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### chunk number 1: load
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#line 95 "vignettes/seqLogo/inst/doc/seqLogo.Rnw"
library(seqLogo) 


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### chunk number 2: makePWM
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#line 105 "vignettes/seqLogo/inst/doc/seqLogo.Rnw"
mFile <- system.file("Exfiles/pwm1", package="seqLogo")
m <- read.table(mFile)
m
p <- makePWM(m)


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### chunk number 3: slots
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#line 115 "vignettes/seqLogo/inst/doc/seqLogo.Rnw"
slotNames(p)
p@pwm
p@ic
p@consensus


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### chunk number 4: cosmoArgs
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#line 127 "vignettes/seqLogo/inst/doc/seqLogo.Rnw"
args(seqLogo)


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### chunk number 5: seqLogo1
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#line 155 "vignettes/seqLogo/inst/doc/seqLogo.Rnw"
seqLogo(p)


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### chunk number 6: seqLogo2
###################################################
#line 164 "vignettes/seqLogo/inst/doc/seqLogo.Rnw"
seqLogo(p, ic.scale=FALSE)