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### chunk number 1: setup0
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#line 53 "vignettes/pkgDepTools/inst/doc/pkgDepTools.Rnw"
options(width=72)


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### chunk number 2: setup
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#line 57 "vignettes/pkgDepTools/inst/doc/pkgDepTools.Rnw"
library("pkgDepTools")
library("Biobase")
library("Rgraphviz")


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### chunk number 3: testMakeDepGraph0
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#line 92 "vignettes/pkgDepTools/inst/doc/pkgDepTools.Rnw"
biocUrl <- biocReposList()["bioc"]
biocDeps <- makeDepGraph(biocUrl, type="source", dosize=FALSE)


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### chunk number 4: testMakeDepGraph
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#line 97 "vignettes/pkgDepTools/inst/doc/pkgDepTools.Rnw"
biocDeps
edges(biocDeps)["annotate"]
## if dosize=TRUE, size in MB is stored
## as a node attribute:
## nodeData(biocDeps, n="annotate", attr="size")


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### chunk number 5: CategoryPlot
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#line 115 "vignettes/pkgDepTools/inst/doc/pkgDepTools.Rnw"
categoryNodes <- c("Category", 
                   names(acc(biocDeps, "Category")[[1]]))
categoryGraph <- subGraph(categoryNodes, biocDeps)
nn <- makeNodeAttrs(categoryGraph, shape="ellipse")
plot(categoryGraph, nodeAttrs=nn)


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### chunk number 6: demo-setup
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#line 144 "vignettes/pkgDepTools/inst/doc/pkgDepTools.Rnw"
allDeps <- makeDepGraph(biocReposList(), type="source",
                        keep.builtin=TRUE, dosize=FALSE)



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### chunk number 7: demo1
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#line 154 "vignettes/pkgDepTools/inst/doc/pkgDepTools.Rnw"
getInstallOrder("GOstats", allDeps)


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### chunk number 8: demo2
###################################################
#line 161 "vignettes/pkgDepTools/inst/doc/pkgDepTools.Rnw"
getInstallOrder("GOstats", allDeps, needed.only=FALSE)


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### chunk number 9: whoDependsOnMe
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#line 171 "vignettes/pkgDepTools/inst/doc/pkgDepTools.Rnw"
allDepsOnMe <- reverseEdgeDirections(allDeps)
usesMethods <- dijkstra.sp(allDepsOnMe, start="methods")$distance
usesMethods <- usesMethods[is.finite(usesMethods)]
length(usesMethods) - 1 ## don't count methods itself
table(usesMethods)



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### chunk number 10: sessionInfo
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#line 181 "vignettes/pkgDepTools/inst/doc/pkgDepTools.Rnw"
toLatex(sessionInfo())