See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2024-06-04 03:45:34 -0400 (Tue, 04 Jun 2024).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocVersion (58754)
2GenomeInfoDb (57167)
3BiocGenerics (55699)
4S4Vectors (54690)
5IRanges (51052)
6zlibbioc (50903)
7XVector (47755)
8Biobase (47485)
9Biostrings (45403)
10DelayedArray (43080)
11GenomicRanges (42136)
12BiocParallel (41814)
13MatrixGenerics (40002)
14SummarizedExperiment (38282)
15AnnotationDbi (36690)
16S4Arrays (36050)
17KEGGREST (35595)
18limma (31601)
19BiocFileCache (26080)
20Rhtslib (24360)
21biomaRt (23993)
22GenomicAlignments (23873)
23SparseArray (23860)
24Rhdf5lib (23474)
25Rsamtools (23256)
26edgeR (22976)
27DESeq2 (21564)
28rtracklayer (21395)
29ggtree (20182)
30GenomicFeatures (20124)
31treeio (19780)
32rhdf5 (19596)
33BiocIO (19399)
34rhdf5filters (18917)
35graph (18565)
36annotate (18106)
37clusterProfiler (17410)
38DOSE (17027)
39enrichplot (17022)
40qvalue (16914)
41GOSemSim (16699)
42fgsea (16498)
43DelayedMatrixStats (16244)
44sparseMatrixStats (15488)
45beachmat (15225)
46SingleCellExperiment (14704)
47preprocessCore (14166)
48ComplexHeatmap (13984)
49BSgenome (13590)
50genefilter (12973)
51HDF5Array (12703)
52multtest (12407)
53BiocSingular (11977)
54ScaledMatrix (11879)
55ProtGenerics (11757)
56AnnotationHub (11212)
57impute (10460)
58AnnotationFilter (10437)
59BiocNeighbors (10285)
60interactiveDisplayBase (10030)
61Rgraphviz (9965)
62ensembldb (9947)
63scuttle (9809)
64VariantAnnotation (9475)
65RBGL (9466)
66GEOquery (9024)
67GSEABase (8683)
68affy (8554)
69affyio (8400)
70ExperimentHub (7471)
71geneplotter (7181)
72sva (7145)
73scater (6774)
74BiocStyle (6404)
75ShortRead (6293)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

0

00TABLE (1)

1

1imma (1)

5

54vectors (1)

A

a4 (86)
a4Base (137)
a4Classif (115)
a4Core (162)
a4Preproc (180)
a4Reporting (117)
ABAData (1)
ABAEnrichment (11)
abaenrichment (0)
ABarray (75)
abc (1)
abc.data (0)
abe (0)
abind (1)
abseqR (56)
ABSOLUTE (0)
ABSSeq (116)
acde (65)
ACE (87)
ace.fma (1)
acepack (2)
aCGH (214)
ACME (86)
ACTIONet (1)
actuar (1)
ada (1)
adabag (1)
ADaCGH2 (71)
ADAM (114)
ADAMgui (89)
adaptest (6)
AdaptGauss (1)
adductData (1)
adductomicsR (54)
ade4 (4)
adegenet (1)
adegraphics (1)
adephylo (1)
ADGofTest (1)
ADImpute (72)
aditools (1)
adjustedCurves (1)
admiral (1)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (22)
admixtools (0)
ADMM (1)
adSplit (70)
adverSCarial (31)
AER (1)
afex (1)
affio (0)
AffiXcan (55)
affxparser (1583)
affy (8554)
affycomp (97)
AffyCompatible (24)
affyContam (100)
affycoretools (399)
affydata (2)
AffyExpress (14)
affyILM (67)
affyio (8400)
affylmGUI (84)
affyPara (16)
affypdnn (15)
affyPLM (1198)
affyplm (0)
affyQCReport (20)
AffyRNADegradation (61)
AffyTiling (9)
AGDEX (65)
aggregateBioVar (69)
aggregation (0)
AGHmatrix (1)
Agi4x44PreProcess (5)
agilp (91)
AgiMicroRna (135)
agricolae (8)
AHMassBank (51)
AICcmodavg (1)
AIMS (428)
AIPW (1)
airpart (57)
airr (1)
airway (1)
akima (1)
alabama (1)
alabaster (44)
alabaster.base (497)
alabaster.bumpy (84)
alabaster.files (35)
alabaster.mae (89)
alabaster.matrix (454)
alabaster.ranges (447)
alabaster.sce (221)
alabaster.schemas (480)
alabaster.se (454)
alabaster.spatial (85)
alabaster.string (100)
alabaster.vcf (86)
alakazam (1)
ald (1)
ALDEx2 (1182)
aldvmm (1)
alembic (1)
alevinQC (84)
AlgDesign (2)
alkahest.generic (1)
ALL (11)
AllelicImbalance (101)
alluvial (1)
almanac (1)
AlphaBeta (55)
alphahull (1)
AlphaMissenseR (15)
alphashape3d (1)
alphavantager (1)
alpine (45)
ALPS (5)
AlpsNMR (65)
alr4 (1)
alsace (16)
altair (1)
altcdfenvs (116)
amap (1)
AMARETTO (117)
ambient (1)
Amelia (1)
AmesHousing (1)
amgen.okta.client (1)
amgsafetyvis (1)
amlogger (1)
AMOUNTAIN (93)
amplican (81)
ampliQueso (11)
AnalysisPageServer (8)
anamiR (8)
Anaquin (57)
ANCOMBC (1229)
AneuFinder (85)
aneufinder (1)
AneuFinderData (0)
aneufinderdata (1)
ANF (51)
angrycell (1)
animalcules (109)
animation (2)
annaffy (276)
AnnBuilder (2)
annbuilder (0)
anndata (1)
annmap (115)
annotate (18106)
annotation (1)
AnnotationDbi (36690)
annotationdbi (1)
AnnotationFilter (10437)
AnnotationForge (2486)
AnnotationFuncs (18)
AnnotationHub (11212)
AnnotationHubData (370)
annotationTools (129)
annotatr (477)
anota (85)
anota2seq (75)
anRichment (1)
anticlust (1)
antiProfiles (62)
AnVIL (590)
AnVILBilling (51)
AnVILPublish (52)
AnVILWorkflow (43)
anytime (5)
aod (1)
APAlyzer (69)
apcluster (1)
apComplex (65)
APCtools (1)
ape (24)
apeglm (3412)
apexcharter (1)
APL (117)
aplot (35)
appgen (1)
applera (1)
appreci8R (99)
aqp (1)
archive (1)
ArchR (1)
argparse (12)
argus.DS.Credentials (2)
argusDS.apc.utils (2)
argusDS.backtesting.engine (2)
argusDS.data (2)
argusDS.data.engineering (1)
argusDS.data.preparation (2)
argusDS.data.preparation2 (4)
argusDS.data.visualisation (1)
argusDS.database (1)
argusDS.DataValidation (1)
argusDS.DB.manager.utilities (2)
argusDS.distributions (1)
argusDS.driver.importance (2)
argusDS.FCUtilities (2)
argusDS.FZ.SourceData (1)
argusDS.FZ.utils (1)
argusDS.gamboostLSS (1)
argusDS.gamlss.distributions (1)
argusDS.gamlss.forecast (2)
argusDS.gamlss.modelling (2)
argusDS.gamlss.smoothers (1)
argusDS.gamlss.testing (3)
argusDS.gamlss.utils (2)
argusDS.GlobalSettings (1)
argusDS.model.testing (1)
argusDS.model.tools (2)
argusDS.model.validation (1)
argusDS.modeldb (1)
argusDS.possibility.curves.daily (1)
argusDS.PossibilityCurves.db.utils (1)
argusDS.PossibilityCurves.utils (1)
argusDS.S3 (1)
argusDS.shiny.utils (2)
argusDS.signal.dataprep (1)
argusDS.smoothers (1)
argusDS.spread.trading.utils (2)
argusDS.Studio.APC (1)
argusDS.Studio.FC (1)
argusDS.Studio.MyStudio (2)
argusDS.Studio.permissions (2)
argusDS.Studio.utils (2)
argusDS.tabulator (1)
argusDS.trading.optimization (1)
argusDS.trading.performance (2)
argusDS.TradingSignals (1)
argusDS.UI (1)
argusDS.utilities (1)
aricode (1)
arm (1)
aroma.affymetrix (8)
aroma.apd (8)
aroma.core (8)
aroma.light (1964)
ArrayExpress (425)
arrayexpress (1)
ArrayExpressHTS (17)
arrayhelpers (1)
arrayMagic (2)
arrayMvout (61)
arrayop (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (98)
arrayQualityMetrics (498)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (18)
ArrayTV (15)
ARRmData (1)
ARRmNormalization (57)
arrow (19)
arsenal (1)
artMS (79)
arules (7)
ArvadosR (1)
ASAFE (49)
ASCAT (0)
ascii (1)
asciicast (1)
ASEB (57)
ASExtras4 (0)
ASGSCA (59)
ash (6)
ashr (2)
asht (1)
ASICS (82)
AsioHeaders (4)
askpass (161)
asmn (4)
asnipe (0)
ASpediaFI (8)
ASpli (102)
asremlPlus (1)
assert (1)
assertive (1)
assertive.code (1)
assertive.data (1)
assertive.data.uk (1)
assertive.data.us (1)
assertive.datetimes (1)
assertive.properties (10)
assertive.reflection (1)
assertive.strings (1)
assertive.types (10)
assertr (2)
assertthat (2)
AssessORF (54)
ASSET (105)
ASSIGN (109)
AssotesteR (0)
astsa (1)
ASURAT (63)
ATACCoGAPS (45)
ATACseqQC (344)
ATACseqTFEA (62)
ATE (1)
atena (110)
AtlasRDF (9)
ATR (1)
atSNP (70)
attachment (4)
attempt (1)
attract (73)
AUC (1)
AUCell (2188)
audio (1)
audited (1)
autonomics (50)
Autotuner (7)
av (1)
ava2 (1)
AWFisher (58)
aws (1)
aws.ec2metadata (1)
aws.s3 (6)
aws.signature (6)
awsMethods (1)
awst (50)
azcore (1)
Azimuth (1)
AzureAuth (1)
AzureGraph (4)
AzureRMR (4)
AzureStor (1)

B

BaalChIP (59)
babelgene (4)
babelmixr2 (1)
babelwhale (1)
babynames (1)
BAC (17)
backports (41)
bacon (105)
bacr (0)
BADER (63)
badger (0)
BadRegionFinder (56)
BAGS (59)
baguette (1)
bain (1)
BalancedSampling (1)
ballgown (642)
bambu (281)
bamsignals (1119)
BANDITS (107)
bandle (60)
Banksy (26)
banocc (73)
barcodetrackR (54)
BART (1)
bartMachine (1)
bartMachineJARs (1)
base (1)
base2grob (1)
base64 (2)
base64enc (2)
base64url (1)
basecallQC (66)
basefun (1)
basemaps (1)
BaseSpaceR (64)
Basic4Cseq (64)
BASiCS (167)
BASiCStan (55)
BasicSTARRseq (56)
basilisk (4639)
basilisk.utils (4195)
batchelor (3821)
BatchJobs (1)
BatchQC (107)
batchtools (1)
battenberg (1)
BayesFactor (2)
BayesFM (1)
BayesianTools (0)
BayesKnockdown (55)
bayesm (9)
bayesmeta (1)
BayesPeak (17)
bayespeak (0)
BayesPen (0)
bayesplot (12)
BayesPostEst (1)
bayesQR (1)
BayesSpace (225)
bayestestR (3)
BayesX (1)
bayNorm (80)
baySeq (416)
bayseq (0)
BB (1)
BBCAnalyzer (58)
BBmisc (1)
bbmle (11)
bbotk (1)
bbr (1)
bbr.bayes (1)
BCEE (0)
bcellViper (1)
bcp (1)
BCRANK (71)
bcSeq (60)
BDgraph (0)
BDMMAcorrect (35)
bdsmatrix (9)
BE (1)
beachmat (15225)
beachmat.hdf5 (49)
beadarray (702)
beadarraySNP (54)
BeadDataPackR (662)
BeadExplorer (2)
beanplot (1)
BEARscc (54)
BEAT (61)
beaver (1)
BEclear (70)
bedr (0)
beepr (1)
beer (55)
beeswarm (1)
bench (1)
benchdamic (86)
benchmarkme (1)
benchmarkmeData (1)
benchr (1)
BentoBox (0)
berryFunctions (1)
BERT (11)
Bessel (1)
bestglm (1)
bestNormalize (2)
betaHMM (10)
betareg (1)
betr (10)
bettermc (1)
bettr (9)
BeviMed (0)
bezier (1)
BG2 (44)
bgafun (13)
BgeeCall (48)
BgeeDB (117)
BGLR (1)
BGmix (24)
bgx (65)
BH (144)
BHC (85)
BIApylon (1)
BiasedUrn (14)
BIAutils (1)
bib2df (1)
bibtex (1)
BicARE (134)
biclust (1)
bife (1)
BiFET (57)
biganalytics (1)
bigassertr (1)
bigD (1)
bigdist (1)
BiGGR (67)
BIGL (1)
biglasso (1)
biglm (1)
biglmm (1)
bigmelon (63)
bigmemory (1)
bigmemory.sri (1)
bigmemoryExtras (15)
bigparallelr (1)
bigPint (37)
bigreadr (0)
bigrquery (17)
bigsnpr (0)
bigsparser (0)
bigstatsr (1)
bigutils (0)
bigutilsr (1)
billboarder (8)
bim (1)
BiMax (1)
BindingSiteFinder (56)
bindr (1)
bindrcpp (1)
binGroup (1)
binman (1)
binom (1)
binr (0)
bio3d (3)
bioassayR (75)
biobank (1)
Biobase (47485)
biobase (1)
BioBase (1)
biobroom (191)
biobtreeR (51)
bioc::GenomeInfoDbData (0)
bioCancer (72)
BioCartaImage (30)
BiocBaseUtils (5497)
BiocBook (38)
BiocBookDemo (2)
BiocCaseStudies (16)
BiocCheck (1653)
biocDatasets (2)
BiocDockerManager (20)
BiocFHIR (46)
BiocFileCache (26080)
BiocFileCaches (1)
BiocGenerics (55699)
BioCGenerics (0)
biocGraph (162)
BiocHail (39)
BiocHubsShiny (79)
BiocInstaller (463)
biocinstaller (2)
BiocInstallerf (0)
BiocIO (19399)
BiocManager (205)
biocmanager (1)
BiocNeighbors (10285)
biocneighbors (1)
BiocOncoTK (75)
Bioconductor (1)
bioconductor (1)
bioconductor-geomxtools (0)
BioCor (81)
BiocParallel (41814)
BiocPkgTools (164)
biocroxytest (21)
BiocSet (241)
BiocSingular (11977)
BiocSklearn (72)
BiocStyle (6404)
biocthis (224)
BiocVersion (58754)
Biocversion (1)
biocversion (1)
biocViews (4243)
BiocWorkflowTools (179)
biodb (195)
biodbChebi (83)
biodbExpasy (48)
biodbHmdb (59)
biodbKegg (66)
biodbLipidmaps (42)
biodbMirbase (34)
biodbNcbi (50)
biodbNci (45)
biodbUniprot (50)
bioDist (262)
Biogenerics (1)
BioGenerics (1)
biom (0)
biomanager (1)
biomaRt (23993)
biomart (0)
biomartr (1)
BioMedR (3)
biomformat (5469)
BioMM (21)
biomod2 (1)
BioMVCClass (59)
biomvRCNS (56)
BioNAR (61)
BioNERO (256)
BioNet (279)
BioNetStat (66)
BioPlex (4)
BioQC (116)
BioSeqClass (16)
biosigner (82)
biostat3 (1)
biostatR (1)
biostatUtil (0)
Biostring (1)
Biostrings (45403)
biostrings (0)
biosvd (13)
BioTIP (69)
biotmle (60)
biotools (1)
BioVersion (0)
biovizBase (5540)
BiplotML (1)
BiRewire (116)
birta (17)
birte (7)
biscuiteer (66)
biscuiteerData (1)
BiSeq (145)
bit (59)
bit64 (11)
bitops (8)
BitSeq (23)
bizdays (2)
bkbutils (1)
blacksheepr (58)
bladderbatch (1)
BlakerCI (1)
blastula (1)
blavaan (1)
blima (56)
BLMA (69)
blme (6)
blob (90)
blockcluster (1)
blockCV (1)
blockForest (1)
blockmodeling (1)
blogdown (1)
BloodGen3Module (119)
bluster (4992)
BMA (1)
bmcite.SeuratData (1)
BMisc (1)
BMix (0)
bmp (1)
bnbc (116)
bnem (59)
bnlearn (1)
BOBaFIT (56)
BOIN (1)
bold (1)
bookdown (38)
Boom (1)
boomer (1)
BoomSpikeSlab (1)
boot (46)
bootstrap (1)
borealis (51)
Boruta (0)
botor (1)
box (10)
bpcp (1)
BPRMeth (91)
BPSC (1)
bRacatus (1)
BradleyTerry2 (1)
BRAIN (110)
brainflowprobes (49)
brainImageR (2)
BrainSABER (7)
BrainStars (15)
branchpointer (73)
brave (1)
breakpointR (61)
breakpointRdata (1)
brendaDb (51)
brew (62)
BREW3R.r (8)
BRGenomics (148)
brglm (1)
brglm2 (1)
bricks (0)
brickster (0)
bridge (17)
BridgeDbR (78)
bridgedist (0)
bridgesampling (1)
brio (76)
brms (1)
brmsmargins (1)
Brobdingnag (1)
broman (1)
broom (93)
broom.helpers (5)
broom.mixed (1)
broomExtra (1)
BrowserViz (174)
BrowserVizDemo (3)
bs4Dash (10)
BSgenome (13590)
bsgenome (0)
BSGenome (1)
BSgenome.Celegans.UCSC.ce2 (1)
BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3 (5)
BSgenome.Drerio.UCSC.danRer11 (1)
BSgenome.Ggallus.ENSEMBL.galGal6 (1)
BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5 (1)
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (6)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (11)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.dbSNP151.major (1)
BSgenome.Mmul10.SIVmac251 (1)
BSgenome.Mmulatta.NCBI.mmul10.tmp (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 (7)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm39 (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
BSgenome.Oaries.ENSEMBL.RambV2 (1)
BSgenome.Omela.CUSTOM.oenMel1.1 (1)
BSgenomeForge (101)
BSgenomes (1)
bsicons (2)
bslib (268)
bsplus (1)
bsseq (1425)
bst (0)
bsts (1)
btergm (1)
BubbleTree (69)
BuenColors (1)
BufferedMatrix (94)
BufferedMatrixMethods (59)
bugsigdbr (166)
BUMHMM (52)
bumphunter (2707)
BumpyMatrix (553)
BUS (59)
BUScorrect (50)
BUSpaRse (194)
BUSseq (48)
butcher (2)
bvls (1)
BWStest (1)

