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### chunk number 1: 
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#line 62 "vignettes/simpleaffy/inst/doc/simpleAffy.Rnw"
library(simpleaffy) ##the affy package also gets loaded
library(affy)


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### chunk number 2: 
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#line 122 "vignettes/simpleaffy/inst/doc/simpleAffy.Rnw"
library(simpleaffy) ##load the simpleaffy package 
                    ##(which loads the affy package too)


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### chunk number 3: 
###################################################
#line 228 "vignettes/simpleaffy/inst/doc/simpleAffy.Rnw"
data(qcs)


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### chunk number 4: 
###################################################
#line 235 "vignettes/simpleaffy/inst/doc/simpleAffy.Rnw"
ratios(qcs)
avbg(qcs)
maxbg(qcs)
minbg(qcs)
spikeInProbes(qcs)
qcProbes(qcs)
percent.present(qcs)
plot(qcs)
sfs(qcs)
target(qcs)
ratios(qcs)


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### chunk number 5: 
###################################################
#line 259 "vignettes/simpleaffy/inst/doc/simpleAffy.Rnw"
 plot(qcs)


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### chunk number 6: 
###################################################
#line 677 "vignettes/simpleaffy/inst/doc/simpleAffy.Rnw"
cleancdfname("HGU_133_plus_2")