### R code from vignette source 'vignettes/riboSeqR/inst/doc/riboSeqR.Rnw'

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### code chunk number 1: <style-Sweave
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BiocStyle::latex()


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### code chunk number 2: riboSeqR.Rnw:33-34
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library(riboSeqR)


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### code chunk number 3: riboSeqR.Rnw:39-40
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datadir <- system.file("extdata", package = "riboSeqR")


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### code chunk number 4: riboSeqR.Rnw:45-49
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chlamyFasta <- paste(datadir, "/rsem_chlamy236_deNovo.transcripts.fa", sep = "")
fastaCDS <- findCDS(fastaFile = chlamyFasta, 
                    startCodon = c("ATG"), 
                    stopCodon = c("TAG", "TAA", "TGA"))


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### code chunk number 5: riboSeqR.Rnw:53-57
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ribofiles <- paste(datadir, 
                   "/chlamy236_plus_deNovo_plusOnly_Index", c(17,3,5,7), sep = "")
rnafiles <- paste(datadir, 
                  "/chlamy236_plus_deNovo_plusOnly_Index", c(10,12,14,16), sep = "")


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### code chunk number 6: riboSeqR.Rnw:62-63
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riboDat <- readRibodata(ribofiles, rnafiles, replicates = c("WT", "WT", "M", "M"))


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### code chunk number 7: riboSeqR.Rnw:68-69
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fCs <- frameCounting(riboDat, fastaCDS)


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### code chunk number 8: frameshift
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fS <- readingFrame(rC = fCs); fS
plotFS(fS)


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### code chunk number 9: frameshift
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fS <- readingFrame(rC = fCs); fS
plotFS(fS)


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### code chunk number 10: riboSeqR.Rnw:92-94
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ffCs <- filterHits(fCs, lengths = c(27, 28), frames = list(1, 0), 
                   hitMean = 50, unqhitMean = 10, fS = fS)


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### code chunk number 11: plotcds27
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plotCDS(coordinates = ffCs@CDS, riboDat = riboDat, lengths = 27)


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### code chunk number 12: plotcds28
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plotCDS(coordinates = ffCs@CDS, riboDat = riboDat, lengths = 28)


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### code chunk number 13: figcds27
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plotCDS(coordinates = ffCs@CDS, riboDat = riboDat, lengths = 27)


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### code chunk number 14: figcds28
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plotCDS(coordinates = ffCs@CDS, riboDat = riboDat, lengths = 28)


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### code chunk number 15: plottranscript
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plotTranscript("CUFF.37930.1", coordinates = ffCs@CDS, 
               riboData = riboDat, length = 27, cap = 200)               


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### code chunk number 16: figtran
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plotTranscript("CUFF.37930.1", coordinates = ffCs@CDS, 
               riboData = riboDat, length = 27, cap = 200)               


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### code chunk number 17: riboSeqR.Rnw:145-146
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riboCounts <- sliceCounts(ffCs, lengths = c(27, 28), frames = list(0, 2))


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### code chunk number 18: riboSeqR.Rnw:151-152
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rnaCounts <- rnaCounts(riboDat, ffCs@CDS)


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### code chunk number 19: riboSeqR.Rnw:157-169
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library(baySeq)

pD <- new("countData", replicates = ffCs@replicates, 
          data = list(riboCounts, rnaCounts),
          groups = list(NDT = c(1,1,1,1), DT = c("WT", "WT", "M", "M")),
          annotation = as.data.frame(ffCs@CDS),
          densityFunction = bbDensity)
libsizes(pD) <- getLibsizes(pD)

pD <- getPriors(pD, cl = NULL)
pD <- getLikelihoods(pD, cl = NULL)
topCounts(pD, "DT", normaliseData = TRUE)


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### code chunk number 20: riboSeqR.Rnw:174-175
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sessionInfo()