C

C50 (1)
ca (5)
CAbiNet (1)
cache (1)
cachem (156)
CaDrA (31)
CAEN (44)
CAFE (71)
CAGEfightR (158)
cageminer (58)
CAGEr (119)
cAIC4 (1)
Cairo (12)
CALIB (15)
calib (0)
calibrate (1)
callr (124)
callthat (0)
calm (44)
CAM (1)
CAMERA (487)
campsis (1)
campsismod (1)
CAMTHC (4)
CaMutQC (8)
canceR (86)
cancerclass (78)
CancerInSilico (18)
CancerMutationAnalysis (15)
CancerSubtypes (108)
CAnD (10)
candisc (1)
canvasXpress (1)
caOmicsV (8)
caper (1)
capsidr (1)
capushe (1)
car (37)
carData (2)
cardelino (61)
Cardinal (170)
CardinalIO (118)
caret (33)
caretEnsemble (1)
CARNIVAL (141)
carrier (1)
casebase (1)
casper (62)
castor (2)
CATALYST (476)
catboost (1)
catdata (1)
Category (1913)
category (1)
categoryCompare (69)
caTools (4)
CATT (1)
causaldata (1)
CausalR (64)
cba (1)
cbaf (60)
CBEA (106)
cBioPortalData (439)
CBNplot (135)
cbpManager (53)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (10)
ccdrAlgorithm (1)
ccfindR (91)
ccImpute (49)
ccmap (75)
CCPlotR (40)
CCPROMISE (62)
ccrepe (89)
ccube (0)
CDI (30)
cdip.datastore (1)
CDr (0)
celaref (71)
celda (665)
CellaRepertorium (54)
CellBarcode (63)
cellbaseR (72)
CellBench (131)
CellChat (1)
celldex (1)
cellGrowth (13)
cellHTS (11)
cellHTS2 (204)
CelliD (251)
cellity (62)
CellMapper (62)
cellmigRation (47)
CellMixS (80)
CellNOptR (194)
cellnoptr (0)
cellranger (1)
cellscape (42)
CellScore (51)
CellTrails (55)
cellTree (14)
cellxgene.census (1)
cellxgenedp (105)
cem (1)
CEMiTool (140)
censcyt (58)
censored (1)
censReg (1)
Cepo (161)
ceRNAnetsim (47)
CeTF (81)
CexoR (63)
CFAssay (51)
cfdnakit (43)
cfDNAPro (56)
cfTools (45)
cgam (1)
cgdsr (1)
CGEN (64)
CGHbase (439)
CGHcall (401)
cghFLasso (0)
cghMCR (67)
CGHnormaliter (67)
CGHregions (81)
ChAMP (545)
ChAMPdata (1)
changepoint (1)
chanmetab (1)
CHARGE (6)
charm (15)
checkmate (147)
checkr (1)
ChemmineOB (338)
ChemmineR (902)
chemometrics (1)
CHETAH (98)
ChIC (19)
Chicago (92)
chihaya (59)
chimera (18)
chimeraviz (105)
ChIPanalyser (54)
ChIPComp (62)
chipenrich (159)
ChIPexoQual (65)
ChIPpeakAnno (990)
chippeakanno (0)
ChIPQC (331)
ChIPseeker (1802)
chipseeker (1)
chipseq (610)
ChIPseqR (85)
ChIPSeqSpike (9)
ChIPsim (87)
ChIPXpress (100)
chk (3)
chopsticks (93)
CHORD (0)
choroplethr (1)
chroGPS (14)
chromDraw (55)
ChromHeatMap (124)
chromote (6)
ChromoViz (2)
chromPlot (135)
ChromSCape (66)
chromstaR (87)
chromstaRData (1)
chromswitch (27)
chromVAR (1104)
chron (3)
CHRONOS (56)
cibersort (1)
cicero (212)
CIMICE (51)
CINdex (70)
cindex (0)
circlesize (0)
circlize (32)
circRNAprofiler (71)
CircSeqAlignTk (52)
circular (0)
cisPath (56)
CiteFuse (91)
Ckmeans.1d.dp (1)
clariomdhumancdf (1)
class (50)
ClassDiscovery (1)
ClassifyR (285)
classInt (34)
cleanrmd (1)
cleanUpdTSeq (105)
cleaver (197)
clevRvis (50)
cli (221)
CLIFF (1)
clinfun (1)
ClinicalQc (1)
clinPK (0)
ClinViz (1)
clippda (62)
clipper (101)
clipr (20)
cliProfiler (48)
cliqueMS (107)
clisymbols (1)
clock (20)
Clomial (54)
Clonality (30)
clonotypeR (19)
clst (93)
clstutils (61)
clubSandwich (1)
clue (37)
CluMSID (66)
ClustAll (8)
clustComp (62)
cluster (71)
clusterCrit (1)
clusterExperiment (352)
clusterexperiment (1)
ClusterFoldSimilarity (10)
clusterGeneration (3)
ClusterJudge (53)
clustermq (3)
clusterprofielr (0)
clusterProfiler (17410)
clusterprofiler (1)
ClusterProfiler (1)
ClusterR (1)
clusterRepro (0)
clusterSeq (42)
ClusterSignificance (56)
clusterSim (1)
clusterStab (78)
clusthaplo (0)
clustifyr (136)
ClustIRR (31)
clustMixType (1)
clustree (1)
clv (1)
clValid (1)
CMA (115)
cmapR (403)
CMAverse (1)
cmdstanr (1)
CMplot (1)
cmprsk (1)
CmsAnalytics (1)
cn.farms (64)
cn.mops (264)
CNAnorm (65)
CNAqc (0)
CNEr (3251)
CNORdt (65)
CNORfeeder (70)
CNORfuzzy (67)
cNORM (0)
CNORode (93)
CNPBayes (7)
CNTools (132)
cntools (0)
CNVfilteR (59)
CNVgears (28)
cnvGSA (64)
CNViz (53)
CNVMetrics (49)
CNVPanelizer (59)
CNVRanger (125)
CNVrd2 (62)
CNVtools (13)
coastr (1)
cobalt (2)
cobindR (13)
cobs (1)
CoCiteStats (55)
COCOA (68)
coda (16)
coda.base (1)
codelink (75)
codetools (46)
CODEX (103)
coexnet (13)
CoGAPS (252)
cogena (85)
cogeqc (68)
Cogito (47)
coGPS (56)
COHCAP (59)
coin (2)
cola (126)
collapse (1)
collections (1)
CollessLike (0)
colMeans (1)
coloc (19)
colorfulVennPlot (1)
colorRamps (10)
colorspace (47)
colortools (1)
colourpicker (8)
colourvalues (1)
cols4all (1)
comapr (58)
combi (57)
combinat (1)
coMET (86)
coMethDMR (55)
ComICS (0)
commentr (1)
common (1)
CommonJavaJars (1)
commonmark (137)
compareDF (1)
compareGroups (1)
compartmap (35)
COMPASS (78)
compcodeR (86)
compEpiTools (70)
CompGO (13)
compiler (1)
ComplexHeatmap (13984)
complexheatmap (1)
complexHeatmap (1)
ComplexUpset (1)
compositions (2)
CompoundDb (332)
CompQuadForm (1)
ComPrAn (43)
compSPOT (26)
compute.es (1)
concaveman (1)
conclus (6)
concordexR (69)
condcomp (3)
condiments (91)
conditionz (1)
condMVNorm (1)
coneproj (1)
conf.design (1)
CONFESS (60)
config (23)
configr (1)
confintr (1)
conflicted (14)
confoundr (1)
connectwidgets (1)
conquer (2)
consensus (50)
ConsensusClusterPlus (2963)
consensusClustR (1)
consensusDE (68)
consensusOV (111)
consensusSeekeR (103)
consICA (105)
consort (1)
ConsRank (1)
CONSTANd (49)
contentid (1)
contfrac (1)
contiBAIT (52)
conumee (156)
convert (148)
coop (1)
CoordinateCleaner (1)
copa (57)
COPDSexualDimorphism (3)
copula (2)
CopyhelpeR (1)
copykat (1)
copynumber (144)
CopyNumber450k (7)
CopyNumberPlots (152)
CopywriteR (25)
coRdon (170)
CoRegFlux (3)
CoRegNet (44)
CoreGx (364)
Cormotif (58)
CorMut (13)
coRNAi (12)
corncob (1)
coro (1)
corpcor (2)
corpora (1)
corral (75)
correlation (1)
CORREP (52)
corrplot (2)
corrr (1)
coseq (113)
COSG (1)
CoSIA (37)
cosmiq (58)
cosmo (3)
cosmoGUI (3)
cosmosR (65)
COSNet (50)
COTAN (70)
CountClust (11)
countrycode (12)
countsimQC (139)
covEB (49)
coveffectsplot (1)
CoverageView (66)
coverageview (1)
covr (36)
covRNA (54)
CovSel (0)
cowplot (62)
coxme (1)
coxphf (1)
CoxPhLb (1)
coxphw (1)
cplm (1)
cpm (1)
cpp11 (201)
cpvSNP (57)
cqn (287)
cranlogs (1)
crayon (79)
crch (1)
createKEGGdb (1)
creatr (1)
credentials (39)
crew (2)
crew.cluster (1)
CRImage (81)
CRISPR.shinyapp (1)
CRISPRball (11)
crisprBase (160)
crisprBowtie (153)
crisprBwa (60)
crisprDesign (134)
crisprScore (163)
CRISPRseek (160)
crisprseekplus (29)
crisprShiny (11)
CrispRVariants (132)
crisprVerse (69)
crisprViz (114)
crlmm (238)
cronR (1)
crop (1)
crossdes (1)
CrossICC (3)
crossmatch (1)
crossmeta (167)
crosstable (1)
crosstalk (106)
crrri (0)
crrry (0)
crul (20)
CSAR (79)
csaw (607)
csawBook (4)
csdR (46)
csSAM (0)
CSSP (29)
CSSQ (48)
csv (1)
ctc (283)
CTdata (43)
CTDquerier (53)
CTexploreR (12)
ctgGEM (5)
ctmle (0)
cTRAP (61)
ctree (0)
ctsGE (58)
CTSV (52)
cubature (1)
cubelyr (0)
Cubist (1)
cummeRbund (230)
cummerbund (1)
CuratedAtlasQueryR (50)
curatedMetagenomicData (0)
curatedTCGAData (1)
curl (341)
customCMPdb (53)
customProDB (83)
cvar (1)
cvAUC (1)
CVE (6)
cvms (1)
CVST (1)
CVXR (1)
cxAnalysis (0)
cyanoFilter (51)
cycle (60)
cyclocomp (20)
cydar (86)
cyphr (1)
cypress (9)
CytoDx (68)
cytofast (6)
cytofit (1)
cytofkit (24)
CyTOFpower (52)
cytofQC (54)
CytoGLMM (97)
cytoKernel (45)
cytolib (2802)
cytomapper (315)
CytoMDS (9)
cytoMEM (91)
CytoML (464)
CytoPipeline (91)
CytoPipelineGUI (28)
CytoTRACE (1)
CytoTree (15)
cytoviewer (97)

D

D0.db (0)
D2C (1)
d3Network (0)
d3r (1)
d3treeR (1)
dada2 (2224)
dae (1)
daff (1)
dagitty (1)
dagLogo (82)
DAISIE (1)
DALEX (1)
DALEX2 (1)
daMA (57)
DAMEfinder (56)
DaMiRseq (120)
DAPAR (130)
dapr (1)
dar (10)
DART (62)
DASC (2)
DASiR (8)
dasnormalize.iomel (1)
dasper (18)
dastools (1)
data.table (196)
data.tree (11)
DatabaseConnector (1)
DataEditR (1)
DataExplorer (1)
dataMaid (1)
datamods (7)
DataOmnio (1)
datapasta (1)
datapipeline (1)
datasets (1)
DataVisualizations (1)
datawizard (5)
date (1)
DAVIDQuery (7)
dbaccess (1)
dbarts (2)
DBChIP (18)
DBI (180)
DBItest (1)
dblplyr (1)
dbplyr (142)
dbscan (5)
dbx (8)
dcanr (123)
dcat (1)
DCATS (38)
DCchoice (1)
dcdatr (1)
dce (66)
dcGSA (51)
DChIPRep (9)
ddalpha (1)
DDCompanion (1)
ddCt (91)
ddgraph (11)
ddPCRclust (71)
deal (0)
dearseq (165)
debCAM (61)
debrowser (178)
debugme (1)
DECENT (1)
DECIPHER (2800)
decipher (1)
DecisionCurve (1)
deco (10)
DEComplexDisease (10)
decompTumor2Sig (128)
deconfectHelpers (1)
DeconRNASeq (222)
deconstructSigs (1)
decontam (1652)
decontX (96)
deconvR (66)
decor (1)
decoupleR (978)
decoupler (1)
DEDS (14)
Deducer (1)
DeepBlueR (45)
DeepPINCS (81)
deepregression (1)
deepSNV (161)
deeptime (1)
DEFormats (261)
DegCre (8)
DegNorm (57)
DEGraph (68)
degraph (1)
degreenet (1)
DEGreport (582)
DEGseq (163)
degseq (1)
Delaporte (1)
DelayedArray (43080)
DelayedDataFrame (64)
DelayedMatrixStats (16244)
DelayedRandomArray (90)
DelayedTensor (50)
deldir (48)
DELocal (44)
deltaCaptureC (48)
deltaGseg (55)
DeMAND (51)
DeMixT (98)
demuxmix (219)
demuxSNP (38)
dendextend (28)
DendSer (1)
dendsort (0)
densEstBayes (6)
densityClust (1)
densvis (3110)
DEoptim (1)
DEoptimR (26)
DEP (489)
DepecheR (136)
DepInfeR (45)
DeProViR (9)
DEqMS (225)
derfinder (576)
derfinderHelper (574)
derfinderPlot (145)
Deriv (1)
desc (112)
DEScan2 (65)
descr (1)
descsuppR (1)
DescTools (17)
DESeq (196)
deseq (0)
DESEQ (1)
DESeq2 (21564)
deseq2 (1)
designmatch (1)
DEsingle (247)
deSolve (24)
DESpace (56)
destiny (683)
DEsubs (57)
devEMF (1)
devtools (36)
devutils (1)
DEWSeq (55)
DEXICA (0)
DExMA (62)
DEXSeq (1494)
dexus (18)
dfidx (1)
dfoptim (1)
DFP (55)
DHARMa (1)
diagram (1)
DiagrammeR (4)
DiagrammeRsvg (1)
DIAlignR (56)
dials (13)
DiceDesign (9)
DiceKriging (1)
diceR (1)
dichromat (2)
did (1)
DiffBind (1047)
diffcoexp (176)
diffcyt (351)
diffdf (1)
DifferentialRegulation (53)
diffGeneAnalysis (55)
diffHic (107)
DiffLogo (64)
diffloop (29)
diffobj (3)
diffuStats (67)
diffUTR (49)
diffviewer (1)
digest (287)
diggit (52)
digitalDLSorteR (1)
dimRed (1)
Dino (55)
dinoR (8)
diptest (2)
dir.expiry (4142)
directlabels (1)
Director (45)
DirichletMultinomial (4566)
discordant (83)
DiscoRhythm (62)
DiscriMiner (0)
disk.frame (1)
dismo (1)
distances (1)
distill (1)
distillery (0)
distinct (214)
distory (1)
distr (0)
distr6 (1)
distrEx (0)
distributional (14)
DistributionUtils (2)
distro (1)
dittodb (1)
dittoSeq (1407)
DiurnalMRI (1)
divergence (44)
diveRsity (0)
djvdj (1)
dks (51)
dlm (1)
dlookr (1)
dlstats (1)
dm (1)
DMCFB (42)
DMCHMM (52)
DMRcaller (81)
DMRcate (836)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (27)
DMRScan (48)
dmrseq (198)
DMwR (1)
DNABarcodeCompatibility (45)
DNABarcodes (167)
DNAcopy (5164)
dnacopy (1)
DNAfusion (48)
DNaseR (5)
DNAshapeR (75)
dndscv (0)
dnet (1)
do (0)
DO.db (7)
doBy (1)
dockerfiler (1)
docopt (6)
DoE.base (1)
DoEstRare (0)
doFuture (1)
domainsignatures (12)
doMC (2)
DominoEffect (57)
doMPI (1)
doParallel (13)
doppelgangR (122)
DOQTL (10)
doRedis (1)
doRNG (3)
dorothea (1)
Doscheda (60)
DOSE (17027)
Dose (1)
DoseFinding (1)
doseR (47)
doSNOW (1)
dotCall64 (7)
dotplot (1)
dotwhisker (1)
DoubletFinder (1)
doubletrouble (64)
downlit (38)
downloader (1)
downloadthis (1)
dparser (1)
DPClust (0)
dpclust3p (0)
dpeak (24)
dplyr (236)
dplyrb (1)
dqrng (38)
dr (0)
drake (9)
drat (1)
drawProteins (185)
drc (1)
DRDID (1)
dream (0)
dreamerr (1)
dreamlet (44)
drgee (1)
DRIMSeq (307)
DriverNet (58)
DropletUtils (2613)
drosophila2probe (1)
DRR (1)
drugTargetInteractions (58)
DrugVsDisease (136)
dSimer (7)
DSS (931)
dStruct (46)
DT (191)
DTA (86)
dtangle (0)
dtplyr (42)
DTRreg (0)
dttr2 (1)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (16)
duckdb (2)
duct.tape (1)
dummies (0)
Dune (46)
DupChecker (6)
dupRadar (106)
dwrPlus (1)
dyebias (60)
dygraphs (1)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (1276)
dynfeature (1)
dynlm (1)
dynplot (1)
dynpred (1)
dynsbm (1)
dynwrap (1)

