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### chunk number 1: set_width
###################################################
#line 25 "vignettes/mgsa/inst/doc/mgsa.Rnw"
options( width = 80 )


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### chunk number 2: loadex
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#line 44 "vignettes/mgsa/inst/doc/mgsa.Rnw"
library(mgsa)
data("example")
example_go
example_o


###################################################
### chunk number 3: fitex
###################################################
#line 56 "vignettes/mgsa/inst/doc/mgsa.Rnw"
set.seed(0)
fit = mgsa(example_o, example_go)
fit


###################################################
### chunk number 4: plotex
###################################################
#line 64 "vignettes/mgsa/inst/doc/mgsa.Rnw"
plot(fit)


###################################################
### chunk number 5: readGAF
###################################################
#line 79 "vignettes/mgsa/inst/doc/mgsa.Rnw"
readGAF(
	system.file(
		"example_files/gene_association_head.sgd",
		package="mgsa"
	)
)


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### chunk number 6: mgsa_custom_set
###################################################
#line 91 "vignettes/mgsa/inst/doc/mgsa.Rnw"
mgsa( c("A", "B"), list(set1=LETTERS[1:3], set2=LETTERS[2:5]) ) 


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### chunk number 7: mgsa_custom_set
###################################################
#line 99 "vignettes/mgsa/inst/doc/mgsa.Rnw"
myset = new( "MgsaSets", sets=list(set1=LETTERS[1:3], set2=LETTERS[2:5]) )
mgsa(c("A", "B"), myset)
mgsa(c("B", "C"), myset)