###################################################
### chunk number 1: 
###################################################
#line 71 "vignettes/multiscan/inst/doc/multiscan.Rnw"
library(multiscan)


###################################################
### chunk number 2:  eval=FALSE
###################################################
## #line 86 "vignettes/multiscan/inst/doc/multiscan.Rnw"
## vignette("multiscan")


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
#line 108 "vignettes/multiscan/inst/doc/multiscan.Rnw"
data(murine)


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
#line 114 "vignettes/multiscan/inst/doc/multiscan.Rnw"
murine[1:10,]


###################################################
### chunk number 5:  eval=FALSE
###################################################
## #line 120 "vignettes/multiscan/inst/doc/multiscan.Rnw"
## help(murine)


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
#line 129 "vignettes/multiscan/inst/doc/multiscan.Rnw"
data(murine)
fit<-multiscan(murine)
fit


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
#line 136 "vignettes/multiscan/inst/doc/multiscan.Rnw"
str(fit)


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
#line 143 "vignettes/multiscan/inst/doc/multiscan.Rnw"
gene.exprs<-fit$mu


###################################################
### chunk number 9:  eval=FALSE
###################################################
## #line 150 "vignettes/multiscan/inst/doc/multiscan.Rnw"
## plot(fit)


###################################################
### chunk number 10: fitted
###################################################
#line 157 "vignettes/multiscan/inst/doc/multiscan.Rnw"
plot(fit)


###################################################
### chunk number 11:  eval=FALSE
###################################################
## #line 169 "vignettes/multiscan/inst/doc/multiscan.Rnw"
## help(multiscan)


###################################################
### chunk number 12:  eval=FALSE
###################################################
## #line 179 "vignettes/multiscan/inst/doc/multiscan.Rnw"
## op<-par(mfrow=c(2,2))
## plot(fit,residual=TRUE)
## par(op)


###################################################
### chunk number 13: sdres
###################################################
#line 188 "vignettes/multiscan/inst/doc/multiscan.Rnw"
op<-par(mfrow=c(2,2))
plot(fit,residual=TRUE)
par(op)