E

e1071 (49)
earth (3)
easier (134)
EasyABC (0)
easyalluvial (1)
EasyCellType (54)
easyENTIM (1)
easylift (33)
easypar (0)
EasyqpcR (16)
easyreporting (52)
easyRNASeq (180)
easystats (1)
ebal (1)
EBarrays (226)
EBcoexpress (77)
EBImage (2670)
ebimage (1)
EBSEA (49)
EBSeq (412)
EBSeqHMM (50)
Ecdat (1)
Ecfun (1)
echarts4r (11)
ecodist (1)
ecolitk (58)
ECOSolveR (1)
ecospat (1)
EDASeq (1774)
edd (3)
EDDA (16)
edge (99)
edgeR (22976)
edger (1)
EDIRquery (40)
eds (344)
eegc (80)
effects (1)
effectsize (3)
EGAD (63)
egg (6)
egor (1)
EGSEA (138)
eha (1)
eiR (67)
eisa (15)
eisaR (106)
elasticsearchr (1)
ELBOW (15)
ellipse (31)
ellipsis (14)
elliptic (1)
ELMER (178)
ELMER.data (1)
emayili (2)
embed (1)
EMD (1)
emdbook (12)
emdist (1)
EMDomics (68)
emmeans (80)
EMMREML (1)
EmpiricalBrownsMethod (130)
emulator (1)
EMVS (1)
enc (0)
encode (1)
ENCODExplorer (8)
encryptr (1)
energy (1)
engitix.singlecell.db (1)
engitomixmk2 (0)
english (1)
EnhancedVolcano (4249)
enhancedvolcano (0)
enhancerHomologSearch (56)
EnMCB (51)
ENmix (207)
enmSdmX (1)
ENMTools (1)
EnrichedHeatmap (559)
EnrichmentBrowser (552)
enrichplot (17022)
enrichPlot (1)
enrichR (1)
enrichTF (69)
enrichViewNet (40)
enrichwith (1)
EnsDb.Hsapiens.v75 (6)
EnsDb.Hsapiens.v79 (6)
EnsDb.Hsapiens.v86 (6)
EnsDb.Mmusculus.v79 (1)
ensembldb (9947)
ensemblVEP (163)
entropy (2)
envalysis (1)
ENVISIONQuery (13)
EnvStats (1)
Epi (1)
epialleleR (57)
EpiCluster (0)
EpiCompare (51)
epidecodeR (46)
EpiDISH (586)
epigenomix (61)
epigraHMM (55)
epihet (9)
EpiMix (49)
epimutacions (58)
epiNEM (146)
EpiNow2 (1)
epiR (3)
epiregulon (8)
epiregulon.extra (8)
epistack (50)
epistasisGA (43)
EpiStats (1)
epitools (1)
EpiTxDb (84)
epivizr (120)
epivizrChart (57)
epivizrData (129)
epivizrServer (146)
epivizrStandalone (61)
eq5d (1)
equatags (1)
equate (1)
equivalence (1)
erccdashboard (65)
ergm (1)
ergm.count (0)
ergm.multi (1)
erify (1)
erma (95)
errorlocate (1)
ERSSA (49)
esATAC (91)
escape (341)
escheR (110)
esetVis (73)
esquisse (3)
estimability (18)
estimatr (1)
estmeansd (1)
etm (1)
eudysbiome (46)
eulerr (1)
europepmc (1)
evaluate (294)
EValue (2)
evaluomeR (50)
evd (1)
EventPointer (64)
eventTrack (1)
EVMS (1)
EWCE (140)
ewfutils (1)
Exact (1)
exact2x2 (1)
exactci (1)
exactextractr (1)
exactRankTests (2)
excelR (1)
ExCluster (44)
ExiMiR (59)
exomeCopy (299)
ExomeDepth (1)
exomePeak (19)
exomePeak2 (101)
exonfindR (0)
exonmap (3)
ExperimentHub (7471)
ExperimentHubData (295)
ExperimentSubset (55)
expint (1)
explorase (14)
explore (1)
ExploreModelMatrix (153)
ExplorOMICS (1)
expm (17)
ExpressionAtlas (161)
ExpressionView (16)
exprExternal (1)
expsmooth (0)
expss (6)
externalVector (3)
extraChIPs (68)
extraDistr (6)
extrafont (2)
extrafontdb (1)
extraInserts (1)
extraoperators (1)
extraTrees (0)
extRemes (0)

F

faahKO (1)
fabia (176)
fable (1)
fabletools (1)
facets (0)
facopy (5)
factDesign (55)
factoextra (4)
FactoInvestigate (1)
FactoMineR (28)
Factoshiny (1)
factR (53)
faers (10)
fail (0)
fairhub.r.client (1)
fakepackage (1)
FamAgg (74)
famat (58)
fANCOVA (1)
fansi (220)
faraway (1)
farms (46)
farver (40)
fastcluster (5)
fastDummies (23)
fasterize (1)
fastGHQuad (1)
fastICA (10)
fastLiquidAssociation (55)
fastmap (90)
fastmatch (21)
fastmatrix (1)
FastqCleaner (81)
fastqcr (1)
fastreeR (72)
fastseg (758)
fastshap (1)
fasttime (1)
fastverse (1)
faux (1)
fauxpas (1)
fBasics (2)
fbat (3)
FCBF (44)
fCCAC (54)
fCI (52)
fcoex (76)
fcScan (53)
FD (1)
fda (9)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (5)
fdrame (51)
fdrtool (2)
fds (6)
FEAST (113)
feasts (1)
feather (1)
FeatSeekR (40)
feature (7)
FedData (1)
fedup (50)
feisr (1)
FELLA (128)
FEM (22)
fenr (32)
fExtremes (4)
ff (20)
ffbase (0)
FField (0)
ffpe (71)
fftw (1)
fftwtools (1)
fGarch (4)
fgga (48)
FGNet (114)
fgsea (16498)
fido (1)
fields (5)
filehash (0)
filelock (56)
filesstrings (1)
FilterFFPE (46)
finalfit (1)
findIPs (7)
FindIT2 (55)
FindMyFriends (11)
findpython (12)
finetune (1)
fingerprint (1)
FISHalyseR (51)
fishHook (0)
fishMod (0)
fishpond (281)
fit.models (1)
fitdistrplus (19)
FitHiC (61)
fixest (1)
flagme (59)
flair (1)
FLAMES (76)
flashClust (1)
flexclust (1)
flexdashboard (2)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flexsurvcure (1)
flextable (22)
flipflop (13)
float (1)
flock (1)
flowAI (561)
flowBeads (61)
flowBin (68)
flowcatchR (59)
flowCHIC (60)
flowCL (19)
flowClean (204)
flowClust (833)
flowclust (1)
flowCore (2872)
flowcore (0)
FlowCore (1)
flowCut (103)
flowCyBar (54)
flowDensity (264)
flower (1)
flowFit (15)
flowFlowJo (6)
flowFP (159)
flowGate (71)
flowGraph (50)
flowMap (46)
flowMatch (69)
flowMeans (158)
flowMerge (138)
flowPeaks (180)
flowPhyto (5)
flowPloidy (63)
flowPlots (58)
flowQ (10)
flowQB (17)
FlowRepositoryR (10)
FlowSOM (1077)
FlowSorted.Blood.450k (1)
FlowSorted.Blood.EPIC (10)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (10)
flowSpecs (68)
flowSpy (4)
flowStats (523)
flowTime (63)
flowTrans (84)
flowType (16)
flowUtils (40)
flowViz (1058)
flowVS (101)
flowWorkspace (1302)
flowworkspace (0)
flowWorkspaceData (1)
flux (1)
fma (0)
fmcsR (269)
FME (1)
fmrs (117)
fmsb (1)
FMStable (1)
fmtr (1)
FNN (72)
fobitools (48)
focalCall (6)
foghorn (1)
FoldGO (30)
fontawesome (111)
fontBitstreamVera (1)
fontcm (1)
fontLiberation (1)
fontquiver (1)
forcats (22)
foreach (7)
forecast (5)
foreign (53)
forestmodel (1)
forestplot (1)
forestploter (1)
fork (1)
formatR (31)
formattable (1)
formatters (3)
Formula (13)
formula.tools (1)
forrester.metadata (0)
fortunes (1)
fossil (0)
FourCSeq (11)
fpc (9)
fpp (0)
fracdiff (3)
FragPipeAnalystR (1)
FRASER (109)
freetypeharfbuzz (1)
frenchFISH (42)
fresh (6)
FrF2 (1)
FRGEpistasis (57)
frictionless (0)
frma (156)
frmaTools (73)
fs (180)
FSA (1)
FScanR (23)
fst (1)
fstcore (1)
fTrading (1)
FunChIP (54)
FunciSNP (14)
fungible (1)
fUnitRoots (1)
funkyheatmap (1)
funtooNorm (60)
furrr (14)
FuseSOM (52)
futile.logger (1)
futile.options (1)
future (130)
future.apply (112)
future.batchtools (1)
future.callr (3)
fuzzyjoin (1)
fuzzySim (1)
fwb (1)

G

g3viz (1)
GA (39)
GA4GHclient (108)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (64)
gada (0)
gaga (103)
gage (802)
gageData (1)
gaggle (46)
gaia (26)
gam (10)
GAMBLR.results (1)
GAMBoost (1)
gamboostLSS (2)
gameofthrones (1)
gamlss (2)
gamlss.add (1)
gamlss.data (1)
gamlss.dist (3)
gamlss.tr (0)
gamm4 (1)
gap (1)
gap.datasets (1)
gapfill (0)
GAPGOM (8)
gapminder (1)
GAprediction (51)
garfield (54)
gargle (78)
GARS (58)
gaston (1)
GastrographPackage (1)
GateFinder (59)
gatom (33)
gaucho (11)
gausscov (1)
gbm (43)
gbRd (1)
GBScleanR (43)
gbutils (1)
gcapc (55)
gcatest (55)
gclus (1)
gCMAP (15)
gCMAPWeb (14)
gCrisprTools (59)
gcrma (1374)
GCS (1)
GCSConnection (5)
GCSFilesystem (6)
GCSscore (24)
gdata (20)
GDCRNATools (297)
gdistance (0)
gDNAx (46)
gDR (34)
gDRcore (78)
gDRimport (80)
gDRstyle (65)
gDRutils (100)
GDSArray (132)
gdsfmt (2100)
gdsx (1)
gdtools (48)
GeDi (10)
gee (1)
geeasy (1)
geecc (7)
geepack (5)
geigen (1)
geiger (0)
GEM (57)
gemini (51)
gemma.R (57)
gemtc (1)
GenABEL (2)
GenABEL.data (2)
genArise (57)
genbankr (120)
GENE.E (12)
gene2pathway (4)
GeneAccord (8)
GeneAnswers (25)
geneAttribution (52)
GeneBreak (64)
geneClassifiers (50)
GeneExpressionSignature (68)
genefilter (12973)
genefu (420)
GeneGA (46)
GeneGeneInteR (55)
GeneGroupAnalysis (3)
geneLenDataBase (10)
GeneMeta (100)
GeneNet (0)
GeneNetworkBuilder (76)
GeneOverlap (435)
geneoverlap (1)
geneplast (93)
geneplotter (7181)
GeneR (4)
GeneralizedHyperbolic (2)
geneRecommender (55)
GeneRegionScan (63)
GeneRfold (2)
generics (21)
geneRxCluster (56)
GeneSelectMMD (105)
GeneSelector (14)
GENESIS (340)
genesis (0)
GeneSpring (3)
GeneStructureTools (77)
geNetClassifier (148)
genetclassifier (1)
genetics (1)
GeneticsBase (3)
geneticsbase (0)
GeneticsDesign (14)
GeneticsPed (102)
GeneTonic (258)
GeneTraffic (3)
GeneTS (2)
geneXtendeR (109)
GENIE3 (1178)
genoCN (55)
GenoGAM (10)
genomation (635)
genomationdata (1)
genomationData (1)
GenomAutomorphism (41)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (19)
GenomeInfoDb (57167)
GenomeInfoDB (0)
GenomeInfoDbData (20)
genomeIntervals (178)
GenomelnfoDb (0)
genomes (67)
GenomicAlignments (23873)
genomicalignments (1)
GenomicDataCommons (1167)
GenomicDistributions (91)
GenomicDistributionsData (1)
GenomicFeatures (20124)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1292)
genomicInstability (48)
GenomicInteractionNodes (48)
GenomicInteractions (351)
GenomicOZone (57)
GenomicPlot (48)
GenomicRanges (42136)
genomicranges (0)
genomicRanges (1)
GenomicScores (641)
GenomicSuperSignature (56)
GenomicTools (1)
GenomicTuples (50)
Genominator (16)
genoset (22)
genotypeeval (15)
GenoView (2)
genphen (9)
GenProSeq (40)
GenRank (7)
GenSA (2)
GenVisR (293)
geobr (1)
geodata (1)
GeoDiff (76)
geodiv (1)
GEOexplorer (61)
GEOfastq (67)
geohashTools (1)
geojson (1)
geojsonio (1)
geojsonlint (1)
geojsonsf (1)
GEOmap (7)
GEOmetadb (236)
geometadb (0)
geometries (18)
geometry (1)
geomorph (1)
geomtextpath (1)
GeomxTools (402)
GEOquery (9024)
geoquery (0)
GEoquery (1)
geoR (1)
geos (1)
GEOsearch (4)
geosphere (12)
GEOsubmission (56)
GeoTcgaData (62)
gep2pep (52)
gert (61)
gespeR (86)
gestalt (7)
gestate (1)
getDEE2 (48)
getip (1)
getopt (25)
GetoptLong (2)
getPass (2)
getSVCNVperGene0.94 (0)
gettz (1)
geva (43)
GEWIST (50)
gff3Plotter (2)
gfonts (1)
gg4way (31)
ggalluvial (1)
GGally (16)
ggalt (1)
gganimate (1)
GGBase (17)
ggbeeswarm (4)
ggbio (2142)
ggbreak (1)
ggchicklet (1)
ggcorrplot (2)
ggcyto (911)
ggdag (1)
ggdendro (11)
ggdensity (1)
ggdist (3)
gge (1)
ggeasy (1)
ggedit (1)
ggeffects (2)
ggExtra (4)
ggfittext (2)
ggforce (19)
ggforestplot (0)
ggformula (31)
ggfortify (2)
ggfun (43)
gggenes (0)
ggh4x (2)
gghalves (1)
gghighlight (1)
ggimage (1)
gginnards (1)
ggiraph (4)
ggiraphExtra (1)
ggkegg (199)
ggm (1)
ggmanh (113)
ggmap (18)
ggmosaic (1)
ggmsa (512)
ggnetwork (1)
ggnewscale (31)
ggnewscales (1)
ggokabeito (1)
GGPA (45)
ggpattern (1)
ggplot (1)
ggplot2 (251)
ggplot2movies (1)
ggplotify (29)
ggpmisc (4)
ggPMX (1)
ggpointdensity (6)
ggpp (6)
ggprism (1)
ggpubr (23)
ggRandomForests (0)
ggrap2 (1)
ggraph (15)
ggraph2 (1)
ggrastr (9)
ggrepel (170)
ggridges (29)
ggsankey (1)
ggsc (41)
ggsci (47)
ggseqlogo (14)
ggside (4)
ggsignif (9)
ggspavis (147)
ggstance (1)
ggstats (2)
ggstatsplot (2)
ggsurvfir (0)
ggsurvfit (1)
ggtern (14)
ggtext (2)
ggthemes (10)
GGtools (19)
ggtree (20182)
ggtreeDendro (60)
ggtreeExtra (1018)
ggtreeSpace (9)
ggvegan (1)
ggvenn (1)
ggVennDiagram (2)
ggvis (0)
ggwordcloud (1)
gh (58)
ghpm (1)
ghql (1)
gifski (1)
GIGSEA (45)
GillespieSSA (0)
ginmappeR (8)
gINTomics (6)
Giotto (1)
girafe (92)
GISPA (45)
git2r (21)
gitcreds (20)
gitlabr (1)
GLAD (229)
GladiaTOX (47)
glasso (0)
glassoFast (1)
glca (1)
gld (1)
Glimma (1216)
gllvm (0)
glmGamPoi (3921)
GLMMadaptive (1)
glmmADMB (0)
glmmML (1)
glmmTMB (2)
glmnet (22)
glmnetUtils (10)
glmperm (1)
glmSparseNet (138)
glmx (1)
GlobalAncova (1090)
GlobalOptions (1)
globals (34)
globals, (1)
globalSeq (53)
globaltest (1807)
GloScope (29)
glpgStyle (0)
glpgTesteR (0)
glpkAPI (1)
glue (121)
gmailr (1)
gmapR (169)
gMCP (1)
GmicR (67)
Gmisc (1)
gmm (1)
gmnl (1)
gmodels (2)
gmoviz (52)
gmp (16)
GMRP (52)
gmthemes (1)
GNET2 (52)
gnm (1)
gnomAD (1)
GNOSIS (37)
GO.db (15)
goCluster (1)
GOdb (1)
godmode (1)
GOexpress (89)
goftest (1)
GOfuncR (283)
GOFunction (15)
golem (5)
golubEsets (1)
gomms (0)
gongs (1)
googleAuthR (1)
googleCloudStorageR (1)
googledrive (61)
GoogleGenomics (6)
googlesheets (1)
googlesheets4 (68)
googleVis (1)
GOplot (0)
GOpro (115)
goProfiles (124)
GOSemSim (16699)
goseq (1155)
goshawk (1)
GOSim (116)
goSorensen (52)
goSTAG (60)
GOstats (1731)
gostats (1)
GOsummaries (56)
GOTHiC (89)
goTools (64)
gower (15)
GPA (51)
GPArotation (21)
gpart (16)
GPfit (1)
gplots (60)
gpls (168)
gprege (14)
gprofiler2 (2)
gpuMagic (50)
gQTLBase (12)
gQTLstats (10)
GrafGen (8)
gRain (1)
gralarkivar (1)
gramm4R (4)
GRaNIE (140)
granny (1)
granulator (117)
graper (49)
grapg (1)
graph (18565)
GraphAlignment (59)
GraphAT (57)
graphat (1)
GraphGallery (1)
graphics (1)
graphiQs (1)
graphite (2969)
graphlayouts (36)
GraphPAC (102)
graphql (1)
gRbase (1)
grDevices (1)
greekLetters (1)
Greg (1)
GRENITS (58)
greybox (1)
GreyListChIP (973)
grf (1)
grid (1)
gridBase (1)
gridExtra (1)
gridGraphics (1)
gridpattern (1)
gridSVG (1)
gridtext (2)
grImport (1)
GRmetrics (85)
groHMM (72)
groupdata2 (1)
grpreg (1)
grr (1)
GRridge (15)
GSA (1)
gsalib (0)
GSALightning (53)
GSAR (87)
gsbDesign (1)
GSCA (60)
gscounts (1)
gscreend (46)
gsDesign (1)
GSEABase (8683)
gseabase (0)
GSEAbase (1)
GSEABenchmarkeR (81)
GSEAlm (80)
GSEAmining (63)
gsean (59)
GSgalgoR (48)
gsignal (1)
gsl (3)
gsmoothr (5)
gson (4)
gsrc (0)
GSReg (61)
GSRI (60)
gss (3)
gstat (1)
gsubfn (1)
GSVA (6009)
GSVAdata (1)
gsw (0)
gt (10)
gtable (145)
gto (1)
gtools (43)
gtrellis (129)
gtsummary (3)
gtx (0)
gubraqsar (1)
GUIDEseq (78)
Guitar (132)
GUniFrac (2)
gupio (1)
gUtils (0)
GUTS (0)
Gviz (3920)
GWAS.BAYES (49)
gwascat (598)
GWASExactHW (5)
gwasrapidd (1)
GWASTools (596)
gwasurvivr (83)
GWENA (178)
gWidgets (1)
gWidgets2tcltk (0)
gWidgetstcltk (1)
gypsum (283)

