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### chunk number 1: 
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#line 60 "vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw"
library(maSigPro) # load maSigPro library


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### chunk number 2: 
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#line 101 "vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw"
data(data.abiotic)
data(edesign.abiotic)


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### chunk number 3: 
###################################################
#line 106 "vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw"
edesign.abiotic


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### chunk number 4: 
###################################################
#line 135 "vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw"
design <- make.design.matrix(edesign.abiotic, degree = 2)


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
#line 143 "vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw"
design$groups.vector


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### chunk number 6: 
###################################################
#line 155 "vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw"
fit <- p.vector(data.abiotic, design, Q = 0.05, MT.adjust = "BH", min.obs = 20)



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### chunk number 7: 
###################################################
#line 175 "vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw"
tstep <- T.fit(fit, step.method = "backward", alfa = 0.05)


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### chunk number 8: 
###################################################
#line 216 "vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw"
sigs <- get.siggenes(tstep, rsq = 0.6, vars = "groups")
sigs$summary


###################################################
### chunk number 9: 
###################################################
#line 223 "vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw"
names(sigs$sig.genes)
names(sigs$sig.genes$ColdvsControl)


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### chunk number 10: venn1
###################################################
#line 236 "vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw"
suma2Venn(sigs$summary[, c(2:4)])



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### chunk number 11: 
###################################################
#line 252 "vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw"
STMDE66 <- data.abiotic[rownames(data.abiotic)=="STMDE66", ]


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### chunk number 12: plotGroups1
###################################################
#line 256 "vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw"
PlotGroups (STMDE66, edesign = edesign.abiotic)


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### chunk number 13: plotGroups2
###################################################
#line 261 "vignettes/maSigPro/inst/doc/maSigPro-tutorial.Rnw"
PlotGroups (STMDE66, edesign = edesign.abiotic, show.fit = T, dis = design$dis, groups.vector = design$groups.vector)