###################################################
### chunk number 1: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 83 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## library(ontoCAT)
## efo <- getEFO()
## biotop <- getOntology("http://purl.org/biotop/biotop.owl")


###################################################
### chunk number 2: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 95 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## getAllTerms(biotop)
## getAllTermIds(efo)


###################################################
### chunk number 3: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 103 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## term_efo <- getTermById(efo,"EFO_0000322")
## term_biotop <- getTermById(biotop,"DeadBody")
## getTermNameById(efo,"EFO_0000311")
## getTermNameById(biotop,"EmbryonicStructure")


###################################################
### chunk number 4: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 112 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## getAllTermParentsById(efo,"EFO_0000322")
## getAllTermChildrenById(biotop,"DeadBody")
## getAllTermParents(efo,term_efo)
## getAllTermChildren(biotop,term_biotop)


###################################################
### chunk number 5: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 122 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## getTermParentsById(efo,"EFO_0000322")
## getTermChildrenById(efo,"EFO_0000322")
## getTermParents(efo,term_efo)
## getTermChildren(biotop,term_biotop)


###################################################
### chunk number 6: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 132 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## getTermAndAllChildren(efo,term_efo)
## getTermAndAllChildrenById(biotop,"DeadBody")


###################################################
### chunk number 7: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 141 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## showHierarchyDownToTermById(efo,"EFO_0000322")
## showHierarchyDownToTerm(efo,term_efo)


###################################################
### chunk number 8: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 148 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## getTermDefinitionsById(efo,"EFO_0000322")
## getTermSynonymsById(efo,"EFO_0000322")
## getTermDefinitions(efo,term_efo)
## getTermSynonyms(efo,term_efo)


###################################################
### chunk number 9: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 157 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## getOntologyAccession(efo)
## getOntologyDescription(efo)


###################################################
### chunk number 10: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 165 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## hasTerm(efo,"CL000023")
## hasTerm(efo,"EFO_0000322")


###################################################
### chunk number 11: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 172 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## searchTerm(efo,"thymus")
## searchTermPrefix(efo,"thym")


###################################################
### chunk number 12: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 179 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## isRootById(efo,"EFO_0000322")
## isRoot(efo,term_efo)
## getRoots(efo)
## getRootIds(efo)


###################################################
### chunk number 13: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 194 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## getOntologyRelationNames(efo)


###################################################
### chunk number 14: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 200 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## getTermRelationNamesById(efo,"EFO_0000322")
## getTermRelationNames(efo,term_efo)


###################################################
### chunk number 15: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 208 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## getTermRelationsById(efo,"EFO_0000322","has_part")
## getTermRelations(efo,term_efo,"has_part")


###################################################
### chunk number 16: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 218 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## getEFOBranchRootIds(efo)
## isEFOBranchRootById(efo,"EFO_0000322")
## isEFOBranchRoot(efo,term_efo)


###################################################
### chunk number 17: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 232 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## term <- getTermById(efo,"EFO_0000322")
## getLabel(term)
## getAccession(term)
## term


###################################################
### chunk number 18: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 253 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## library(ontoCAT)
## batch <- getEFOBatch()


###################################################
### chunk number 19: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 263 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## searchTermInBatch(batch,"thymus")


###################################################
### chunk number 20: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 271 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## searchTermInBioportal(batch,"thymus")
## searchTermInOLS(batch,"thymus")


###################################################
### chunk number 21: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 277 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## searchTermInAll(batch,"thymus")


###################################################
### chunk number 22: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 286 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## addOntology(batch,"http://purl.org/biotop/biotop.owl")
## addEFO(batch)


###################################################
### chunk number 23: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 292 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## listLoadedOntologies(batch)


###################################################
### chunk number 24: R.hide eval=FALSE
###################################################
## #line 297 "vignettes/ontoCAT/inst/doc/ontoCAT.Rnw"
## ontology <- getOntologyFromBatch(batch,"EFO")