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### chunk number 1: 
###################################################
#line 57 "vignettes/logicFS/inst/doc/logicFS.Rnw"
library(logicFS)


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### chunk number 2: 
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#line 63 "vignettes/logicFS/inst/doc/logicFS.Rnw"
data(data.logicfs)


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### chunk number 3: 
###################################################
#line 95 "vignettes/logicFS/inst/doc/logicFS.Rnw"
bin.snps<-make.snp.dummy(data.logicfs)


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### chunk number 4: 
###################################################
#line 108 "vignettes/logicFS/inst/doc/logicFS.Rnw"
my.anneal<-logreg.anneal.control(start=2, end=-2, iter=10000)


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### chunk number 5: 
###################################################
#line 115 "vignettes/logicFS/inst/doc/logicFS.Rnw"
log.out<-logicFS(bin.snps, cl.logicfs, B=20, nleaves=10, rand=123, anneal.control=my.anneal)


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
#line 125 "vignettes/logicFS/inst/doc/logicFS.Rnw"
log.out


###################################################
### chunk number 7:  eval=FALSE
###################################################
## #line 137 "vignettes/logicFS/inst/doc/logicFS.Rnw"
## plot(log.out)


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### chunk number 8: 
###################################################
#line 168 "vignettes/logicFS/inst/doc/logicFS.Rnw"
bag.out<-logic.bagging(bin.snps, cl.logicfs, B=20, nleaves=10, rand=123, anneal.control=my.anneal)
bag.out


###################################################
### chunk number 9: 
###################################################
#line 177 "vignettes/logicFS/inst/doc/logicFS.Rnw"
bag.out$vim


###################################################
### chunk number 10: 
###################################################
#line 186 "vignettes/logicFS/inst/doc/logicFS.Rnw"
cl.preds<-predict(bag.out,bin.snps)


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### chunk number 11: 
###################################################
#line 193 "vignettes/logicFS/inst/doc/logicFS.Rnw"
mean(cl.preds!=cl.logicfs)