### R code from vignette source 'vignettes/pepStat/inst/doc/pepStat.Rnw'

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### code chunk number 1: pepStat.Rnw:12-14
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library(knitr)
opts_chunk$set(tidy=FALSE)


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### code chunk number 2: loading-libraries
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library(pepDat)
library(pepStat)


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### code chunk number 3: read-data
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mapFile <- system.file("extdata/mapping.csv", package = "pepDat")
dirToParse <- system.file("extdata/gpr_samples", package = "pepDat")
pSet <- makePeptideSet(files = NULL, path = dirToParse,
                       mapping.file = mapFile, log=TRUE)


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### code chunk number 4: data-content
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read.csv(mapFile)


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### code chunk number 5: read-data-ctrl
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pSetNoCtrl <- makePeptideSet(files = NULL, path = dirToParse,
                       mapping.file = mapFile, log = TRUE,
                       rm.control.list = c("JPT-control", "Ig", "Cy3"),
                       empty.control.list= c("empty", "blank control"))


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### code chunk number 6: plot-slide
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plotArrayImage(pSet, array.index = 1)


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### code chunk number 7: plot-residuals
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plotArrayResiduals(pSet, array.index = 1, smooth = TRUE)


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### code chunk number 8: create-pep-load-data
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peps <- read.csv(system.file("extdata/pep_info.csv", package = "pepDat"))
head(peps)


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### code chunk number 9: create-db
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pep_custom <- create_db(peps)


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### code chunk number 10: create-db-GR
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pep_custom <- create_db(pep_custom)


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### code chunk number 11: summarizePeptideSet
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psSet <- summarizePeptides(pSet, summary = "mean", position = pep_custom)


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### code chunk number 12: normalizeArray
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pnSet <- normalizeArray(psSet)


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### code chunk number 13: slidingMean
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psmSet <- slidingMean(pnSet, width = 9)


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### code chunk number 14: slidingMean-splitbyclade
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psmSetAg <- slidingMean(pnSet, width = 9, split.by.clade = FALSE)


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### code chunk number 15: makeCalls
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calls <- makeCalls(psmSet, freq = TRUE, group = "treatment",
                     cutoff = .1, method = "FDR", verbose = TRUE)


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### code chunk number 16: makeCalls-aggregate
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callsAg <- makeCalls(psmSetAg, freq = TRUE, group = "treatment",
                     cutoff = .1, method = "FDR")


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### code chunk number 17: restab
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summary <- restab(psmSet, calls)
head(summary)


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### code chunk number 18: plot-inter
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library(Pviz)
summaryAg <- restab(psmSetAg, callsAg)
plot_inter(summaryAg)


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### code chunk number 19: plot-clade
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plot_clade(summary, clade=c("A", "M", "CRF01"), from = 300, to = 520)


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### code chunk number 20: shinyApp (eval = FALSE)
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## shinyPepStat()