### R code from vignette source 'vignettes/MSnbase/inst/doc/MSnbase-development.Rnw'

###################################################
### code chunk number 1: 'setup'
###################################################
library("knitr")
opts_chunk$set(fig.align = 'center', 
               fig.show = 'hold', 
               par = TRUE,
               prompt = FALSE,
               comment = NA)
options(replace.assign = TRUE, 
        width = 65)


###################################################
### code chunk number 2: environment
###################################################
suppressPackageStartupMessages(library(MSnbase))


###################################################
### code chunk number 3: pSet
###################################################
getClass("pSet")


###################################################
### code chunk number 4: MSnExp
###################################################
getClass("MSnExp")


###################################################
### code chunk number 5: MSnSet
###################################################
getClass("MSnSet")


###################################################
### code chunk number 6: MSnProcess
###################################################
getClass("MSnProcess")


###################################################
### code chunk number 7: MIAPE
###################################################
getClass("MIAPE")


###################################################
### code chunk number 8: Spectrum
###################################################
getClass("Spectrum")


###################################################
### code chunk number 9: Spectrum1
###################################################
getClass("Spectrum1")


###################################################
### code chunk number 10: Spectrum2
###################################################
getClass("Spectrum2")


###################################################
### code chunk number 11: ReporterIons
###################################################
getClass("ReporterIons")


###################################################
### code chunk number 12: NAnnotatedDF
###################################################
getClass("NAnnotatedDataFrame")