### R code from vignette source 'Cardinal-2-guide.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Cardinal-2-guide.Rnw:10-11 ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: Cardinal-2-guide.Rnw:27-32 ################################################### library(Cardinal) options(Cardinal.verbose=FALSE) options(Cardinal.progress=FALSE) options(width=100) register(SerialParam()) ################################################### ### code chunk number 3: Cardinal-2-guide.Rnw:62-64 (eval = FALSE) ################################################### ## install.packages("BiocManager") ## BiocManager::install("Cardinal") ################################################### ### code chunk number 4: Cardinal-2-guide.Rnw:80-83 (eval = FALSE) ################################################### ## name <- "common name of your .imzML and .ibd files" ## folder <- "/path/to/the/folder/containing/the/files" ## data <- readImzML(name, folder, as="MSImagingExperiment") ################################################### ### code chunk number 5: Cardinal-2-guide.Rnw:92-94 (eval = FALSE) ################################################### ## # import large datasets without loading them into memory ## data <- readImzML(name, folder, attach.only=TRUE, as="MSImagingExperiment") ################################################### ### code chunk number 6: Cardinal-2-guide.Rnw:101-109 (eval = FALSE) ################################################### ## # import 'processed' data between m/z 500 - 600 ## data <- readImzML(name, folder, mass.range=c(500,600), as="MSImagingExperiment") ## ## # import 'processed' data binned to 100 ppm ## data <- readImzML(name, folder, resolution=100, units="ppm", as="MSImagingExperiment") ## ## # import 'processed' data binned to 1 m/z ## data <- readImzML(name, folder, resolution=1, units="mz", as="MSImagingExperiment") ################################################### ### code chunk number 7: Cardinal-2-guide.Rnw:114-115 (eval = FALSE) ################################################### ## writeImzML(data, name, folder, mz.type="64-bit float", intensity.type="32-bit float") ################################################### ### code chunk number 8: Cardinal-2-guide.Rnw:128-131 (eval = FALSE) ################################################### ## name <- "common name of your .hdr, .img, and .t2m files" ## folder <- "/path/to/the/folder/containing/the/files" ## data <- readAnalyze(name, folder, as="MSImagingExperiment") ################################################### ### code chunk number 9: Cardinal-2-guide.Rnw:136-138 (eval = FALSE) ################################################### ## # import large datasets without loading them into memory ## data <- readAnalyze(name, folder, attach.only=TRUE, as="MSImagingExperiment") ################################################### ### code chunk number 10: Cardinal-2-guide.Rnw:143-144 (eval = FALSE) ################################################### ## writeAnalyze(data, name, folder, intensity.type="16-bit integer") ################################################### ### code chunk number 11: Cardinal-2-guide.Rnw:153-155 (eval = FALSE) ################################################### ## file <- "/path/to/an/imaging/data/file.extension" ## data <- readMSIData(file, as="MSImagingExperiment") ################################################### ### code chunk number 12: Cardinal-2-guide.Rnw:180-182 ################################################### xdf <- XDataFrame(a=1:10, b=letters[1:10]) xdf ################################################### ### code chunk number 13: Cardinal-2-guide.Rnw:192-198 ################################################### coord <- expand.grid(x=1:9, y=1:9) run <- factor(rep("Run 1", nrow(coord))) pid <- seq_len(nrow(coord)) pdata <- PositionDataFrame(run=run, coord=coord, pid=pid) pdata ################################################### ### code chunk number 14: Cardinal-2-guide.Rnw:203-204 ################################################### head(run(pdata)) ################################################### ### code chunk number 15: Cardinal-2-guide.Rnw:209-210 ################################################### coord(pdata) ################################################### ### code chunk number 16: Cardinal-2-guide.Rnw:215-217 ################################################### gridded(pdata) resolution(pdata) ################################################### ### code chunk number 17: Cardinal-2-guide.Rnw:230-235 ################################################### mz <- seq(from=500, to=600, by=0.2) fid <- seq_along(mz) fdata <- MassDataFrame(mz=mz, fid=fid) fdata ################################################### ### code chunk number 18: Cardinal-2-guide.Rnw:240-242 ################################################### head(mz(fdata)) resolution(fdata) ################################################### ### code chunk number 19: Cardinal-2-guide.Rnw:253-260 ################################################### set.seed(1) data0 <- generateSpectrum(nrow(pdata), range=c(500, 600), peaks=3, baseline=3000, noise=0.01, sd=0.5, resolution=300, step=0.2) data1 <- generateSpectrum(nrow(pdata), range=c(500, 600), peaks=3, baseline=3000, noise=0.01, sd=0.5, resolution=300, step=0.2) idata <- ImageArrayList(list(data0=data0$x, data1=data1$x)) idata ################################################### ### code chunk number 20: Cardinal-2-guide.Rnw:265-267 ################################################### dim(idata[[1]]) dim(idata[["data1"]]) ################################################### ### code chunk number 21: Cardinal-2-guide.Rnw:282-284 ################################################### msdata <- MSImagingExperiment(imageData=idata, featureData=fdata, pixelData=pdata) msdata ################################################### ### code chunk number 22: Cardinal-2-guide.Rnw:289-292 ################################################### imageData(msdata) pixelData(msdata) featureData(msdata) ################################################### ### code chunk number 23: Cardinal-2-guide.Rnw:297-301 ################################################### dim(iData(msdata)) dim(iData(msdata, 