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### chunk number 1: install eval=FALSE
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## #line 44 "vignettes/pvac/inst/doc/pvac.Rnw"
##   source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
##   biocLite("pvac")


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### chunk number 2: steps eval=FALSE
###################################################
## #line 61 "vignettes/pvac/inst/doc/pvac.Rnw"
##   library(affy)
##   abatch <- ReadAffy(celfile.path="/my/directory/celfiles")


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### chunk number 3: steps eval=FALSE
###################################################
## #line 67 "vignettes/pvac/inst/doc/pvac.Rnw"
##   myeset <- rma(abatch)


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### chunk number 4: steps eval=FALSE
###################################################
## #line 71 "vignettes/pvac/inst/doc/pvac.Rnw"
##   library(pvac)
##   ft <- pvacFilter(abatch)
##   myeset <- eset[ft$aset,]


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### chunk number 5: <steps eval=FALSE
###################################################
## #line 79 "vignettes/pvac/inst/doc/pvac.Rnw"
##   library(genefilter)
##   myres  = rowttests(exprs(myeset), as.factor(group))


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### chunk number 6: example
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#line 88 "vignettes/pvac/inst/doc/pvac.Rnw"
library(affy)
library(pvac)
library(ALLMLL)
data(MLL.A)
myeset <- rma(MLL.A)
ft <- pvacFilter(MLL.A)
myeset.filtered <- myeset[ft$aset,]


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### chunk number 7: plot eval=FALSE
###################################################
## #line 104 "vignettes/pvac/inst/doc/pvac.Rnw"
## plot(density(ft$pvac[ft$nullset]),xlab="PVAC score",main="",
##           col="gray",cex.lab=0.5,xlim=c(0,1))
## lines(density(ft$pvac),col=1)
## abline(v=ft$cutoff,lty=2,col="gray")


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### chunk number 8: <
###################################################
#line 119 "vignettes/pvac/inst/doc/pvac.Rnw"
  print(sessionInfo())