H

h2o (4)
h5vc (82)
HAC (1)
hal9001 (1)
HandTill2001 (1)
hapFabia (57)
haplo.stats (1)
HaploBlocker (1)
HaploSim (1)
haplotrackR (1)
hardhat (48)
HardyWeinberg (1)
Harman (167)
HarmonizR (40)
harmony (6)
Harshlight (70)
hash (2)
haven (95)
hca (65)
HCABrowser (5)
HCAExplorer (3)
HCAMatrixBrowser (3)
HCsnip (11)
HDCytoData (1)
hdf4r (1)
hdf5 (1)
HDF5Array (12703)
hdf5r (6)
hdi (1)
HDInterval (12)
hdm (0)
hdnom (1)
HDO.db (6)
hdrcde (6)
HDTD (48)
heatmap.plus (0)
heatmap3 (0)
heatmaply (15)
heatmaps (239)
Heatplus (408)
heemod (1)
HelloRanges (133)
HELP (57)
helperMut (0)
HEM (53)
heplots (1)
here (2)
hermes (91)
HERON (29)
Herper (158)
hexbin (20)
hexSticker (1)
hexView (1)
HGC (61)
HGNChelper (1)
hgu133a.db (1)
hgu133plus2.db (7)
hgu133plus2cdf (1)
hgu219.db (1)
hgu95a.db (1)
hgu95av2.db (1)
hgug4112a.db (0)
hiAnnotator (108)
HIBAG (129)
HicAggR (8)
HiCBricks (151)
hicbricks (0)
HiCcompare (289)
HiCDCPlus (77)
HiCDOC (106)
HiCExperiment (139)
HiClimR (1)
HiContacts (105)
HiCool (65)
hicrep (11)
hicVennDiagram (33)
hierfstat (0)
hierGWAS (56)
hierinf (44)
highcharter (1)
highlight (0)
highr (59)
highs (1)
HilbertCurve (88)
HilbertVis (183)
HilbertVisGUI (38)
HiLDA (69)
hipathia (124)
HIPPO (48)
hiReadsProcessor (57)
HIREewas (49)
HiTC (135)
hmdbQuery (71)
Hmisc (29)
HMMcopy (261)
hms (79)
hoardr (1)
Homo.sapiens (5)
hoodscanR (46)
Hoover (1)
hopach (311)
HPAanalyze (124)
hpar (273)
HPAStainR (16)
HPC.R.Utilities (1)
HPiP (50)
hrbrthemes (1)
HSAUR (1)
HSAUR2 (1)
HSAUR3 (1)
hsm (0)
HSMMSingleCell (1)
htmlTable (22)
htmltools (283)
htmlwidgets (193)
HTqPCR (160)
HTSanalyzeR (17)
HTSeqGenie (54)
htSeqTools (16)
HTSFilter (222)
htslib (1)
httpcode (1)
httpgd (1)
httptest (4)
httptest2 (1)
httput (1)
httpuv (249)
httr (183)
httr2 (76)
HubPub (116)
huge (1)
hugene10sttranscriptcluster.db (1)
HumanTranscriptomeCompendium (49)
hummingbird (43)
hunspell (4)
huxtable (2)
hwriter (2)
HWxtest (0)
HybridExpress (9)
HybridMTest (130)
hydroPSO (1)
hypeR (79)
hyperdraw (113)
hypergate (1)
hypergeo (1)
hypergraph (161)
hyperSpec (0)
hypred (1)

I

IAPWS95 (1)
iASeq (52)
iasva (49)
iatlasGraphQLClient (1)
iBBiG (124)
ibh (53)
iBMQ (48)
iBreakDown (1)
ica (3)
iCARE (113)
icenReg (1)
Icens (461)
icetea (54)
iCheck (54)
iChip (53)
ichorCNA (0)
iClusterPlus (336)
iCNV (53)
iCOBRA (164)
ICS (1)
ICSNP (1)
ICSOutlier (1)
ideal (105)
IdeoViz (66)
ideoviz (1)
idiogram (59)
IdMappingAnalysis (12)
IdMappingRetrieval (14)
idorsiaQC (1)
IDPmisc (3)
idpr (67)
idr (0)
idr2d (52)
ids (1)
ieugwasr (0)
IFAA (46)
iFlow (3)
ifultools (1)
iGasso (0)
iGC (51)
IgGeneUsage (48)
igraph (148)
igraphdata (1)
igvR (110)
igvShiny (10)
iheatmapr (4)
IHW (722)
ijtiff (1)
Illumina450ProbeVariants.db (1)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (7)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (5)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (6)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19 (5)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (5)
IlluminaHumanMethylationEPICv2manifest (1)
illuminaio (2914)
ILoReg (44)
imageHTS (23)
imager (2)
imagerExtra (0)
IMAS (58)
imbalance (1)
imcRtools (186)
Imetagene (8)
iml (0)
IMMAN (49)
immunarch (1)
ImmuneSpaceR (62)
immunoClust (66)
immunotation (50)
IMPCdata (48)
import (2)
ImpulseDE (6)
ImpulseDE2 (12)
impute (10460)
imputeTS (1)
IncDTW (1)
IncidencePrevalence (1)
INDEED (46)
ineq (0)
iNETgrate (42)
iNEXT (1)
infer (15)
infercnv (1062)
inferCNV (1)
infinityFlow (67)
influenceR (2)
InformationValue (1)
Informeasure (39)
infotheo (2)
ingredients (1)
ini (1)
InkblotAnalytics (14)
INLA (0)
inline (1)
inlinedocs (1)
InPAS (59)
INPower (56)
InraeThemes (1)
insight (8)
inSilicoDb (13)
inSilicoMerging (14)
INSPEcT (68)
installr (1)
INTACT (47)
InTAD (53)
intamap (1)
intansv (80)
interacCircos (61)
InteractionSet (1858)
InteractiveComplexHeatmap (380)
interactiveDisplay (103)
interactiveDisplayBase (10030)
interactomes (1)
InterCellar (76)
IntEREst (67)
intergraph (1)
InterMineR (64)
interp (13)
interpretR (0)
interval (1)
intervals (4)
IntOMICS (35)
IntramiRExploreR (49)
inum (3)
inveRsion (16)
invgamma (1)
IONiseR (70)
iontree (12)
iotools (1)
iPAC (130)
ipaddress (1)
iPath (42)
ipcwswitch (1)
ipdDb (104)
IPDfromKM (1)
ipmisc (0)
IPO (120)
IPPD (14)
ipred (32)
ips (1)
iptmnetr (1)
ipw (1)
iq (1)
irace (0)
IRanges (51052)
iranges (1)
iRanges (1)
IRdisplay (1)
IRISFGM (78)
IrisSpatialFeatures (3)
IRkernel (1)
irlba (17)
irr (1)
ISAnalytics (55)
iSEE (465)
iSEEde (46)
iSEEfier (10)
iSEEhex (147)
iSEEhub (108)
iSEEindex (42)
iSEEpathways (38)
iSEEu (114)
iSeq (51)
ISLET (44)
ISLR (1)
iSNetwork (2)
Iso (1)
isoband (46)
isobar (83)
IsoBayes (28)
ISOcodes (1)
IsoCorrectoR (98)
IsoCorrectoRGUI (60)
IsoformSwitchAnalyzeR (258)
IsoGeneGUI (15)
ISoLDE (44)
isomiRs (123)
iSPlot (2)
isva (6)
ISwR (1)
ITALICS (59)
ITALICSData (1)
iterativeBMA (59)
iterativeBMAsurv (54)
iterativebmasurv (0)
iterators (7)
iterClust (46)
iteremoval (8)
itertools (1)
ITKR (1)
itsadug (1)
IVAS (79)
ivpack (0)
ivprobit (1)
ivreg (1)
ivygapSE (50)
IWTomics (52)

J

JADE (1)
jagsUI (1)
janeaustenr (3)
janitor (3)
JASPAR2016 (1)
JASPAR2018 (3)
JASPAR2020 (6)
JavaGD (1)
JBrowseR (1)
JBTools (0)
jcolors (1)
JGR (1)
jiebaR (0)
jiebaRD (0)
JM (1)
JMbayes (1)
jmosaics (7)
jnjtemplates (1)
job (1)
joda (13)
joineRML (1)
jomo (1)
jose (1)
jpeg (11)
jqr (9)
jquerylib (2)
js (1)
jskm (1)
jsonify (1)
jsonlite (253)
jsTreeR (1)
jtools (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (0)
JunctionSeq (13)

K

kableExtra (15)
kangar00 (1)
karyoploteR (877)
KaryoploteR (0)
karyoploter (1)
katdetectr (55)
katex (1)
KBoost (44)
KCsmart (64)
kebabs (147)
kedd (0)
KEGG.db (1)
KEGGgraph (5604)
kegggraph (0)
KEGGlincs (68)
keggorth (2)
keggorthology (142)
KEGGprofile (22)
KEGGREST (35595)
keggrest (1)
KEGGSOAP (6)
keggsvg (1)
Kendall (1)
keras (8)
KernelKnn (1)
kernlab (5)
KernSmooth (58)
keyring (6)
KFAS (1)
khroma (1)
kimod (6)
kinship2 (1)
KinSwingR (54)
kissDE (59)
kit (1)
kknn (1)
klaR (3)
km.ci (2)
kmed (1)
kmknn (0)
kml (1)
kml3d (1)
KMsurv (1)
knitr (258)
knitrdata (1)
knockoff (1)
KnowSeq (57)
knowYourCG (7)
KODAMA (0)
kohonen (2)
kpmt (0)
kriging (1)
ks (6)
kSamples (1)
ktplots (1)
kutils (1)
kyotil (1)

L

l2p (1)
labdsv (1)
labeling (140)
labelled (7)
LACE (110)
laeken (2)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
LambertW (2)
lamW (3)
landscapemetrics (1)
languageserver (1)
LaplacesDemon (1)
lapmix (52)
lars (1)
lasso2 (1)
lastdose (1)
latentnet (1)
later (171)
latex2exp (1)
lattice (161)
latticeExtra (10)
lava (44)
lavaan (30)
lavaSearch2 (1)
lazy (1)
lazyeval (14)
lbaQcCheck (1)
LBE (242)
lbfgs (1)
lbfgsb3c (1)
lcopula (1)
lda (0)
ldap (1)
ldblock (78)
LDheatmap (1)
LDlinkR (1)
LDplots (1)
LEA (516)
leafcutter (0)
leafem (1)
leaflegend (1)
leaflet (4)
leaflet.minicharts (1)
leaflet.providers (2)
leafpop (1)
leaps (1)
LearnBayes (1)
learnr (5)
LedPred (46)
lefser (576)
leiden (21)
leidenAlg (1)
leidenbase (12)
lemon (2)
lemur (51)
les (93)
levi (45)
lfa (292)
lfda (1)
lfe (1)
lgr (1)
lhs (12)
liana (0)
libcoin (3)
libgeos (1)
LiblineaR (12)
libr (1)
lifecycle (184)
lightgbm (1)
limma (31601)
limmaGUI (72)
limmia (1)
limpca (9)
limSolve (1)
LINC (8)
LineagePulse (40)
lineagespot (47)
LinkHD (48)
LinMod2 (1)
Linnorm (222)
linprog (1)
LinTInd (52)
lintr (49)
lionessR (52)
lipidr (189)
LiquidAssociation (82)
liquidSVM (0)
lisaClust (135)
listenv (40)
listviewer (1)
littler (1)
lixoftConnectors (0)
lixoftConnectors.1 (0)
lixoftConnectors.2 (0)
lle (0)
lm.beta (1)
lmdme (54)
lme4 (113)
lmerTest (1)
LMGene (14)
lmodel2 (1)
lmom (13)
lmomco (1)
Lmoments (1)
lmtest (4)
LOBSTAHS (54)
lobstr (3)
locfdr (0)
locfit (61)
loci2path (49)
log4r (3)
logcondens (1)
logger (7)
logging (1)
logicFS (87)
LogicReg (1)
logistf (12)
logitnorm (1)
logitr (1)
logitT (33)
logitt (1)
Logolas (8)
logolas (0)
logr (1)
logrrr (1)
logspline (1)
lokern (1)
lol (11)
LOLA (305)
longitudinal (0)
longitudinalData (1)
longmemo (0)
loo (12)
LoomExperiment (591)
lotri (1)
loupeR (1)
LowMACA (17)
LowRankQP (1)
LPE (89)
LPEadj (44)
lpNet (65)
lpridge (1)
lpSolve (15)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (1143)
lqa (0)
lqmm (1)
LRBaseDbi (114)
LRcell (50)
lsa (8)
LSAF (1)
lsei (1)
lsmeans (1)
lubridate (81)
lumi (1124)
Luminescence (1)
lute (10)
lvec (1)
LVSmiRNA (14)
lwgeom (2)
LymphoSeq (64)

