### R code from vignette source 'vignettes/EBSeq/inst/doc/EBSeq_Vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: EBSeq_Vignette.Rnw:172-173 ################################################### library(EBSeq) ################################################### ### code chunk number 2: EBSeq_Vignette.Rnw:198-200 ################################################### data(GeneMat) str(GeneMat) ################################################### ### code chunk number 3: EBSeq_Vignette.Rnw:208-209 ################################################### Sizes=MedianNorm(GeneMat) ################################################### ### code chunk number 4: EBSeq_Vignette.Rnw:235-237 ################################################### EBOut=EBTest(Data=GeneMat, Conditions=as.factor(rep(c("C1","C2"),each=5)),sizeFactors=Sizes, maxround=5) ################################################### ### code chunk number 5: EBSeq_Vignette.Rnw:241-244 ################################################### PP=GetPPMat(EBOut) str(PP) head(PP) ################################################### ### code chunk number 6: EBSeq_Vignette.Rnw:249-251 ################################################### DEfound=rownames(PP)[which(PP[,"PPDE"]>=.95)] str(DEfound) ################################################### ### code chunk number 7: EBSeq_Vignette.Rnw:285-291 ################################################### data(IsoList) str(IsoList) IsoMat=IsoList$IsoMat str(IsoMat) IsoNames=IsoList$IsoNames IsosGeneNames=IsoList$IsosGeneNames ################################################### ### code chunk number 8: EBSeq_Vignette.Rnw:298-299 ################################################### IsoSizes=MedianNorm(IsoMat) ################################################### ### code chunk number 9: EBSeq_Vignette.Rnw:320-323 ################################################### NgList=GetNg(IsoNames, IsosGeneNames) IsoNgTrun=NgList$IsoformNgTrun IsoNgTrun[c(1:3,201:203,601:603)] ################################################### ### code chunk number 10: EBSeq_Vignette.Rnw:335-342 ################################################### IsoEBOut=EBTest(Data=IsoMat, NgVector=IsoNgTrun, Conditions=as.factor(rep(c("C1","C2"),each=5)),sizeFactors=IsoSizes, maxround=5) IsoPP=GetPPMat(IsoEBOut) str(IsoPP) head(IsoPP) IsoDE=rownames(IsoPP)[which(IsoPP[,"PPDE"]>=.95)] str(IsoDE) ################################################### ### code chunk number 11: EBSeq_Vignette.Rnw:353-355 ################################################### data(MultiGeneMat) str(MultiGeneMat) ################################################### ### code chunk number 12: EBSeq_Vignette.Rnw:363-366 ################################################### Conditions=c("C1","C1","C2","C2","C3","C3") PosParti=GetPatterns(Conditions) PosParti ################################################### ### code chunk number 13: EBSeq_Vignette.Rnw:374-376 ################################################### Parti=PosParti[-3,] Parti ################################################### ### code chunk number 14: EBSeq_Vignette.Rnw:381-384 ################################################### MultiSize=MedianNorm(MultiGeneMat) MultiOut=EBMultiTest(MultiGeneMat,NgVector=NULL,Conditions=Conditions, AllParti=Parti, sizeFactors=MultiSize, maxround=5) ################################################### ### code chunk number 15: EBSeq_Vignette.Rnw:388-393 ################################################### MultiPP=GetMultiPP(MultiOut) names(MultiPP) MultiPP$PP[1:10,] MultiPP$MAP[1:10] MultiPP$Patterns ################################################### ### code chunk number 16: EBSeq_Vignette.Rnw:412-420 ################################################### data(IsoMultiList) IsoMultiMat=IsoMultiList[[1]] IsoNames.Multi=IsoMultiList$IsoNames IsosGeneNames.Multi=IsoMultiList$IsosGeneNames IsoMultiSize=MedianNorm(IsoMultiMat) NgList.Multi=GetNg(IsoNames.Multi, IsosGeneNames.Multi) IsoNgTrun.Multi=NgList.Multi$IsoformNgTrun