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### chunk number 1: LibraryPreload
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#line 39 "vignettes/xcms/inst/doc/xcmsMSn.Rnw"
library(xcms)
library(msdata)


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### chunk number 2: RawFiles
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#line 58 "vignettes/xcms/inst/doc/xcmsMSn.Rnw"
mzdatapath <- system.file("iontrap", package = "msdata")
list.files(mzdatapath, recursive = TRUE)


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### chunk number 3: FileIO
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#line 69 "vignettes/xcms/inst/doc/xcmsMSn.Rnw"
library(xcms)
mzdatafiles <- list.files(mzdatapath, pattern="extracted.mzData", recursive = TRUE, full.names = TRUE)
xraw <- xcmsRaw(mzdatafiles[1], includeMSn=TRUE)
xraw


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### chunk number 4: SpectraSelection
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#line 81 "vignettes/xcms/inst/doc/xcmsMSn.Rnw"
peaks <- findPeaks(xraw, method="MS1")


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### chunk number 5: SpectraSelection
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#line 104 "vignettes/xcms/inst/doc/xcmsMSn.Rnw"
xs <- xcmsSet(mzdatafiles, method="MS1")
xfrag <- xcmsFragments(xs)
xfrag


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### chunk number 6: TreePlot
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#line 116 "vignettes/xcms/inst/doc/xcmsMSn.Rnw"
plotTree(xfrag,xcmsFragmentPeakID=6)


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### chunk number 7: TextTree
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#line 123 "vignettes/xcms/inst/doc/xcmsMSn.Rnw"
plotTree(xfrag,xcmsFragmentPeakID=6, textOnly=TRUE)