1)) dim(iData(msdata, "data0")) dim(spectra(msdata)) ################################################### ### code chunk number 24: Cardinal-2-guide.Rnw:316-318 ################################################### msdata0 <- MSImagingExperiment(imageData=data0$x, featureData=fdata, pixelData=pdata) msdata0 ################################################### ### code chunk number 25: Cardinal-2-guide.Rnw:331-335 ################################################### t <- matter::rep_vt(list(data1$t), ncol(data1$x)) x <- lapply(1:ncol(data1$x), function(i) data1$x[,i]) data1b <- matter::sparse_mat(data=list(keys=t, values=x), nrow=length(t[[1]]), ncol=length(x), keys=t[[1]]) ################################################### ### code chunk number 26: Cardinal-2-guide.Rnw:340-342 ################################################### msdata1 <- MSImagingExperiment(imageData=data1b, featureData=fdata, pixelData=pdata) msdata1 ################################################### ### code chunk number 27: Cardinal-2-guide.Rnw:351-355 ################################################### head(mzData(msdata1)[[1]]) # m/z of spectrum 1 head(peakData(msdata1)[[1]]) # intensities of spectrum 1 head(mzData(msdata1)[[2]]) # m/z of spectrum 2 head(peakData(msdata1)[[2]]) # intensities of spectrum 2 ################################################### ### code chunk number 28: Cardinal-2-guide.Rnw:372-374 ################################################### msdata[1:10,] msdata[,1:10] ################################################### ### code chunk number 29: Cardinal-2-guide.Rnw:379-380 ################################################### cbind(msdata0, msdata1) ################################################### ### code chunk number 30: Cardinal-2-guide.Rnw:387-389 ################################################### select(msdata, x < 4, y < 4) # select based on pixels filter(msdata, mz < 550) # filter based on m/z features ################################################### ### code chunk number 31: Cardinal-2-guide.Rnw:398-401 ################################################### msdata %>% select(x < 5, y < 5) %>% filter(mz > 525) ################################################### ### code chunk number 32: Cardinal-2-guide.Rnw:411-415 ################################################### tic <- pixelApply(msdata, sum, BPPARAM=SerialParam()) # calculate TIC head(tic) ms <- featureApply(msdata, mean, BPPARAM=SerialParam()) # calculate mean spectrum head(ms) ################################################### ### code chunk number 33: Cardinal-2-guide.Rnw:428-430 ################################################### summarize(msdata, sum, .by="pixel") # calculate TIC summarize(msdata, .stat="mean") # calculate mean spectrum ################################################### ### code chunk number 34: plot0 ################################################### plot(msdata, pixel=1) ################################################### ### code chunk number 35: plot1 ################################################### plot(msdata, coord=list(x=2, y=2)) ################################################### ### code chunk number 36: Cardinal-2-guide.Rnw:477-478 ################################################### plot(msdata, pixel=1) ################################################### ### code chunk number 37: Cardinal-2-guide.Rnw:485-486 ################################################### plot(msdata, coord=list(x=2, y=2)) ################################################### ### code chunk number 38: image0 ################################################### image(msdata, feature=1) ################################################### ### code chunk number 39: image1 ################################################### image(msdata, mz=550, plusminus=0.5) ################################################### ### code chunk number 40: Cardinal-2-guide.Rnw:515-516 ################################################### image(msdata, feature=1) ################################################### ### code chunk number 41: Cardinal-2-guide.Rnw:523-524 ################################################### image(msdata, mz=550, plusminus=0.5) ################################################### ### code chunk number 42: Cardinal-2-guide.Rnw:557-559 ################################################### tmp <- process(msdata, function(x) x + 1, label="add1") tmp ################################################### ### code chunk number 43: Cardinal-2-guide.Rnw:566-574 ################################################### tmp <- msdata %>% process(function(x) ifelse(x > 0, x, 0), label="pos", delay=TRUE) %>% process(function(x) x + 1, label="add1", delay=TRUE) %>% process(log2, label="log2", delay=TRUE) %>% select(x <= 4, y <= 4) %>% filter(mz < 550) process(tmp, BPPARAM=SerialParam()) ################################################### ### code chunk number 44: process0 (eval = FALSE) ################################################### ## tmp <- msdata %>% ## smoothSignal() %>% ## reduceBaseline() %>% ## peakPick() %>% ## peakFilter() %>% ## select(x == 1, y == 1) %>% ## process(plot=TRUE, ## par=list(layout=c(1,3)), ## BPPARAM=SerialParam()) ################################################### ### code chunk number 45: Cardinal-2-guide.Rnw:601-602 ################################################### tmp <- msdata %>% smoothSignal() %>% reduceBaseline() %>% peakPick() %>% peakFilter() %>% select(x == 1, y == 1) %>% process(plot=TRUE, par=list(layout=c(1,3)), BPPARAM=SerialParam()) ################################################### ### code chunk number 46: Cardinal-2-guide.Rnw:656-658 ################################################### msdata0b <- as(msdata0, "MSImageSet") msdata0b ################################################### ### code chunk number 47: Cardinal-2-guide.Rnw:663-665 ################################################### msdata0c <- as(msdata0b, "MSImagingExperiment") msdata0c ################################################### ### code chunk number 48: Cardinal-2-guide.Rnw:675-676 ################################################### toLatex(sessionInfo())