M

m03modeldevelopment (1)
M3C (691)
M3D (8)
M3Drop (594)
m6Aboost (42)
maanova (20)
Maaslin2 (1011)
maboost (1)
Macarron (55)
macat (46)
maCorrPlot (56)
MACPET (9)
macrophage (1)
MACSQuantifyR (44)
MACSr (104)
maDB (4)
made4 (239)
maditr (1)
madness (1)
MADSEQ (54)
maftools (2561)
MAGAR (170)
MAGeCKFlute (370)
magic (2)
magick (13)
magpie (48)
magrene (45)
magrittr (22)
MAI (55)
maic (1)
maicChecks (1)
maigesPack (44)
mailR (0)
MAIT (60)
makecdfenv (173)
makePlatformDesign (2)
maketools (1)
MALDIquant (2)
manipulate (1)
manipulateWidget (1)
MANOR (56)
manta (14)
MantelCorr (50)
mantelcorr (0)
maotai (1)
mapbayr (1)
mapdata (1)
MAPFX (7)
mAPKL (12)
mapplots (1)
mapproj (1)
maPredictDSC (60)
maps (10)
mapscape (51)
maptools (19)
maptree (1)
mapview (1)
marginaleffects (1)
margins (1)
mariner (56)
Markdown (0)
markdown (77)
markovchain (1)
marqLevAlg (1)
marr (45)
marray (1887)
martini (55)
maser (122)
maSigPro (254)
maskBAD (60)
MASS (235)
MassArray (53)
massdataset (1)
massiR (59)
MassSpecWavelet (1933)
masstools (1)
MAST (2033)
mastR (105)
matchBox (54)
Matching (2)
MatchIt (2)
matchprobes (2)
MatchThem (1)
mathjaxr (2)
matlib (1)
Matrix (318)
Matrix.utils (1)
matrixcalc (1)
MatrixEQTL (1)
MatrixExtra (1)
MatrixGenerics (40002)
MatrixModels (102)
MatrixQCvis (117)
MatrixRider (61)
matrixStats (151)
matrixTests (1)
matter (208)
MaxContrastProjection (8)
maxLik (1)
maxstat (1)
MBA (7)
MBAmethyl (41)
MBASED (54)
MBCB (54)
MBECS (62)
mbend (1)
MBESS (1)
mbkmeans (448)
mbOmic (15)
mboost (2)
mBPCR (59)
MBQN (53)
mbQTL (48)
MBttest (51)
mc2d (1)
mcaGUI (14)
MCbiclust (53)
mclogit (1)
mclust (12)
mclustcomp (1)
mcmc (1)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (2)
MCMCprecision (1)
MCPcounter (0)
mcr (8)
MCRestimate (14)
mCSEA (105)
mctq (1)
mda (1)
mdgsa (9)
mdp (56)
mdqc (102)
MDTS (46)
MEAL (80)
MeasurementError.cor (51)
measurements (1)
measures (1)
MEAT (45)
MEB (49)
medflex (0)
mediation (1)
MEDIPS (111)
MEDME (54)
megadepth (119)
MEIGOR (56)
Melissa (50)
memes (184)
memisc (1)
memoise (16)
MEMSS (1)
memuse (1)
MendelianRandomization (1)
merDeriv (1)
MergeMaid (16)
Mergeomics (63)
merTools (1)
MeSHDbi (264)
meshes (149)
meshr (141)
MeSHSim (3)
MesKit (69)
MESS (1)
messina (56)
meta (1)
metaArray (14)
metaarray (1)
Metab (27)
metabaser (1)
metabCombiner (56)
metabinR (42)
metaBLUE (1)
metaBMA (1)
MetaboAnalystR (1)
MetaboAnnotation (283)
MetaboCoreUtils (1337)
metabolomics (1)
metabolomicsWorkbenchR (78)
metabomxtr (55)
MetaboReport (1)
MetaboSignal (117)
metaCCA (190)
metacore (1)
MetaCyto (74)
metadat (1)
metafor (3)
metagene (32)
metagene2 (67)
metagenomeFeatures (9)
metagenomeSeq (1666)
MetaGxOvarian (2)
metahdep (58)
metaMA (8)
metaMS (103)
MetaNeighbor (91)
metap (10)
MetaPhOR (55)
metaplot (1)
metaplus (1)
metapod (4721)
metapone (64)
metaSeq (68)
metaseqR (19)
metaseqR2 (54)
MetaSKAT (0)
metatools (1)
MetaUtility (1)
metavizr (13)
MetaVolcanoR (56)
metaX (3)
MetCirc (69)
MethCP (8)
methimpute (58)
methInheritSim (62)
methodical (9)
methods (1)
MethPed (52)
MethReg (68)
methrix (82)
MethTargetedNGS (50)
methVisual (14)
methyAnalysis (20)
MethylAid (90)
methylCC (71)
methylclock (148)
methylclockData (1)
methylGSA (107)
methyLImp2 (8)
methylInheritance (64)
methylKit (640)
MethylMix (95)
methylMnM (75)
methylPipe (120)
methylscaper (51)
MethylSeekR (140)
methylSig (73)
methylumi (1446)
methyvim (8)
MetID (54)
metid (1)
MetNet (52)
metpath (1)
MeTPeak (1)
metR (1)
metrumrg (1)
mets (1)
mev (1)
mfa (82)
mFilter (1)
Mfuzz (1166)
mfuzz (0)
mfx (1)
mg14 (0)
mgcv (228)
MGFM (60)
MGFR (64)
mgm (1)
MGnifyR (10)
mgsa (109)
mhsmm (1)
mhurdle (1)
mi (0)
mia (1460)
miaSim (97)
miaViz (244)
mice (14)
miceadds (1)
MiChip (54)
microbenchmark (1)
microbiome (1649)
microbiomeDASim (56)
microbiomeExplorer (74)
microbiomeMarker (376)
MicrobiomeProfiler (104)
MicrobiotaProcess (501)
microeco (1)
micromap (1)
microRNA (159)
microseq (1)
Microsoft365R (1)
microSTASIS (46)
MICSQTL (34)
midasHLA (53)
MIGSA (14)
MIIVsem (0)
miloR (267)
mimager (64)
mime (25)
MIMOSA (31)
mimosa (1)
mina (44)
MineICA (75)
minerva (0)
minet (770)
minfi (2330)
minfiData (1)
MinimumDistance (66)
miniUI (1)
minpack.lm (4)
minqa (81)
MiPP (54)
miQC (108)
MIRA (123)
MiRaGE (60)
mirai (2)
miRBaseConverter (117)
miRcomp (53)
mirIntegrator (66)
MIRit (10)
miRLAB (64)
miRmine (34)
miRNAmeConverter (57)
miRNApath (65)
miRNAtap (144)
miRSM (41)
miRsponge (6)
miRspongeR (40)
Mirsynergy (12)
mirt (18)
mirTarRnaSeq (62)
misc3d (1)
miscTools (1)
missForest (1)
missMDA (1)
missMethyl (964)
missRanger (1)
missRows (50)
misty (1)
mistyR (87)
mitch (65)
mitml (1)
mitoClone2 (56)
mitoODE (12)
mitools (1)
mixOmics (2831)
mixsqp (21)
mixtools (1)
mixture (1)
MKmisc (1)
mlbench (13)
MLEcens (1)
mlegp (1)
mlfa (1)
mlflow (1)
MLInterfaces (382)
mlm4omics (3)
MLmetrics (1)
mlmm (1)
mlmm.gwas (1)
mlmRev (1)
mlogit (1)
MLP (123)
mlpack (1)
mlr (1)
mlr3 (2)
mlr3cluster (1)
mlr3data (1)
mlr3filters (1)
mlr3fselect (1)
mlr3hyperband (1)
mlr3learners (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
mlr3pipelines (1)
mlr3proba (1)
mlr3spatiotempcv (1)
mlr3tuning (1)
mlr3tuningspaces (1)
mlr3verse (1)
mlr3viz (1)
MLSeq (157)
mlt (1)
mltools (0)
mma (1)
MMAPPR2 (18)
MMDiff (9)
MMDiff2 (50)
mmgmos (1)
mmnet (9)
MmPalateMiRNA (15)
mmrm (39)
MMUPHin (114)
mnem (152)
mnormt (15)
MNP (0)
moanin (120)
mobileRNA (10)
MobilityTransformR (35)
mobster (0)
mockery (3)
mockr (1)
MODA (55)
ModCon (42)
modelbased (1)
modeldata (14)
modelenv (1)
ModelMetrics (2)
modelr (42)
modelsummary (1)
modeltests (1)
modeltime.ensemble (1)
modeltools (1)
modetest (1)
modEvA (1)
MODIStsp (2)
Modstrings (210)
modules (5)
MOFA (6)
MOFA2 (443)
MOGAMUN (50)
mogsa (172)
moleculaR (1)
MoleculeExperiment (72)
MOMA (55)
moments (2)
Momocs (1)
monaLisa (131)
mondate (1)
monkey (1)
monocle (3047)
monocle3 (1)
MonoPhy (1)
Moonlight2R (41)
MoonlightR (71)
MoPS (7)
morpheus (1)
Morpho (1)
mosaic (1)
mosaicCore (30)
mosaicData (1)
mosaics (137)
mosbi (48)
MOSim (50)
Motif2Site (46)
motifbreakR (213)
motifcounter (57)
MotifDb (642)
motifmatchr (1335)
motifRG (15)
motifStack (715)
motifTestR (9)
MotIV (29)
mouse4302.db (0)
MouseFM (100)
MouseGastrulationData (1)
MPA (1)
mpath (0)
MPFE (45)
MplusAutomation (1)
mpm (1)
mpn.scorecard (1)
mppR (1)
mpra (57)
MPRAnalyze (61)
MPV (1)
MQmetrics (41)
mQTL.NMR (5)
mratios (1)
mrgda (1)
mrggsave (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (1532)
MSA2dist (127)
msatR (1)
MsBackendMassbank (75)
MsBackendMgf (459)
MsBackendMsp (233)
MsBackendRawFileReader (60)
MsBackendSql (64)
MsCoreUtils (3623)
msdata (1)
MsDataHub (60)
MSEADbi (4)
MsExperiment (989)
MsFeatures (1705)
msgbsR (66)
MSGFgui (10)
MSGFplus (13)
msigdb (1)
msigdbr (3)
msImpute (114)
mslp (39)
msm (6)
msmsEDA (287)
msmsTests (270)
MSnbase (3304)
msnbase (0)
MSnID (242)
MSPrep (106)
msPurity (77)
msQC (0)
msqrob2 (116)
MsQuality (64)
MSstats (508)
MSstatsBig (30)
MSstatsConvert (484)
MSstatsLiP (74)
MSstatsLOBD (47)
MSstatsPTM (198)
MSstatsQC (76)
MSstatsQCgui (45)
MSstatsSampleSize (21)
MSstatsShiny (101)
MSstatsTMT (280)
MSstatsTMTPTM (4)
MSstatsTMTs (0)
mstate (1)
MSwM (1)
mtbls2 (0)
MTseeker (3)
MuData (56)
muhaz (1)
Mulcom (75)
mulcom (0)
multcomp (48)
multcompView (24)
multgee (1)
MultiAssayExperiment (5160)
MultiBaC (65)
multiClust (86)
multicool (4)
multicrispr (57)
multicross (1)
MultiDataSet (1215)
multidplyr (0)
multiGSEA (108)
multiHiCcompare (181)
MultiMed (53)
multiMiR (223)
MultimodalExperiment (38)
multimode (1)
multinichenetr (0)
multinma (1)
multiOmicsViz (42)
multipanelfigure (1)
MultiRNAflow (34)
multiscan (54)
multiSight (69)
multistateQTL (8)
multiwayvcov (1)
multiWGCNA (50)
multtest (12407)
MuMIn (1)
mumosa (71)
MungeSumstats (1006)
munsell (34)
muscat (419)
muscData (1)
muscle (321)
musicatk (78)
MutationalPatterns (334)
mutationalpatterns (1)
MutationTimeR (0)
mutoss (9)
mutSigExtractor (0)
mvabund (1)
MVCClass (91)
mvGST (4)
mvna (1)
mvnfast (0)
mvnormtest (1)
mvpart (1)
mvtnorm (117)
MWASTools (150)
mycor (1)
mygene (345)
myphd (0)
myvariant (84)
mzID (3159)
mzR (3459)

N

n1qn1 (1)
N2R (0)
nabor (1)
NACHO (1)
NADA (6)
NADfinder (58)
name (1)
namer (1)
naniar (1)
nanoarrow (1)
NanoMethViz (80)
nanonext (2)
nanopipeline (1)
NanoPyx (1)
NanoStringDiff (92)
NanoStringNCTools (391)
NanoStringNorm (1)
NanoStringQCPro (44)
nanostringr (1)
nanotatoR (101)
nanotime (1)
NanoTube (82)
narray (1)
NarrowPeaks (15)
nasapower (1)
nat.util (1)
nat.utils (1)
natserv (1)
naturalsort (1)
NBAMSeq (84)
NbClust (1)
nbpMatching (1)
NBSplice (10)
ncappc (1)
ncar (1)
ncbit (0)
ncdf4 (10)
ncdf4.1 (0)
ncdfFlow (1154)
ncGTW (43)
NCIgraph (116)
NCmisc (1)
ncRNAtools (48)
ncvreg (1)
ndexr (70)
ndjson (0)
neaGUI (7)
nearBynding (49)
Nebulosa (1006)
NeighborNet (24)
nem (18)
NEMO (0)
nempi (58)
neo2R (1)
NEONiso (1)
neonUtilities (1)
nephro (1)
nestcolor (1)
nestedcv (1)
nestedLogit (1)
nestedmodels (1)
NetActivity (43)
netbenchmark (8)
NetBID2 (1)
netbiov (31)
netboost (43)
netboxr (9)
NetCRG (0)
netDx (47)
nethet (52)
netmeta (1)
netOmics (40)
NetPathMiner (61)
netprioR (49)
netrankr (1)
netReg (8)
netresponse (70)
NetSAM (62)
netSmooth (61)
NetSwan (1)
network (2)
networkBMA (16)
networkD3 (1)
networkDynamic (1)
netZooR (60)
NeuCA (36)
neuralnet (1)
NeuralNetTools (1)
neuRosim (0)
NewWave (116)
nFactors (1)
NGScopy (7)
ngsReports (74)
NHANES (1)
nhanesA (1)
nimble (1)
nipals (1)
nipalsMCIA (32)
NISTunits (1)
NlcOptim (1)
nleqslv (1)
nlme (190)
nlmeODE (1)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nlmixr2rpt (1)
nloptr (25)
NLP (0)
nls2 (1)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (12)
NMproject (1)
nmrec (1)
NMsim (1)
nnet (64)
NNLM (1)
nnls (4)
nnNorm (58)
nnSVG (101)
noctua (1)
NoiseFiltersR (0)
NOISeq (557)
NonCompart (1)
nondetects (66)
nonmem2R (1)
nonmem2rx (1)
nonmemica (1)
nonnest2 (1)
nor1mix (2)
NoRCE (52)
norm (1)
normalize450K (48)
NormalizerDE (1)
NormalyzerDE (160)
NormqPCR (173)
normr (134)
NORMT3 (1)
nortest (1)
notame (1)
Nozzle.R1 (1)
np (0)
NPARC (54)
npde (1)
npGSEA (59)
nphRCT (1)
npsurv (1)
NTW (52)
nucleoSim (57)
nucleR (80)
nuCpos (50)
nudge (11)
nullranges (163)
numbat (8)
numbers (1)
numDeriv (2)
NuPoP (71)
NxtIRFcore (16)
nycflights13 (1)

O

oaqc (1)
occugene (49)
oce (1)
OceanView (0)
OCplus (80)
octad (55)
od (1)
odbc (22)
oddsratio (0)
ODER (14)
odseq (65)
odyproteomicsValidator (1)
officedown (1)
officer (21)
OGRE (54)
OGSA (7)
OHCA (1)
oligo (1603)
oligoClasses (1678)
OLIN (91)
OLINgui (56)
OlinkAnalyze (1)
olsrr (1)
omada (40)
OmaDB (191)
omicade4 (136)
OmicCircos (189)
omicplotR (59)
omicRexposome (56)
omicsbase (0)
OmicsLonDA (22)
OmicsMarkeR (8)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (61)
omicsPrint (53)
omicsViewer (52)
Omixer (52)
omnibus (1)
OmnipathR (521)
ompBAM (102)
ompr (1)
ompr.roi (1)
Onassis (10)
onbrand (1)
OncoBayes2 (1)
oncomarkerbase (1)
oncomix (49)
oncoscanR (45)
OncoScore (56)
OncoSimulR (60)
oneChannelGUI (13)
onechannelgui (0)
oneSENSE (19)
onlineFDR (46)
ontoCAT (12)
ontologyIndex (21)
ontologyPlot (1)
ontoProc (223)
ontoTools (3)
oompaBase (4)
oompaData (4)
opdisDownsampling (1)
openCyto (675)
openeo (1)
OpenMx (1)
openPrimeR (127)
openPrimeRui (62)
openssl (295)
OpenStats (48)
openxlsx (26)
openxlsx2 (1)
OperaMate (4)
operator.tools (1)
oposSOM (77)
oppar (61)
oppti (45)
optextras (1)
OptiLCMS (1)
optimalFlow (57)
optimParallel (1)
optimr (1)
optimx (15)
optmatch (2)
optparse (37)
optpart (1)
optweight (1)
OPWeight (51)
orca (1)
OrderedList (80)
orderedlist (1)
ordinal (2)
ore (1)
ORFhunteR (52)
ORFik (204)
org.Ag.eg.db (1)
org.At.tair.db (1)
org.Bt.eg.db (1)
org.Ce.eg.db (1)
org.Cf.eg.db (1)
org.Dm.eg.db (1)
org.Dr.eg.db (1)
org.Gg.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (15)
org.Hs.eg.db.html (0)
org.Mm.eg.db (13)
org.Mmu.eg.db (1)
org.Pt.eg.db (1)
org.Rn.eg.db (10)
org.Sc.sgd.db (1)
org.Ss.eg.db (1)
org.Xl.eg.db (1)
Organism.dplyr (427)
OrganismDbi (3231)
oricvis (1)
orientlib (1)
origami (1)
orthogene (327)
Orthology.eg.db (1)
orthopolynom (1)
orthos (32)
OSAT (66)
OSCA (5)
OSCA.advanced (19)
OSCA.basic (21)
OSCA.intro (61)
OSCA.multisample (21)
OSCA.workflows (37)
Oscope (88)
oskeyring (1)
osmdata (18)
osprey (1)
osqp (2)
OTUbase (62)
OutlierD (14)
outliers (1)
OUTRIDER (208)
OutSplice (47)
overlapping (1)
OVESEG (48)

