE35nnn/GSE35683/matrix/GSE35683_series_matrix.txt.gz' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ......... downloaded 5.5 MB File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\Rtmp2HwAdi/GPL570.soft ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE11nnn/GSE11413/matrix/ Found 1 file(s) GSE11413_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE11nnn/GSE11413/matrix/GSE11413_series_matrix.txt.gz' ... downloaded 3984 bytes File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\Rtmp2HwAdi/GPL5082.soft File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\Rtmp2HwAdi/GPL97.annot.gz Loading required package: limma Attaching package: 'limma' The following object is masked from 'package:BiocGenerics': plotMA File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\Rtmp2HwAdi/GPL96.soft File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\Rtmp2HwAdi/GSM11805.soft File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\Rtmp2HwAdi/GPL4133.soft File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\Rtmp2HwAdi/GSE1563.soft.gz Parsing.... Found 63 entities... GPL8300 (1 of 63 entities) GSM26805 (2 of 63 entities) GSM26806 (3 of 63 entities) GSM26807 (4 of 63 entities) GSM26808 (5 of 63 entities) GSM26809 (6 of 63 entities) GSM26810 (7 of 63 entities) GSM26811 (8 of 63 entities) GSM26812 (9 of 63 entities) GSM26813 (10 of 63 entities) GSM26814 (11 of 63 entities) GSM26815 (12 of 63 entities) GSM26816 (13 of 63 entities) GSM26817 (14 of 63 entities) GSM26818 (15 of 63 entities) GSM26819 (16 of 63 entities) GSM26820 (17 of 63 entities) GSM26821 (18 of 63 entities) GSM26822 (19 of 63 entities) GSM26823 (20 of 63 entities) GSM26824 (21 of 63 entities) GSM26825 (22 of 63 entities) GSM26826 (23 of 63 entities) GSM26827 (24 of 63 entities) GSM26828 (25 of 63 entities) GSM26829 (26 of 63 entities) GSM26830 (27 of 63 entities) GSM26831 (28 of 63 entities) GSM26832 (29 of 63 entities) GSM26833 (30 of 63 entities) GSM26834 (31 of 63 entities) GSM26835 (32 of 63 entities) GSM26836 (33 of 63 entities) GSM26837 (34 of 63 entities) GSM26838 (35 of 63 entities) GSM26839 (36 of 63 entities) GSM26840 (37 of 63 entities) GSM26841 (38 of 63 entities) GSM26842 (39 of 63 entities) GSM26843 (40 of 63 entities) GSM26844 (41 of 63 entities) GSM26845 (42 of 63 entities) GSM26846 (43 of 63 entities) GSM26847 (44 of 63 entities) GSM26848 (45 of 63 entities) GSM26849 (46 of 63 entities) GSM26850 (47 of 63 entities) GSM26851 (48 of 63 entities) GSM26852 (49 of 63 entities) GSM26853 (50 of 63 entities) GSM26854 (51 of 63 entities) GSM26855 (52 of 63 entities) GSM26856 (53 of 63 entities) GSM26857 (54 of 63 entities) GSM26858 (55 of 63 entities) GSM26859 (56 of 63 entities) GSM26860 (57 of 63 entities) GSM26861 (58 of 63 entities) GSM26862 (59 of 63 entities) GSM26863 (60 of 63 entities) GSM26864 (61 of 63 entities) GSM26865 (62 of 63 entities) GSM26866 (63 of 63 entities) File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\Rtmp2HwAdi/GPL15505.soft ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE34nnn/GSE34145/matrix/ Found 2 file(s) GSE34145-GPL15796_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE34nnn/GSE34145/matrix/GSE34145-GPL15796_series_matrix.txt.gz' ...... downloaded 6643 bytes File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\Rtmp2HwAdi/GPL15796.soft GSE34145-GPL6102_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE34nnn/GSE34145/matrix/GSE34145-GPL6102_series_matrix.txt.gz' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\Rtmp2HwAdi/GPL6102.soft ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE11nnn/GSE11595/matrix/ Found 2 file(s) GSE11595-GPL3906_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE11nnn/GSE11595/matrix/GSE11595-GPL3906_series_matrix.txt.gz' .......... .......... .......... .......... .......... ........ downloaded 58 KB File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\Rtmp2HwAdi/GPL3906.soft GSE11595-GPL4348_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE11nnn/GSE11595/matrix/GSE11595-GPL4348_series_matrix.txt.gz' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ... downloaded 1.5 MB File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\Rtmp2HwAdi/GPL4348.soft ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE1nnn/GSE1000/suppl/ trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE1nnn/GSE1000/suppl//GSE1000_RAW.tar' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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.......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... downloaded 33.7 MB trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE1nnn/GSE1000/suppl//filelist.txt' downloaded 621 bytes Timing stopped at: 0.16 0.36 17.77 Error in checkEquals(10, ncol(fres)) : Mean relative difference: 0.3 In addition: There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50) File stored at: D:\biocbld\bbs-3.2-bioc\tmpdir\Rtmp2HwAdi/GDS10.soft.gz ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE2nnn/GSE2553/matrix/ Found 1 file(s) GSE2553_series_matrix.txt.gz trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE2nnn/GSE2553/matrix/GSE2553_series_matrix.txt.gz' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... 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.......... .......... .......... .......... .......... .......... .. downloaded 8.1 MB RUNIT TEST PROTOCOL -- Thu Aug 20 05:20:57 2015 *********************************************** Number of test functions: 14 Number of errors: 0 Number of failures: 1 1 Test Suite : GEOquery RUnit Tests - 14 test functions, 0 errors, 1 failure FAILURE in testSuppFileSupport: Error in checkEquals(10, ncol(fres)) : Mean relative difference: 0.3 Test files with failing tests test_SuppFileSupport.R testSuppFileSupport Error in BiocGenerics:::testPackage("GEOquery") : unit tests failed for package GEOquery Execution halted
GEOquery.Rcheck/00install.out:
install for i386 * installing *source* package 'GEOquery' ... ** R ** inst ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded install for x64 * installing *source* package 'GEOquery' ... ** testing if installed package can be loaded * MD5 sums packaged installation of 'GEOquery' as GEOquery_2.35.5.zip * DONE (GEOquery)
GEOquery.Rcheck/examples_i386/GEOquery-Ex.timings:
name | user | system | elapsed | |
GDS2MA | 0 | 0 | 0 | |
getGEO | 0 | 0 | 0 | |
getGEOSuppFiles | 0.02 | 0.00 | 0.02 | |
getGEOfile | 0 | 0 | 0 | |
getGSEDataTables | 0.03 | 0.00 | 7.00 | |
GEOquery.Rcheck/examples_x64/GEOquery-Ex.timings:
name | user | system | elapsed | |
GDS2MA | 0 | 0 | 0 | |
getGEO | 0 | 0 | 0 | |
getGEOSuppFiles | 0 | 0 | 0 | |
getGEOfile | 0 | 0 | 0 | |
getGSEDataTables | 0.04 | 0.01 | 11.02 | |