Conditions=c("C1","C1","C2","C2","C3","C3","C4","C4") ################################################### ### code chunk number 17: EBSeq_Vignette.Rnw:426-428 ################################################### PosParti.4Cond=GetPatterns(Conditions) PosParti.4Cond ################################################### ### code chunk number 18: EBSeq_Vignette.Rnw:433-435 ################################################### Parti.4Cond=PosParti.4Cond[c(1,2,3,8,15),] Parti.4Cond ################################################### ### code chunk number 19: EBSeq_Vignette.Rnw:440-444 ################################################### IsoMultiOut=EBMultiTest(IsoMultiMat, NgVector=IsoNgTrun.Multi,Conditions=Conditions, AllParti=Parti.4Cond, sizeFactors=IsoMultiSize, maxround=5) ################################################### ### code chunk number 20: EBSeq_Vignette.Rnw:448-453 ################################################### IsoMultiPP=GetMultiPP(IsoMultiOut) names(MultiPP) IsoMultiPP$PP[1:10,] IsoMultiPP$MAP[1:10] IsoMultiPP$Patterns ################################################### ### code chunk number 21: EBSeq_Vignette.Rnw:470-475 (eval = FALSE) ################################################### ## data(GeneMat) ## Sizes=MedianNorm(GeneMat) ## EBOut=EBTest(Data=GeneMat, ## Conditions=as.factor(rep(c("C1","C2"),each=5)),sizeFactors=Sizes, maxround=5) ## PP=GetPPMat(EBOut) ################################################### ### code chunk number 22: EBSeq_Vignette.Rnw:477-481 ################################################### str(PP) head(PP) DEfound=rownames(PP)[which(PP[,"PPDE"]>=.95)] str(DEfound) ################################################### ### code chunk number 23: EBSeq_Vignette.Rnw:491-494 ################################################### GeneFC=PostFC(EBOut) str(GeneFC) PlotPostVsRawFC(EBOut,GeneFC) ################################################### ### code chunk number 24: EBSeq_Vignette.Rnw:515-518 ################################################### EBOut$Alpha EBOut$Beta EBOut$P ################################################### ### code chunk number 25: EBSeq_Vignette.Rnw:537-539 ################################################### par(mfrow=c(1,2)) QQP(EBOut) ################################################### ### code chunk number 26: EBSeq_Vignette.Rnw:555-557 ################################################### par(mfrow=c(1,2)) DenNHist(EBOut) ################################################### ### code chunk number 27: EBSeq_Vignette.Rnw:578-583 (eval = FALSE) ################################################### ## data(IsoList) ## IsoMat=IsoList$IsoMat ## IsoNames=IsoList$IsoNames ## IsosGeneNames=IsoList$IsosGeneNames ## NgList=GetNg(IsoNames, IsosGeneNames, TrunThre=3) ################################################### ### code chunk number 28: EBSeq_Vignette.Rnw:585-588 ################################################### names(NgList) IsoNgTrun=NgList$IsoformNgTrun IsoNgTrun[c(1:3,201:203,601:603)] ################################################### ### code chunk number 29: EBSeq_Vignette.Rnw:619-620 (eval = FALSE) ################################################### ## IsoNgTrun = scan(file="output_name.ngvec", what=0, sep="\n") ################################################### ### code chunk number 30: EBSeq_Vignette.Rnw:633-638 (eval = FALSE) ################################################### ## IsoSizes=MedianNorm(IsoMat) ## IsoEBOut=EBTest(Data=IsoMat, NgVector=IsoNgTrun, ## Conditions=as.factor(rep(c("C1","C2"),each=5)),sizeFactors=IsoSizes, maxround=5) ## IsoPP=GetPPMat(IsoEBOut) ## IsoDE=rownames(IsoPP)[which(IsoPP[,"PPDE"]>=.95)] ################################################### ### code chunk number 31: EBSeq_Vignette.Rnw:640-641 ################################################### str(IsoDE) ################################################### ### code