### R code from vignette source 'vignettes/specL/inst/doc/specL.Rnw'

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### code chunk number 1: style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: specL.Rnw:73-74
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options(width = 80)


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### code chunk number 3: specL.Rnw:77-79
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library(specL)
data(peptideStd)


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### code chunk number 4: specL.Rnw:94-96
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demoIdx <- 40
str(peptideStd[[demoIdx]])


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### code chunk number 5: specL.Rnw:108-112
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res.peakplot <- peakplot(peptideSequence=peptideStd[[demoIdx]]$peptideSequence, 
               spec=peptideStd[[demoIdx]], 
               ion.axes=TRUE)



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### code chunk number 6: specL.Rnw:131-141
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 irtFASTAseq <- paste(">zz|ZZ_FGCZCont0260|",
"iRT_Protein_with_AAAAK_spacers concatenated Biognosys\n",
"LGGNEQVTRAAAAKGAGSSEPVTGLDAKAAAAKVEATFGVDESNAKAAAAKYILAGVENS",
"KAAAAKTPVISGGPYEYRAAAAKTPVITGAPYEYRAAAAKDGLDAASYYAPVRAAAAKAD",
"VTPADFSEWSKAAAAKGTFIIDPGGVIRAAAAKGTFIIDPAAVIRAAAAKLFLQFGAQGS",
"PFLK\n")

Tfile <- file();  cat(irtFASTAseq, file = Tfile);
fasta.irtFASTAseq <-read.fasta(Tfile, as.string=TRUE, seqtype="AA")
close(Tfile)


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### code chunk number 7: specL.Rnw:147-148
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peptideStd[[demoIdx]]$proteinInformation


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### code chunk number 8: specL.Rnw:152-154
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peptideStd <- annotateProteinID(peptideStd, 
    fasta=fasta.irtFASTAseq)


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### code chunk number 9: specL.Rnw:160-162
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(idx<-which(unlist(lapply(peptideStd, 
    function(x){nchar(x$proteinInformation)>0}))))


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### code chunk number 10: specL.Rnw:168-169
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peptideStd[[demoIdx]]$proteinInformation


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### code chunk number 11: specL.Rnw:174-175 (eval = FALSE)
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## digestPattern = "(([RK])|(^)|(^M))"


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### code chunk number 12: specL.Rnw:189-191
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res.genSwathIonLib <- genSwathIonLib(data=peptideStd, 
                                     data.fit=peptideStd.redundant)


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### code chunk number 13: specL.Rnw:197-198
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res.genSwathIonLib@ionlibrary[[demoIdx]]


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### code chunk number 14: specL.Rnw:202-203
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plot(res.genSwathIonLib@ionlibrary[[demoIdx]])


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### code chunk number 15: specL.Rnw:207-219
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# define customized fragment ions
# for demonstration lets consider only the top five singly charged y ions.

r.genSwathIonLib.top5 <- genSwathIonLib(peptideStd,
    peptideStd.redundant, topN=5,
    fragmentIonFUN=function (b, y) {
      return( cbind(y1_=y) )
      }
    )

plot(r.genSwathIonLib.top5@ionlibrary[[demoIdx]])



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### code chunk number 16: specL.Rnw:252-253 (eval = FALSE)
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## iRTpeptides


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### code chunk number 17: specL.Rnw:259-260 (eval = FALSE)
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## fit <- lm(formula = rt ~ aggregateInputRT * fileName, data=m)


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### code chunk number 18: specL.Rnw:267-269 (eval = FALSE)
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## data<-aggregate(df$rt, by=list(df$peptide, df$fileName), FUN=mean)
## data.fit<-aggregate(df.fit$rt, by=list(df.fit$peptide, df.fit$fileName), FUN=mean)


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### code chunk number 19: specL.Rnw:274-275 (eval = FALSE)
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## m <- merge(iRT, data.fit, by.x='peptide', by.y='peptide')


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### code chunk number 20: specL.Rnw:285-291
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# calls the plot method for a specLSet object
plot(res.genSwathIonLib)

# graph the iRT peptides of "zz|ZZ_FGCZCont0260|"
points(res.genSwathIonLib@rt.normalized[idx] ~ res.genSwathIonLib@rt.input[idx], 
       col='black', lwd=4, pch="x", cex=2)


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### code chunk number 21: specL.Rnw:303-304
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write.Spectronaut(res.genSwathIonLib, file="specL-Spectronaut.txt")


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### code chunk number 22: sessioninfo
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toLatex(sessionInfo())