###################################################
### chunk number 1:  eval=FALSE
###################################################
## #line 82 "vignettes/rama/inst/doc/rama.Rnw"
## library(rama,lib.loc='/home/user/Rlib')


###################################################
### chunk number 2: 
###################################################
#line 124 "vignettes/rama/inst/doc/rama.Rnw"
library(rama)
data(hiv)


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
#line 156 "vignettes/rama/inst/doc/rama.Rnw"
mcmc.hiv<-fit.model(hiv[1:640,c(1:4)],hiv[1:640,c(5:8)],B=5000,min.iter=4000,batch=1,shift=30,mcmc.obj=NULL,dye.swap=TRUE,nb.col1=2)


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
#line 163 "vignettes/rama/inst/doc/rama.Rnw"
gamma1<-mat.mean(mcmc.hiv$gamma1)[,1]
gamma2<-mat.mean(mcmc.hiv$gamma2)[,1]


###################################################
### chunk number 5: logratio
###################################################
#line 169 "vignettes/rama/inst/doc/rama.Rnw"
ratio.plot(mcmc.hiv,col=1,pch=1)


###################################################
### chunk number 6: histdf
###################################################
#line 181 "vignettes/rama/inst/doc/rama.Rnw"
hist(mcmc.hiv$df[3,],main="Posterior degree of freedoms, array 3",xlab="df",50)


###################################################
### chunk number 7: imagew
###################################################
#line 194 "vignettes/rama/inst/doc/rama.Rnw"
weight.plot(mcmc.hiv,hiv[1:640,9:10],array=3)


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
#line 209 "vignettes/rama/inst/doc/rama.Rnw"
mcmc.shift<-est.shift(hiv[1:640,c(1:4)],hiv[1:640,c(5:8)],B=2000,min.iter=1000,batch=10,mcmc.obj=NULL,dye.swap=TRUE,nb.col1=2)


###################################################
### chunk number 9:  eval=FALSE
###################################################
## #line 226 "vignettes/rama/inst/doc/rama.Rnw"
## library(rama)
## data(hiv)
## mcmc.hiv<-fit.model(hiv[,c(1:4)],hiv[,c(5:8)],B=50000,min.iter=5000,batch=90,shift=30,mcmc.obj=NULL,dye.swap=TRUE,nb.col1=2)
## save(mcmc.hiv,file='mcmc.hiv.R')