chunk number 32: EBSeq_Vignette.Rnw:646-648 ################################################### IsoFC=PostFC(IsoEBOut) str(IsoFC) ################################################### ### code chunk number 33: EBSeq_Vignette.Rnw:659-662 ################################################### IsoEBOut$Alpha IsoEBOut$Beta IsoEBOut$P ################################################### ### code chunk number 34: EBSeq_Vignette.Rnw:681-686 ################################################### par(mfrow=c(2,2)) PolyFitValue=vector("list",3) for(i in 1:3) PolyFitValue[[i]]=PolyFitPlot(IsoEBOut$C1Mean[[i]], IsoEBOut$C1EstVar[[i]],5) ################################################### ### code chunk number 35: EBSeq_Vignette.Rnw:699-708 ################################################### PolyAll=PolyFitPlot(unlist(IsoEBOut$C1Mean), unlist(IsoEBOut$C1EstVar),5) lines(log10(IsoEBOut$C1Mean[[1]][PolyFitValue[[1]]$sort]), PolyFitValue[[1]]$fit[PolyFitValue[[1]]$sort],col="yellow",lwd=2) lines(log10(IsoEBOut$C1Mean[[2]][PolyFitValue[[2]]$sort]), PolyFitValue[[2]]$fit[PolyFitValue[[2]]$sort],col="pink",lwd=2) lines(log10(IsoEBOut$C1Mean[[3]][PolyFitValue[[3]]$sort]), PolyFitValue[[3]]$fit[PolyFitValue[[3]]$sort],col="green",lwd=2) legend("topleft",c("All Isoforms","Ng = 1","Ng = 2","Ng = 3"), col=c("red","yellow","pink","green"),lty=1,lwd=3,box.lwd=2) ################################################### ### code chunk number 36: EBSeq_Vignette.Rnw:721-723 ################################################### par(mfrow=c(2,3)) QQP(IsoEBOut) ################################################### ### code chunk number 37: EBSeq_Vignette.Rnw:735-737 ################################################### par(mfrow=c(2,3)) DenNHist(IsoEBOut) ################################################### ### code chunk number 38: EBSeq_Vignette.Rnw:754-758 ################################################### Conditions=c("C1","C1","C2","C2","C3","C3") PosParti=GetPatterns(Conditions) PosParti PlotPattern(PosParti) ################################################### ### code chunk number 39: EBSeq_Vignette.Rnw:765-767 ################################################### Parti=PosParti[-3,] Parti ################################################### ### code chunk number 40: EBSeq_Vignette.Rnw:773-779 (eval = FALSE) ################################################### ## data(MultiGeneMat) ## MultiSize=MedianNorm(MultiGeneMat) ## MultiOut=EBMultiTest(MultiGeneMat, ## NgVector=NULL,Conditions=Conditions, ## AllParti=Parti, sizeFactors=MultiSize, ## maxround=5) ################################################### ### code chunk number 41: EBSeq_Vignette.Rnw:783-788 ################################################### MultiPP=GetMultiPP(MultiOut) names(MultiPP) MultiPP$PP[1:10,] MultiPP$MAP[1:10] MultiPP$Patterns ################################################### ### code chunk number 42: EBSeq_Vignette.Rnw:795-797 ################################################### MultiFC=GetMultiFC(MultiOut) str(MultiFC) ################################################### ### code chunk number 43: EBSeq_Vignette.Rnw:806-808 ################################################### par(mfrow=c(2,2)) QQP(MultiOut) ################################################### ### code chunk number 44: EBSeq_Vignette.Rnw:816-818 ################################################### par(mfrow=c(2,2)) DenNHist(MultiOut) ################################################### ### code chunk number 45: EBSeq_Vignette.Rnw:833-836 ################################################### Conditions=c("C1","C1","C2","C2","C3","C3","C4","C4") PosParti.4Cond=GetPatterns(Conditions) PosParti.4Cond ################################################### ### code chunk number 46: EBSeq_Vignette.Rnw:841-844 ################################################### PlotPattern(PosParti.4Cond) Parti.4Cond=PosParti.4Cond[c(1,2,3,8,15),] Parti.4Cond ################################################### ### code chunk number 47: EBSeq_Vignette.Rnw:851-862 (eval = FALSE) ################################################### ## data(IsoMultiList) ## IsoMultiMat=IsoMultiList[[1]] ## IsoNames.Multi=IsoMultiList$IsoNames ## IsosGeneNames.Multi=IsoMultiList$IsosGeneNames ## IsoMultiSize=MedianNorm(IsoMultiMat) ## NgList.Multi=GetNg(IsoNames.Multi, IsosGeneNames.Multi) ## IsoNgTrun.Multi=NgList.Multi$IsoformNgTrun ## IsoMultiOut=EBMultiTest(IsoMultiMat,NgVector=IsoNgTrun.Multi,Conditions=Conditions, ## AllParti=Parti.4Cond, ## sizeFactors=IsoMultiSize, maxround=5) ## IsoMultiPP=GetMultiPP(IsoMultiOut) ################################################### ### code chunk number 48: EBSeq_Vignette.Rnw:864-869 ################################################### names(MultiPP) IsoMultiPP$PP[1:10,] IsoMultiPP$MAP[1:10] IsoMultiPP$Patterns IsoMultiFC=GetMultiFC(IsoMultiOut) ################################################### ### code chunk number 49: EBSeq_Vignette.Rnw:880-883 ################################################### par(mfrow=c(3,4)) QQP(IsoMultiOut) ################################################### ### code chunk number 50: EBSeq_Vignette.Rnw:893-895 ################################################### par(mfrow=c(3,4)) DenNHist(IsoMultiOut) ################################################### ### code chunk number 51: EBSeq_Vignette.Rnw:927-936 ################################################### data(GeneMat) GeneMat.norep=GeneMat[,c(1,6)] Sizes.norep=MedianNorm(GeneMat.norep) EBOut.norep=EBTest(Data=GeneMat.norep, Conditions=as.factor(rep(c("C1","C2"))), sizeFactors=Sizes.norep, maxround=5) PP.norep=GetPPMat(EBOut.norep) DEfound.norep=rownames(PP.norep)[which(PP.norep[,"PPDE"]>=.95)] GeneFC.norep=PostFC(EBOut.norep) ################################################### ### code chunk number 52: EBSeq_Vignette.Rnw:946-960 ################################################### data(IsoList) IsoMat=IsoList$IsoMat IsoNames=IsoList$IsoNames IsosGeneNames=IsoList$IsosGeneNames NgList=GetNg(IsoNames, IsosGeneNames) IsoNgTrun=NgList$IsoformNgTrun IsoMat.norep=IsoMat[,c(1,6)] IsoSizes.norep=MedianNorm(IsoMat.norep) IsoEBOut.norep=EBTest(Data=IsoMat.norep, NgVector=IsoNgTrun, Conditions=as.factor(c("C1","C2")), sizeFactors=IsoSizes.norep, maxround=5) IsoPP.norep=GetPPMat(IsoEBOut.norep) IsoDE.norep=rownames(IsoPP.norep)[which(IsoPP.norep[,"PPDE"]>=.95)] IsoFC.norep=PostFC(IsoEBOut.norep) ################################################### ### code chunk number 53: EBSeq_Vignette.Rnw:969-981 ################################################### data(MultiGeneMat) MultiGeneMat.norep=MultiGeneMat[,c(1,3,5)] Conditions=c("C1","C2","C3") PosParti=GetPatterns(Conditions) Parti=PosParti[-3,] MultiSize.norep=MedianNorm(MultiGeneMat.norep) MultiOut.norep=EBMultiTest(MultiGeneMat.norep, NgVector=NULL,Conditions=Conditions, AllParti=Parti, sizeFactors=MultiSize.norep, maxround=5) MultiPP.norep=GetMultiPP(MultiOut.norep) MultiFC.norep=GetMultiFC(MultiOut.norep) ################################################### ### code chunk number 54: EBSeq_Vignette.Rnw:993-1012 ################################################### data(IsoMultiList) IsoMultiMat=IsoMultiList[[1]] IsoNames.Multi=IsoMultiList$IsoNames IsosGeneNames.Multi=IsoMultiList$IsosGeneNames IsoMultiMat.norep=IsoMultiMat[,c(1,3,5,7)] IsoMultiSize.norep=MedianNorm(IsoMultiMat.norep) NgList.Multi=GetNg(IsoNames.Multi, IsosGeneNames.Multi) IsoNgTrun.Multi=NgList.Multi$IsoformNgTrun Conditions=c("C1","C2","C3","C4") PosParti.4Cond=GetPatterns(Conditions) PosParti.4Cond Parti.4Cond=PosParti.4Cond[c(1,2,3,8,15),] Parti.4Cond IsoMultiOut.norep=EBMultiTest(IsoMultiMat.norep, NgVector=IsoNgTrun.Multi,Conditions=Conditions, AllParti=Parti.4Cond, sizeFactors=IsoMultiSize.norep, maxround=5) IsoMultiPP.norep=GetMultiPP(IsoMultiOut.norep) IsoMultiFC.norep=GetMultiFC(IsoMultiOut.norep)