P

PAA (69)
PACKAGE (1)
packcircles (1)
packer (1)
packFinder (52)
packrat (36)
pacman (1)
padma (45)
PADOG (238)
padr (1)
pagedown (1)
pageRank (53)
pagoda2 (1)
PAIRADISE (80)
paircompviz (60)
PairedData (1)
pairedGSEA (43)
pairkat (41)
pairseqsim (2)
pairwiseComparisons (0)
pak (2)
paletteer (5)
Palimpsest (0)
palmerpenguins (1)
palr (1)
pals (2)
pammtools (1)
pamr (5)
pan (1)
pandaR (126)
pander (3)
pandoc (1)
panelcn.mops (81)
panelr (1)
PAnnBuilder (13)
PanomiR (65)
panp (58)
PANR (57)
PanViz (40)
PanVizGenerator (10)
PAPi (18)
paquet (1)
paradox (1)
parallel (1)
parallelly (115)
parallelMap (1)
param6 (1)
parameters (5)
ParamHelpers (0)
parathyroidSE (1)
parcats (1)
pareg (49)
parglms (51)
parody (100)
parquetize (1)
parsedate (3)
parsnip (15)
partCNV (30)
partitions (1)
party (9)
partykit (3)
pasilla (1)
PAST (46)
pastecs (0)
PASWR (1)
patch (1)
patchwork (56)
Path2PPI (59)
pathfindR.data (1)
pathifier (124)
PathInterpolatR (1)
pathlinkR (13)
PathNet (67)
PathoStat (66)
pathprint (7)
pathRender (60)
pathVar (25)
pathview (4338)
pathwayPCA (75)
PathwaySplice (6)
PatientGeneSets (2)
patientProfilesVis (1)
patrick (1)
paws (14)
paws.analytics (14)
paws.application.integration (14)
paws.common (59)
paws.compute (17)
paws.cost.management (14)
paws.customer.engagement (14)
paws.database (14)
paws.developer.tools (14)
paws.end.user.computing (14)
paws.machine.learning (14)
paws.management (14)
paws.networking (14)
paws.security.identity (14)
paws.storage (57)
paxtoolsr (79)
pbapply (42)
Pbase (10)
pbcmc (5)
pbdZMQ (2)
PBIR (0)
pbivnorm (1)
pbkrest (0)
pbkrtest (45)
pbmcapply (1)
pbmcref.SeuratData (1)
PBSddesolve (1)
PBSmapping (1)
pbv (1)
pcaExplorer (473)
pcaGoPromoter (14)
pcalg (1)
pcaMethods (5250)
PCAN (59)
pcaPP (17)
PCAtools (1181)
PCDimension (1)
pch (1)
PCICt (1)
pcot2 (15)
PCpheno (15)
pcse (1)
pctGCdata (0)
pcxn (49)
pd.atdschip.tiling (0)
pd.clariom.s.human (1)
pd.hg.u133.plus.2 (0)
pd.hta.2.0 (1)
pd.mouse430.2 (0)
PDATK (83)
pdfCluster (1)
pdftools (8)
pdInfoBuilder (115)
pdist (1)
pdmclass (11)
pdp (1)
PeacoQC (218)
peakPantheR (58)
peakPick (0)
pec (1)
PECA (63)
peco (48)
pedigree (1)
pedigreemm (1)
Pedixplorer (8)
pegas (1)
pegboard (1)
PEIP (1)
penalized (1)
pengls (42)
peperr (0)
PepsNMR (118)
pepStat (51)
Peptides (1)
pepXMLTab (59)
PERFect (40)
performance (5)
PerformanceAnalytics (1)
periodicDNA (48)
perm (8)
permimp (1)
permute (3)
perturbatr (7)
PFAM.db (11)
pfamAnalyzeR (243)
PFIM (1)
PFP (16)
PGA (11)
pga (0)
pgca (48)
pgirmess (1)
PGSEA (50)
pgUtils (3)
pgxRpi (13)
phangorn (2)
phantasus (145)
phantasusLite (36)
PharmacoGx (273)
pharmaRTF (1)
pharmaversesdtm (1)
pheatmap (1)
phemd (36)
phenoDist (12)
PhenoGeneRanker (41)
phenomis (55)
phenopath (88)
phenoTest (136)
PhenStat (60)
PheWAS (0)
philentropy (2)
philr (183)
PhIPData (97)
phonTools (1)
phosphonormalizer (49)
phosphoricons (6)
PhosR (102)
phyclust (1)
phylobase (1)
phylocanvas (1)
phylogram (1)
phylolm (1)
PhyloProfile (75)
phyloseq (5434)
phylosignal (1)
phylotools (1)
phyr (1)
phytools (4)
Pi (71)
piano (468)
pickgene (51)
PICS (113)
Pigengene (118)
pillar (93)
pim (0)
pimeta (1)
pinfsc50 (1)
PING (68)
pingr (9)
pins (34)
pint (11)
pio (0)
pipebind (1)
pipeComp (52)
pipeFrame (167)
pipeR (1)
PIPETS (9)
Pirat (1)
PIUMA (8)
pixmap (5)
PK (1)
pkgbuild (106)
pkgcache (10)
pkgconfig (3)
pkgdepends (11)
pkgDepTools (22)
pkgdeptools (0)
pkgdown (36)
pkgKitten (1)
pkglite (1)
pkgload (225)
pkgmaker (2)
pkgpub (1)
pkgsearch (1)
PKI (1)
PKNCA (1)
PKPDdatasets (1)
PKPDmodels (1)
PKreport (1)
planet (182)
planttfhunter (42)
plasmut (27)
plateCore (14)
plethy (22)
plgem (111)
plier (116)
plm (1)
PLNmodels (1)
PloGO2 (65)
plogr (1)
plot3D (2)
plot3Drgl (0)
plotfunctions (1)
plotgardener (337)
plotGrouper (49)
plotly (134)
plotlyGeoAssets (1)
plotmm (1)
plotmo (1)
plotrix (10)
plotROC (1)
PLPE (57)
plpe (0)
plrs (13)
pls (2)
PLSDAbatch (12)
plumber (12)
plw (15)
plyinteractions (38)
plyr (132)
plyranges (1242)
PMA (1)
pmartR (1)
PMCMRplus (2)
pmforest (1)
pmm (45)
pmml (1)
pmp (118)
pmparams (1)
pmplots (1)
pmtables (1)
pmxTools (1)
png (37)
PoDCall (47)
podkat (54)
pogos (60)
poibin (1)
poilog (1)
pointblank (1)
PoissonSeq (0)
poLCA (1)
polspline (3)
Polychrome (1)
polyclip (73)
polycor (1)
polyester (122)
Polyfit (9)
polynom (3)
PolynomF (1)
polysat (0)
POMA (76)
pool (6)
poolfstat (1)
poorman (1)
PopED (1)
poppr (1)
PossibilityCurves (2)
POST (8)
posterior (12)
PoTRA (7)
PowerExplorer (7)
poweRlaw (7)
powerTCR (382)
PowerTOST (1)
POWSC (59)
powsimR (1)
ppcor (1)
ppcseq (48)
PPInfer (118)
ppiStats (16)
pqsfinder (75)
prabclus (2)
pracma (27)
prada (21)
praise (1)
pram (47)
preAnomalyDetectionCredLife (1)
prebs (70)
PreciseSums (1)
preciseTAD (57)
PrecisionTrialDrawer (7)
precommit (1)
PREDA (85)
prediction (1)
predictionet (14)
predint (1)
PReMiuM (1)
preproc.iquizoo (1)
preprocessCore (14166)
preprocesscore (0)
PreprocessCore (0)
preprocessorCore (1)
PresenceAbsence (0)
preseqR (0)
presser (1)
presto (1)
prestor (1)
prettycode (1)
prettydoc (1)
prettymapr (1)
prettyunits (158)
primeviewcdf (1)
primeviewprobe (1)
primirTSS (58)
PrInCE (58)
princurve (1)
printr (1)
prioritylasso (1)
prismatic (1)
PRISMselector (1)
Prize (8)
proActiv (62)
proBAMr (53)
proBatch (32)
pROC (53)
PROcess (92)
processCore (0)
processx (218)
procoil (61)
ProCoNA (12)
procs (1)
proDA (232)
prodlim (44)
productplots (1)
proffer (1)
proFIA (13)
profile (0)
profileModel (1)
profileplyr (229)
profileScoreDist (48)
profmem (1)
profvis (32)
progeny (410)
ProgMan (1)
progress (80)
progressr (44)
proj (0)
PROJ (5)
proj4 (19)
ProjecTILs (1)
projectR (109)
projpred (1)
pRoloc (257)
pRolocdata (10)
pRolocGUI (85)
PROMISE (102)
promise (1)
promises (143)
prompt (1)
prompter (1)
PROPER (85)
propr (1)
PROPS (52)
PROreg (1)
Prostar (76)
prostar (0)
prot2D (12)
proteasy (28)
proteinProfiles (53)
ProteoDisco (51)
ProteomicsAnnotationHubData (10)
proteomixr (1)
ProteoMM (77)
proteoQC (9)
protGear (53)
ProtGenerics (11757)
proto (1)
protoarrayr (1)
protolite (1)
protr (12)
protti (1)
protViz (1)
proxy (2)
proxyC (2)
PRROC (6)
pryr (13)
ps (208)
PSCBS (7)
pscl (1)
PSEA (45)
psichomics (71)
PSICQUIC (23)
PSMatch (432)
PsNR (1)
pspearman (1)
pspline (1)
psych (71)
psychometric (6)
psychotools (1)
psychotree (1)
psychTools (1)
psygenet2r (70)
ptairMS (49)
ptw (1)
Publish (1)
PubScore (5)
PullReadAnalysisData (1)
pulsar (1)
pulsedSilac (6)
puma (100)
PupillometryR (1)
PureCN (161)
purr (0)
purrr (136)
purrrlyr (1)
pvac (54)
pvca (245)
pvclust (1)
Pviz (76)
pwalign (538)
PWMEnrich (162)
pwOmics (106)
pwr (1)
pwrEWAS (29)
pxr (0)
pyinit (1)
pzfx (1)

Q

qap (11)
qbaDatabase (1)
qcc (1)
qckitfastq (57)
qcmetrics (94)
qcNvs (0)
QCvis (1)
qdapRegex (1)
qdapTools (1)
QDNAseq (383)
QDNAseq.hg19 (1)
QDNAseq.mm10 (1)
QFeatures (1507)
qgam (1)
qgraph (2)
qicharts (1)
qlcMatrix (14)
qmtools (50)
qpcR (1)
qpcrNorm (62)
qpdf (2)
qpgraph (182)
qPLEXanalyzer (71)
qqconf (9)
qqman (2)
qqplotr (1)
qrcode (1)
qreport (1)
qrng (1)
qrnn (1)
qrqc (24)
qs (6)
QSARdata (1)
qsea (65)
qsmooth (129)
QSutils (64)
qsvaR (112)
qtl (1)
qtl2 (1)
QTLExperiment (30)
Qtlizer (50)
quadprog (2)
QUALIFIER (15)
qualifier (0)
qualpalr (1)
quantable (1)
quantiseqr (444)
quantmod (11)
QuantPsyc (1)
quantreg (60)
quantro (335)
quantsmooth (619)
quarto (5)
QuartPAC (61)
QuasR (355)
QuaternaryProd (74)
QUBIC (136)
questionr (2)
QuickJSR (1)
qusage (396)
qvalue (16914)
qvcalc (1)
qwraps2 (1)

R

r (1)
r-limma (1)
R.cache (2)
R.devices (8)
R.filesets (8)
R.huge (6)
R.matlab (0)
R.methodsS3 (5)
R.oo (41)
R.rsp (1)
R.utils (99)
R2admb (1)
r2d2 (1)
r2d3 (1)
R2GUESS (1)
R2HTML (1)
R2jags (1)
R2OpenBUGS (1)
r2rtf (1)
R2wd (1)
R2WinBUGS (1)
R3CPET (55)
r3Cseq (88)
R453Plus1Toolbox (65)
R4RNA (628)
R6 (32)
rAccess (2)
radarchart (1)
radiant (1)
radiant.data (1)
radiant.model (1)
radiator (1)
RadioGx (63)
raer (30)
ragg (129)
RaggedExperiment (921)
RAIDS (32)
rain (91)
rainbow (9)
rama (17)
rAmCharts (1)
RamiGO (11)
ramr (45)
ramwas (125)
randomcoloR (6)
randomcolor (1)
RandomFields (0)
RandomFieldsUtils (0)
randomForest (3)
randomForestSRC (1)
randomizr (1)
randomNames (1)
RandomWalkRestartMH (110)
randPack (56)
randRotation (43)
randtoolbox (1)
rangeModelMetadata (1)
ranger (12)
RankAggreg (1)
RankProd (292)
rankprod (1)
RANN (1)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
rapidoc (1)
RApiSerialize (6)
rappdirs (4)
rapportools (1)
RAREsim (43)
RareVariantVis (62)
Rariant (15)
rARPACK (5)
Rarr (116)
raster (31)
rasterVis (1)
ratelimitr (1)
RAthena (12)
rattle (1)
rawDiag (5)
rawrr (202)
rayimage (1)
rayrender (1)
rayvertex (1)
RbcBook1 (77)
Rbec (53)
rbenchmark (1)
RBesT (1)
RBGL (9466)
rbgl (1)
rbibutils (43)
rbioapi (3)
RBioFormats (113)
RBioinf (65)
rbioinfcookbook (1)
rBiopaxParser (169)
rbiopaxparser (1)
rBLAST (15)
RBM (57)
rbmi (1)
rbokeh (1)
Rbowtie (511)
Rbowtie2 (308)
rbsurv (63)
Rbwa (101)
Rcade (20)
Rcapture (1)
rcartocolor (1)
RCAS (128)
RCASPAR (51)
rcdk (12)
RCdk (0)
rcdklibs (12)
rcellminer (65)
rCGH (110)
Rcgmin (1)
Rchemcpp (14)
Rchoice (1)
RchyOptimyx (14)
RCircos (0)
RcisTarget (838)
RClickhouse (1)
rclipboard (5)
RCM (62)
rcmdcheck (18)
Rcmdr (1)
RcmdrMisc (1)
Rcollectl (31)
RColorBrewer (15)
rcompanion (1)
rcorpora (1)
Rcpi (121)
Rcpp (271)
rcpp (1)
RcppAlgos (1)
RcppAnnoy (40)
RcppArmadillo (186)
RcppCCTZ (1)
RcppClassic (1)
RcppDate (1)
RcppDE (1)
RcppDist (1)
RcppEigen (122)
RcppGSL (3)
RcppHNSW (20)
RcppML (6)
RcppNumerical (1)
RcppParallel (17)
RcppProgress (1)
RcppRoll (1)
RcppSimdJson (1)
RcppSpdlog (1)
RcppThread (3)
RcppTOML (17)
RcppZiggurat (6)
Rcsdp (1)
RCSL (35)
RCurl (120)
RCurl.back (0)
Rcwl (104)
RcwlPipelines (95)
RCX (94)
RCy3 (945)
RCyjs (72)
RCytoscape (12)
Rd2roxygen (0)
rda (0)
RDAVIDWebService (33)
Rdbi (3)
RdbiPgSQL (2)
RDCOMClient (1)
rdd (1)
rdflib (1)
rDGIdb (77)
Rdimtools (1)
Rdisop (465)
rdocx (1)
Rdpack (44)
RDRToolbox (124)
Rdsdp (1)
reactable (3)
reactlog (1)
reactome.db (9)
ReactomeContentService4R (103)
ReactomeGraph4R (44)
ReactomeGSA (221)
ReactomePA (2362)
reactR (13)
readat (8)
readbitmap (1)
reader (1)
readJDX (1)
readODS (1)
ReadqPCR (203)
readr (96)
readstata13 (1)
readxl (87)
rearrr (1)
reb (13)
REBayes (1)
REBET (45)
rebook (171)
receptLoss (42)
recipes (57)
reclin (1)
recommenderlab (7)
reconsi (51)
recosystem (7)
recount (405)
recount3 (303)
recountmethylation (63)
recoup (54)
reda (1)
REddyProc (1)
RedeR (334)
RedisParam (43)
redland (1)
redoc (1)
REDseq (84)
redux (1)
refinr (1)
RefManageR (1)
RefNet (13)
RefPlus (41)
refund (1)
RegEnrich (101)
reghelper (1)
regionalpcs (35)
RegionalST (40)
regioneR (2049)
regioneReloaded (47)
regionReport (126)
registry (1)
RegParallel (1)
regress (1)
regsplice (50)
regutools (60)
relaimpo (1)
relations (1)
reldist (9)
relimp (1)
relsurv (1)
remaCor (5)
rematch (79)
rematch2 (1)
remotes (91)
REMP (69)
renderthis (1)
rentrez (1)
renv (145)
Repitools (320)
report (1)
reporter (1)
reporting (1)
ReportingTools (717)
reposTools (1)
repr (2)
reprex (43)
repurrrsive (1)
RepViz (106)
ReQON (46)
reReg (1)
resample (0)
reshape (2)
reshape2 (8)
ResidualMatrix (3429)
RESOLVE (53)
Resourcerer (5)
ResourceSelection (1)
restfulr (9)
restfulSE (109)
reticulate (62)
retrofit (44)
ReUseData (44)
revealgenomics (1)
RevGadgets (1)
review (1)
rex (17)
rexposome (103)
rfaRm (43)
Rfast (16)
Rfast2 (1)
Rfastp (137)
rfcdmin (1)
Rfit (1)
rflowcyt (3)
RFOC (7)
rfPred (56)
rGADEM (280)
RGalaxy (16)
rgbif (1)
RGCCA (0)
rgdal (18)
rGenomeTracks (40)
rgenoud (1)
rgeos (17)
rgexf (1)
Rgin (7)
rgl (3)
Rglpk (2)
rglwidget (1)
RGMQL (49)
rgnparser (1)
RgnTX (45)
RgoogleMaps (6)
rgoslin (63)
rgr (1)
RGraph2js (53)
Rgraphviz (9965)
rgraphviz (1)
rGREAT (652)
RGSEA (67)
rgsepd (49)
rhandsontable (3)
rhdf5 (19596)
Rhdf5 (1)
rhdf5client (144)
rhdf5filters (18917)
Rhdf5lib (23474)
rhino (7)
Rhisat2 (219)
RhpcBLASctl (1)
Rhtslib (24360)
rhtslib (2)
rhub (3)
rHVDM (13)
rhvdm (0)
RiboCrypt (51)
RiboDiPA (51)
RiboProfiling (80)
ribor (47)
riboSeq (0)
riboSeqR (47)
ribosomeProfilingQC (79)
rice (1)
RIdeogram (1)
ridigbio (2)
riem (1)
rifi (39)
rifiComparative (37)
RImmPort (47)
Ringo (348)
RInside (0)
Rintact (2)
rintrojs (2)
rio (8)
RIPAT (26)
RIPSeeker (25)
Risa (58)
RISCA (1)
riskmetric (1)
riskRegression (1)
RITAN (62)
ritis (1)
RItools (1)
RIVER (51)
riverplot (1)
rj (1)
rj.gd (1)
rjags (2)
rJava (52)
RJDBC (1)
RJMCMCNucleosomes (55)
rjson (12)
rjsoncons (1)
RJSONIO (15)
Rlab (0)
Rlabkey (1)
rlang (344)
rlaR (1)
RLassoCox (50)
rle (0)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
rlist (1)
rlistings (1)
RLMM (53)
RLRsim (1)
RLSeq (36)
rly (0)
RMAGEML (3)
Rmagic (1)
Rmagpie (55)
RMAPPER (4)
rmapshaper (1)
RMariaDB (8)
rmarkdown (261)
RMassBank (101)
rmassbank (1)
rMAT (12)
rmatio (1)
rmcorr (1)
rmdformats (1)
rmelting (67)
rmeta (1)
rminer (1)
rmio (1)
RmiR (14)
rMisbeta (1)
Rmisc (1)
Rmmquant (48)
Rmpfr (14)
Rmpi (1)
rms (3)
rmsb (1)
rmspc (54)
RMTstat (1)
rmutil (0)
rMVP (1)
RMySQL (4)
RNAAgeCalc (70)
RNAdecay (38)
rnaEditr (50)
RNAi (1)
RNAinteract (78)
RNAither (17)
RNAmodR (113)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (60)
RNAmodR.Data (1)
RNAmodR.ML (52)
RNAmodR.RiboMethSeq (55)
RNAprobR (7)
RNAsense (44)
rnaseqcomp (59)
RNAseqCovarImpute (29)
RnaSeqGeneEdgeRQL (2)
rnaSeqMap (16)
RNASeqPower (146)
RNASeqR (8)
RnaSeqSampleSize (91)
rnaturalearth (2)
rnaturalearthdata (1)
RnBeads (287)
RnBeads.hg19 (5)
RnBeads.hg38 (5)
RnBeads.mm10 (5)
RnBeads.mm9 (4)
RnBeads.rn5 (4)
rncl (1)
RNeXML (1)
rngtools (2)
rngWELL (1)
Rnits (53)
rnoaa (1)
RNOmni (1)
roar (59)
roastgsa (27)
robfilter (2)
RobinCar (1)
RobStatTM (1)
robumeta (1)
robust (14)
robustbase (27)
robustlmm (1)
ROC (1027)
ROCit (1)
ROCpAI (43)
ROCR (2)
RODBC (3)
ROI (1)
ROI.plugin.glpk (1)
ROI.plugin.lpsolve (1)
RolDE (49)
Roleswitch (14)
roleswitch (1)
Rolexa (8)
roll (1)
rols (425)
roma (1)
ROntoTools (215)
Rook (1)
rootSolve (14)
ropls (1199)
roptim (0)
ROracle (1)
ROSE (1)
ROSeq (47)
rosettR (1)
rotl (1)
ROTS (207)
round (1)
roxygen (1)
roxygen2 (98)
RPA (104)
rpact (1)
rpart (63)
rpart.plot (1)
RPEGLMEN (1)
RPEIF (1)
RPESE (1)
rpf (1)
RPMG (7)
RPostgres (23)
RPostgreSQL (2)
RPresto (1)
rprimer (72)
rprintf (1)
rprojroot (148)
RProtoBuf (1)
RProtoBufLib (2722)
rpsftm (1)
RpsiXML (20)
RPtests (1)
RPushbullet (1)
rpx (243)
Rqc (264)
rqt (53)
rqubic (83)
rr2 (1)
rrapply (1)
rrBLUP (1)
rrcov (18)
rrcovNA (1)
rRDP (63)
Rredland (2)
rredlist (1)
RRHO (98)
RRPP (1)
rrsq (1)
rrvgo (442)
rsample (18)
Rsamtools (23256)
rsamtools (0)
rsatscan (1)
rsbml (155)
RSclient (1)
rsconnect (48)
rScudo (51)
RSEIS (7)
RSelenium (1)
rsemmed (44)
RSeqAn (81)
Rserve (1)
rSFFreader (10)
RSiena (1)
rslurm (1)
rsm (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (0)
Rsmlx.2 (0)
RSNNS (0)
RSNPper (2)
rsnps (1)
Rsolnp (2)
rsparkling (1)
rsparse (1)
RSpectra (3)
Rspectra (1)
rspm (1)
RSQLite (162)
Rssa (0)
RsSimulx (0)
RsSimulx.1 (0)
rstan (13)
rstanarm (1)
rstanemax (1)
rstantools (13)
rstatix (21)
rstpm2 (1)
rstudio (1)
rstudioapi (146)
Rsubread (2246)
rsvd (9)
rsvg (3)
RSVSim (66)
rSWeeP (46)
Rsymphony (1)
rtables (3)
rTANDEM (17)
RTCA (59)
RTCGA (541)
RTCGAToolbox (573)
rtdists (1)
rtf (1)
rticles (1)
rtkore (1)
RTN (172)
RTNduals (81)
RTNsurvival (61)
RTools4TB (2)
RTopper (58)
Rtpca (45)
rtracklayer (21395)
Rtreemix (58)
rTRM (142)
rTRMui (63)
Rtsne (22)
Rttf2pt1 (2)
rtweet (7)
rubasic (1)
Ruchardet (1)
rugarch (2)
runibic (78)
RUnit (8)
runjags (1)
runonce (0)
Runuran (1)
ruODK (1)
rusinglecell (1)
Ruuid (4)
ruv (1)
RUVcorr (58)
RUVnormalize (66)
RUVSeq (935)
RUVseq (0)
RVAideMemoire (1)
Rvcg (1)
rvcheck (2)
RVenn (0)
rversions (35)
rvertnet (1)
rvest (73)
rvg (1)
Rvisdiff (29)
Rvmmin (1)
RVS (50)
RVtests (0)
Rwave (7)
RWebServices (4)
RWiener (1)
rWikiPathways (390)
rworldmap (1)
RxODE (1)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
Ryacas (1)
rzmq (2)

S

s2 (51)
S4Arrays (36050)
S4Vectors (54690)
s4vectors (1)
S4vectors (1)
saemix (1)
safe (610)
safeBinaryRegression (1)
safetyData (1)
safetyexploreR (1)
safetyMarginCalculation (0)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (54)
SAGx (18)
SAIGEgds (61)
samExploreR (8)
sampleClassifier (54)
sampleSelection (1)
sampling (1)
samr (6)
SamSPECTRAL (147)
sandwich (8)
sangeranalyseR (174)
sangerseqR (898)
SANTA (55)
santoku (1)
sapFinder (14)
saps (3)
SARC (31)
sarks (44)
sas7bdat (1)
saseR (10)
sasLM (1)
SASmixed (1)
sass (228)
sassy (1)
SASxport (1)
satchel (1)
satellite (2)
satuRn (266)
SAVER (1)
savR (28)
SBGNview (157)
SBGNview.data (1)
sbgr (2)
SBMLR (67)
SC3 (394)
sc3 (0)
scagnostics (1)
Scale4C (45)
ScaledMatrix (11879)
scales (101)
scAlign (16)
scalreg (1)
scam (1)
SCAN.UPC (163)
scanMiR (77)
scanMiRApp (58)
scAnnotatR (127)
SCANVIS (59)
SCArray (78)
SCArray.sat (49)
SCATE (77)
scater (6774)
scatterD3 (1)
scatterHatch (41)
scattermore (22)
scatterpie (16)
scatterplot3d (25)
scBFA (56)
SCBN (80)
scBubbletree (50)
scCB2 (53)
scClassifR (3)
scClassify (75)
scclusteval (1)
sccomp (95)
sccore (1)
sccs (1)
scCustomize (1)
scda (1)
scda.2021 (1)
scda.2022 (1)
scDataviz (80)
scDblFinder (1392)
ScDblFinder (1)
scDC (0)
scDD (139)
scDDboost (43)
scde (339)
scDesign3 (41)
scds (493)
SCENIC (1)
sceptre (1)
SCFA (46)
scFeatureFilter (50)
scFeatures (64)
scfind (6)
scGate (1)
scGPS (55)
scGSVA (1)
schex (230)
schoolmath (1)
scHOT (65)
scico (1)
scidb (1)
scider (34)
scifer (53)
Scillus (1)
scImpute (1)
ScISI (20)
scistreer (8)
scLinear (0)
scMAGeCK (8)
scmap (259)
scMerge (494)
scMET (49)
scmeth (69)
scMitoMut (9)
scMultiSim (8)
SCnorm (93)
scone (109)
Sconify (54)
SCOPE (55)
SCopeLoomR (1)
scoreInvHap (57)
scoringRules (1)
scp (128)
SCP (1)
scPCA (89)
scPipe (134)
scplot (1)
scran (4708)
scReClassify (45)
scRecover (57)
screenCounter (42)
ScreenR (42)
scRepertoire (387)
scrime (6)
scRNAseq (1)
scRNASeq.spatial (0)
scRNAseqApp (63)
scruff (66)
scry (235)
scrypt (4)
scs (1)
scShapes (45)
scsR (14)
scTensor (123)
scTGIF (139)
scTHI (45)
SCtools (1)
sctransform (17)
scTreeViz (49)
sctrnasform (1)
scuttle (9809)
scviewer (1)
scviR (48)
sda (1)
SDAMS (54)
sdmpredictors (1)
SDMTools (1)
sdpR (1)
sdtmchecks (1)
sechm (151)
secretbase (1)
secrets (1)
see (1)
seewave (0)
segmented (18)
segmenter (55)
segmentSeq (62)
selectKSigs (48)
selectr (1)
SELEX (54)
sem (0)
SemDist (46)
semEff (1)
semisup (48)
SemSim (2)
semsim (0)
semTools (1)
sen2r (1)
sendmailR (2)
sensitivity (1)
sensobol (1)
SEPA (6)
SEPIRA (27)
seq.hotSPOT (39)
seq2pathway (111)
seqArchR (83)
seqArchRplus (51)
SeqArray (912)
seqArray (1)
seqbias (76)
seqCAT (56)
seqCNA (51)
seqcombo (53)
SeqGate (43)
SeqGSEA (132)
seqinr (11)
seqLogo (3581)
seqlogo (0)
seqmagick (1)
seqminer (12)
Seqnames (0)
seqPattern (652)
seqplots (12)
seqsetvis (65)
SeqSQC (86)
seqTools (121)
sequenza (1)
SeqVarTools (444)
seriation (19)
SeruatObject (1)
servr (4)
sesame (659)
sesameData (1)
sessioninfo (18)
set6 (1)
SEtools (130)
setRNG (1)
sets (1)
settings (1)
seurat (1)
Seurat (45)
SeuratData (1)
SeuratDisk (1)
SeuratObject (32)
SeuratWrapper (1)
SeuratWrappers (1)
sevenbridges (64)
sevenC (50)
sf (43)
sfheaders (18)
sfsmisc (4)
sftime (1)
SGCP (101)
sgeostat (1)
SGP (1)
SGSeq (313)
shadowtext (17)
shape (35)
shapefiles (1)
shapes (1)
shapr (0)
SharedObject (150)
ShatterSeek (0)
SHELF (1)
shinipsum (1)
shiny (210)
shiny.fluent (1)
shiny.gosling (12)
shiny.react (1)
shiny.router (1)
shiny.semantic (1)
shinyAce (1)
shinyalert (3)
shinyauth (1)
shinyauthr (1)
shinyBS (9)
shinybusy (11)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (3)
shinydashboardPlus (10)
shinydisconnect (1)
shinyEffects (1)
shinyepico (65)
shinyfeedback (0)
shinyFeedback (1)
shinyFiles (13)
shinyglide (1)
shinyhelper (6)
ShinyItemAnalysis (18)
shinyjqui (1)
shinyjs (5)
shinyloadtest (1)
shinyLP (2)
shinymanager (2)
shinyMatrix (1)
shinyMethyl (106)
shinyMobile (1)
shinypanel (7)
shinyscreenshot (4)
shinySelect (0)
shinystan (1)
shinyTANDEM (13)
shinytest (1)
shinytest2 (7)
shinythemes (2)
shinytoastr (1)
shinyTree (3)
Shinyusagelogr (1)
shinyvalidate (51)
shinyWidgets (84)
ShortRead (6293)
shortread (0)
showimage (1)
showtext (2)
showtextdb (1)
SIAMCAT (113)
SICtools (46)
SID (1)
sidap (0)
sigaR (14)
SigCheck (56)
sigclust (1)
sigFeature (207)
Sigfried (1)
SigFuge (58)
siggenes (3344)
sights (54)
Signac (11)
signac (1)
signal (1)
signature.tools.lib (0)
signature.tools.lib.back (0)
signature.tools.lib.v2.1 (0)
signature.tools.lib.v2.1.2 (0)
signatureSearch (218)
signeR (74)
signet (7)
signifinder (53)
SignifReg (0)
sigPathway (28)
sigpathway (0)
SigsPack (50)
sigsquared (51)
SIM (53)
SIMAT (54)
SimBindProfiles (54)
SimBu (61)
SimComp (1)
SIMD (50)
SimDesign (1)
simex (1)
SimFFPE (43)
similaRpeak (59)
SimInf (1)
SIMLR (254)
simona (50)
simpar (1)
simPIC (8)
simpleaffy (98)
simplermarkdown (1)
simpleSeg (69)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (744)
simputation (1)
simr (1)
simresults (1)
SimSeq (0)
simsurv (1)
simulatorAPMS (3)
simulatorZ (9)
sincell (59)
single (42)
SingleCellAlleleExperiment (10)
SingleCellExperiment (14704)
SingleCelLExperiment (0)
SingleCellSignalR (254)
singleCellTK (247)
SingleMoleculeFootprinting (52)
SingleR (3868)
singleR (0)
SingleRBook (3)
singscore (1254)
SiPSiC (46)
sirnakit (1)
SIS (1)
siscreener (1)
SISPA (29)
sitadela (47)
sitePath (56)
sitmo (8)
sizepower (62)
SJava (5)
sjlabelled (1)
sjmisc (1)
sjPlot (1)
sjstats (1)
SKAT (12)
sketchR (10)
SkewHyperbolic (2)
skewr (43)
skewt (1)
skimr (1)
skmeans (1)
slackr (0)
slalom (103)
slam (3)
sleuth (1)
SLGI (16)
slickR (0)
slider (16)
slingshot (1458)
slinky (6)
sloop (1)
slopeR (1)
SLqPCR (61)
sm (1)
smacof (1)
SMAD (48)
SMAP (45)
smartdata (0)
SmartEDA (1)
smartid (9)
smcfcs (1)
smfishHmrf (1)
SMITE (56)
smldesign (1)
smooth (1)
smoothclust (9)
smoother (0)
smoothHR (0)
smotefamily (1)
SMVar (7)
sn (13)
sna (2)
SNAData (2)
SNAGEE (54)
snakecase (19)
SnapATAC (1)
snapCGH (105)
snapcount (56)
snifter (136)
snm (166)
snow (11)
SnowballC (3)
snowfall (1)
snpar (1)
SNPchip (20)
SNPediaR (51)
SNPhood (58)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (0)
snpMatrix (9)
snpmatrix (1)
SNPRelate (1646)
snpStats (2254)
SOAR (0)
sodium (12)
softImpute (1)
soGGi (329)
soilDB (1)
sojourner (11)
solrium (1)
som (1)
SomaDataIO (1)
SomatiCA (10)
SomaticSignatures (179)
SomaVarDB (1)
SOMbrero (1)
sommer (1)
SOMNiBUS (55)
sortable (5)
sos (1)
soundecology (0)
SoupX (1)
sourcetools (42)
sp (90)
spacefillr (1)
SpaceMarkers (9)
SpacePAC (96)
spacetime (1)
SPACox (0)
spacrt (1)
spade (11)
spam (5)
spam64 (1)
spaMM (1)
Spaniel (77)
sparkline (1)
sparklyr (12)
SPARQL (1)
sparrow (107)
SparseArray (23860)
sparsebn (1)
sparseDOSSA (36)
SparseGrid (1)
SparseM (6)
sparseMatrixStats (15488)
sparsenetgls (48)
sparsepca (1)
SparseSignatures (55)
sparsesvd (18)
spaSim (58)
spatial (38)
SpatialCPie (72)
spatialDE (103)
SpatialDecon (176)
SpatialEpi (1)
SpatialExperiment (1804)
SpatialFeatureExperiment (152)
spatialHeatmap (154)
SpatialOmicsOverlay (64)
spatialreg (1)
spatstat (2)
spatstat.core (14)
spatstat.data (18)
spatstat.explore (26)
spatstat.geom (34)
spatstat.linnet (2)
spatstat.model (2)
spatstat.random (33)
spatstat.sparse (19)
spatstat.utils (19)
spatsurv (1)
spatzie (47)
spd (1)
spData (10)
spdata (1)
spdep (2)
spec (1)
speckle (153)
specL (59)
SpeCond (71)
spectacles (1)
Spectra (1569)
SpectralTAD (78)
speedglm (1)
SPEI (1)
spelling (2)
SPEM (72)
spgs (1)
SPIA (651)
SPIAT (106)
spicyR (184)
SpidermiR (79)
spikeLI (48)
spiky (45)
spillR (11)
spkTools (53)
splancs (7)
splatter (425)
splicegear (13)
spliceR (15)
spliceSites (15)
SpliceWiz (82)
SplicingFactory (42)
SplicingGraphs (91)
splines (1)
splines2 (1)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (66)
SPLINTER (57)
splitTools (1)
splots (208)
spls (1)
splus2R (2)
spocc (1)
SPONGE (57)
spoon (9)
SpotClean (89)
SPOTlight (223)
spotSegmentation (12)
SpotSweeper (6)
spp (1)
SPP (1)
spqn (47)
spsComps (1)
SPsimSeq (134)
SQLDataFrame (50)
sqldf (1)
SQUADD (45)
SQUAREM (2)
sRACIPE (62)
SRAdb (378)
sradb (1)
sRAP (14)
SRGnet (7)
srnadiff (53)
sROC (0)
ssanv (1)
sscore (31)
sscu (49)
SSDM (1)
sSeq (175)
ssh (1)
ssh.utils (0)
ssize (92)
sSNAPPY (102)
SSPA (65)
ssPATHS (43)
ssrch (78)
ssviz (54)
stabledist (1)
stabs (1)
stageR (180)
stam (2)
STAN (15)
standR (116)
StanHeaders (14)
staRank (64)
StarBioTrek (53)
stargazer (1)
Starr (14)
stars (3)
starter (1)
startup (5)
startupmsg (0)
StatCharrms (1)
STATegRa (60)
Statial (63)
statmod (3)
statnet (1)
statnet.common (2)
stats (1)
stats4 (1)
statsExpressions (2)
statTarget (96)
STdeconvolve (126)
stdmchecks (1)
stdReg (1)
stepNorm (54)
stepwiseCM (10)
stevedore (1)
sticky (1)
stinepack (1)
stJoincount (53)
stopwords (1)
storr (1)
strandCheckR (52)
Streamer (60)
strex (1)
string (1)
STRINGdb (1143)
stringdist (21)
stringfish (6)
stringi (211)
stringr (182)
striprtf (1)
STROMA4 (30)
strucchange (1)
struct (148)
Structstrings (157)
structToolbox (105)
StructuralVariantAnnotation (213)
structuralvariantannotation (1)
styler (67)
SubCellBarCode (53)
subplex (1)
subselect (1)
subSeq (69)
SUITOR (41)
SummarizedBenchmark (51)
SummarizedExperiment (38282)
summarizedExperiment (1)
summarytools (1)
Summix (39)
sunburstR (0)
superheat (1)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supersigs (42)
SuppDists (1)
supraHex (424)
surfaltr (44)
SurfR (8)
survClust (1)
survcomp (1051)
survex (1)
survey (2)
survival (142)
survivalROC (1)
survminer (3)
survMisc (2)
survMS (1)
survPen (1)
survPresmooth (1)
survtype (52)
Sushi (62)
susieR (20)
sva (7145)
svaNUMT (57)
SVAPLSseq (7)
svaRetro (58)
svd (1)
svDialogs (1)
svglite (28)
svGUI (1)
SVM2CRM (7)
SVMDO (101)
svMisc (1)
svUnit (1)
swagger (1)
swamp (1)
SWATH2stats (59)
SwathXtend (62)
swfdr (58)
Swiffer (1)
SwimR (11)
swirl (1)
switchBox (121)
switchde (57)
sybil (1)
sybilGUROBI (1)
sybilSBML (1)
sylly (1)
sylly.en (1)
symengine (1)
symphony (1)
synapser (1)
synapsis (42)
synapter (93)
synbreed (1)
synergyfinder (184)
SynExtend (52)
synlet (49)
SynMut (47)
syntenet (123)
Synth (1)
sys (147)
sysfonts (2)
systemfit (1)
systemfonts (181)
systemPipeR (1187)
systempiper (1)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (60)
systemPipeTools (50)
syuzhet (1)

T

table1 (2)
tableHTML (1)
tableone (1)
tables (2)
tabulizer (1)
tabulizerjars (1)
tadar (36)
TADCompare (79)
TailRank (4)
tanggle (62)
TAPseq (55)
tarchetypes (5)
target (47)
TargetDecoy (44)
targets (6)
TargetScore (66)
TargetSearch (70)
targetsearch (0)
TarSeqQC (13)
taskscheduleR (1)
TauStar (1)
taxize (1)
taxonomizr (1)
TBSignatureProfiler (67)
TCC (194)
TCGAbiolinks (3557)
TCGAbiolinksGUI (26)
TCGAbiolinksGUI.data (1)
TCGAplot (1)
TCGAutils (835)
tcltk (1)
tcltk2 (1)
tclust (1)
TCseq (155)
TDARACNE (16)
TDbasedUFE (75)
TDbasedUFEadv (60)
TeachingDemos (1)
teal (1)
teal.builder.modules (1)
teal.code (1)
teal.data (2)
teal.logger (1)
teal.modules.clinical (1)
teal.modules.general (1)
teal.modules.sanofi (1)
teal.osprey (1)
teal.reporter (1)
teal.slice (1)
teal.widgets (1)
TEKRABber (100)
templater (1)
tensor (1)
tensorA (9)
tensorflow (18)
TENxIO (50)
TENxPBMCData (1)
tenXplore (52)
TEQC (68)
tergm (1)
tern (1)
tern.gee (1)
tern.mmrm (1)
ternarynet (56)
terra (41)
terraTCGAdata (52)
tesseract (1)
tester (1)
testit (1)
testthat (228)
texreg (2)
text2vec (1)
textfeatures (1)
textrecipes (1)
textshaping (81)
TFARM (48)
tfautograph (1)
TFBSTools (3242)
tfbstools (0)
tfdatasets (1)
TFEA.ChIP (67)
TFHAZ (52)
TFisher (1)
TFMPvalue (8)
tfrmt (1)
tfruns (14)
tfse (1)
TFutils (75)
tgp (1)
tgxWebservices (1)
TH.data (48)
thematic (5)
themeSanofi (1)
themis (1)
this.path (1)
threejs (1)
ThresholdROC (1)
tibbke (1)
tibble (93)
tictoc (5)
tidybayes (1)
tidybulk (196)
tidycensus (26)
tidyclust (1)
tidycmprsk (1)
tidyCoverage (10)
tidydr (1)
tidyFlowCore (1)
tidygraph (25)
tidyHeatmap (1)
tidyjson (0)
tidylog (1)
tidymodels (15)
tidyomics (10)
tidyposterior (1)
tidypredict (1)
tidyproteomics (1)
tidyquant (1)
tidyr (135)
tidyrules (1)
tidyselect (87)
tidySEM (1)
tidyseurat (1)
tidySingleCellExperiment (196)
tidySpatialExperiment (13)
tidySummarizedExperiment (316)
tidyterra (1)
tidytext (3)
tidytlg (1)
tidytree (42)
tidyTree (1)
tidyverse (18)
tidyvpc (1)
tidyxl (1)
tiff (3)
tigre (58)
tigris (25)
tikzDevice (1)
tiledb (1)
TileDBArray (55)
tilingArray (144)
timechange (89)
timecourse (72)
timeDate (33)
timeOmics (71)
TimeProjection (1)
timereg (1)
TimerQuant (0)
timescape (76)
timeSeries (7)
TimeSeriesExperiment (10)
timetk (2)
TimiRGeN (61)
Timma (1)
TIN (51)
TINC (0)
tinkr (1)
tinysnapshot (1)
tinytest (1)
tinytex (266)
tippy (1)
tis (1)
TissueEnrich (156)
TitanCNA (81)
titanic (1)
tkrgl (0)
tkrplot (1)
tkWidgets (1277)
tkwidgets (1)
tldrm (1)
TLMoments (1)
tLOH (46)
tm (2)
tmap (1)
TMB (33)
TMixClust (63)
tmle (1)
tmvnsim (1)
tmvtnorm (1)
TNBC.CMS (52)
TNO (1)
TnT (43)
TOAST (384)
toastui (1)
tofsims (9)
tokenizers (3)
tokupika (1)
tolerance (1)
tomoda (42)
tomoseqr (44)
tools (1)
toOrdinal (1)
TOP (46)
ToPASeq (8)
topconfects (168)
topdownr (74)
topGO (3028)
topgo (0)
topicmodels (1)
torch (1)
tornado (1)
ToxicoGx (66)
Tplyr (2)
TPP (94)
TPP2D (52)
tpSVG (9)
tracee (1)
tracktables (116)
trackViewer (487)
trackviewer (1)
tradeSeq (501)
tradeseq (1)
traits (1)
TrajectoryGeometry (40)
TrajectoryUtils (1867)
tram (1)
TraMineR (0)
transcriptogramer (60)
transcriptR (68)
transformGamPoi (69)
transformr (1)
transite (55)
translations (1)
tRanslatome (118)
transmogR (9)
transomics2cytoscape (49)
transport (1)
TransView (55)
TraRe (6)
traseR (51)
Travel (4)
traviz (57)
tree (1)
TreeAndLeaf (129)
treeclimbR (10)
treeio (19780)
treekoR (57)
treemap (1)
treemapify (1)
treespace (1)
TreeSummarizedExperiment (1565)
TREG (44)
trena (39)
TReNA (2)
Trendy (58)
TRESS (96)
triangle (1)
tricycle (212)
triebeard (3)
triform (15)
trigger (62)
trimcluster (0)
trio (99)
tripack (1)
triplex (55)
tripr (48)
tRNA (140)
tRNAdbImport (113)
tRNAscanImport (74)
TRONCO (72)
trtf (1)
truncdist (1)
truncnorm (4)
truncreg (1)
trust (0)
TSAR (25)
TSCAN (613)
tscR (19)
tseries (4)
tseriesChaos (0)
tsfeatures (3)
tsibble (1)
tsibbledata (1)
tsModel (1)
tsna (0)
tsne (1)
tsoutliers (1)
TSP (18)
tspair (16)
TSRchitect (11)
TSSi (14)
ttdo (0)
ttgsea (82)
TTMap (47)
TTR (5)
ttservice (1)
tufte (1)
tune (14)
tuneR (0)
tuneRanger (1)
TurboNorm (62)
TVTB (60)
twang (1)
twangContinuous (1)
tweeDEseq (136)
tweedie (1)
tweenr (16)
twilight (109)
twoddpcr (55)
TwoSampleMR (0)
twosamples (1)
txcutr (45)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (6)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene (0)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene (6)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene (1)
txdbmaker (313)
tximeta (1144)
tximport (3325)
tximportDat (1)
tximportData (1)
TxRegInfra (7)
txtq (1)
TypeInfo (50)
tzdb (79)

U

uatools (1)
UCell (1222)
uchardet (1)
ucminf (2)
UCSC.utils (3449)
udunits2 (1)
ufs (1)
Ularcirc (63)
umap (12)
UMI4Cats (57)
unbalanced (0)
uncoverappLib (55)
UNDO (72)
Unicode (1)
unifiedWMWqPCR (53)
UniProt.ws (423)
uniqueAtomMat (0)
Uniquorn (56)
unitizer (1)
units (56)
universalmotif (515)
unmarked (1)
unrtf (1)
updateObject (45)
UPDhmm (7)
UpSetR (1)
uqot (1)
urca (3)
urlchecker (1)
urltools (1)
uroot (0)
usdm (1)
useful (1)
usethis (100)
usmap (1)
usmapdata (1)
uSORT (48)
UTAR (0)
utf8 (207)
utils (1)
utilsRmd (1)
utilsStuff (1)
uuid (139)
uwot (47)

V

V.PhyloMaker2 (1)
V8 (23)
VAExprs (44)
validate (1)
valr (1)
VAM (1)
VanillaICE (182)
vaplot (1)
vapour (0)
VarCon (43)
variables (1)
variancePartition (947)
VariantAnnotation (9475)
variantannotation (1)
VariantExperiment (49)
VariantFiltering (88)
VariantTools (169)
VariantWarehouseBMS (1)
varImp (1)
vars (1)
vasp (3)
VaSP (57)
vaultr (1)
vbmp (74)
VBsparsePCA (1)
vcd (2)
VCFArray (59)
vcfR (1)
vcr (1)
vctrs (307)
vdbR (1)
vdiffr (2)
VDJdive (48)
Vega (12)
VegaMC (52)
vegan (5)
vegawidget (1)
velociraptor (118)
velocyto.R (1)
veloviz (48)
vembedr (1)
vendormetadatahelpers (1)
venn (9)
VennDetail (223)
VennDiagram (1)
venneuler (1)
VERSO (48)
VGAM (15)
VGAMextra (1)
vhydeg (0)
VIBER (0)
vidger (97)
VIM (1)
vimp (1)
VineCopula (1)
vioplot (0)
vip (1)
viper (700)
vipor (10)
viridis (138)
viridisLite (103)
viridislite (0)
virtualArray (6)
visdat (1)
ViSEAGO (124)
VisiumIO (9)
visNetwork (3)
visR (1)
vissE (97)
vistime (31)
vitae (1)
Voyager (100)
vpc (1)
VplotR (54)
vroom (152)
vscDebugger (1)
vsclust (50)
vsn (5302)
vtpnet (72)
vulcan (64)

W

waddR (52)
waffle (1)
waiter (10)
wakefield (1)
waldo (153)
wallace (1)
warp (12)
wateRmelon (734)
wavClusteR (61)
waveslim (0)
waveTiling (15)
wdm (1)
wdman (1)
weaver (61)
webbioc (63)
webchem (1)
webdriver (1)
webfakes (1)
WebGestaltR (1)
webmockr (1)
webp (1)
webshot (30)
webshot2 (2)
websocket (1)
webutils (1)
WeightIt (1)
weights (3)
WeightSVM (0)
weitrix (50)
WES.1KG.WUGSC (1)
wesanderson (1)
WGCNA (12)
WGScan (0)
WGSmapp (0)
whereami (0)
whisker (51)
whitening (1)
whoami (1)
widgetInvoke (2)
widgetTools (1277)
widgettools (1)
wiggleplotr (167)
WikidataQueryServiceR (1)
WikidataR (1)
WikipediR (2)
wikitaxa (1)
wildmeta (1)
winboxr (1)
withr (228)
wk (55)
wmtsa (1)
wordcloud (1)
wordcloud2 (1)
workflowr (1)
workflows (13)
workflowsets (13)
WorldFlora (1)
worrms (1)
wpm (54)
wppi (46)
wrapr (1)
Wrench (1649)
writexl (16)
WriteXLS (2)
wrMisc (1)
WRS2 (1)

X

xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
xbioc (1)
XBSeq (9)
XCIR (5)
xcms (1860)
xcore (46)
XDE (64)
xdg-utils (0)
Xeva (59)
xfun (302)
xgboost (52)
xgxr (1)
XIFF (1)
XINA (44)
XLConnect (1)
XLConnectJars (1)
xlsx (1)
xlsxjars (1)
xmapbridge (55)
xmapcore (3)
XML (94)
xml2 (173)
xmlparsedata (1)
XNAString (50)
xopen (9)
xpose (1)
xpose.nlmixr2 (1)
xpose4 (1)
xps (16)
xrf (1)
xslt (1)
xtable (2)
xts (14)
XVector (47755)
XVectorb (0)

Y

y2hStat (1)
yaImpute (1)
yaml (137)
yamss (60)
YAPSA (80)
yaqcaffy (15)
yardstick (18)
yarn (135)
ylab.utils (1)
ymlthis (0)
yspec (1)
yulab.utils (49)

Z

zCompositions (8)
zeallot (1)
zellkonverter (1068)
zelusutils (1)
zen4R (1)
zenith (134)
zFPKM (111)
zinbwave (877)
zingeR (1)
zip (140)
Ziploc (1)
zli (1)
zlibbioc (50903)
zoo (30)
ZygosityPredictor (44)