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### chunk number 1: options
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#line 34 "vignettes/joda/inst/doc/JodaVignette.Rnw"
options(width=70)


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### chunk number 2: preliminaries
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#line 56 "vignettes/joda/inst/doc/JodaVignette.Rnw"
library(joda)
data(damage)


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### chunk number 3: 
###################################################
#line 64 "vignettes/joda/inst/doc/JodaVignette.Rnw"
head(data.healthy)
head(data.damage)


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### chunk number 4: 
###################################################
#line 74 "vignettes/joda/inst/doc/JodaVignette.Rnw"
print(model.healthy)
print(model.damage)


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### chunk number 5: 
###################################################
#line 84 "vignettes/joda/inst/doc/JodaVignette.Rnw"
str(beliefs.healthy)
str(beliefs.damage)
head(beliefs.healthy[["p53"]])


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
#line 112 "vignettes/joda/inst/doc/JodaVignette.Rnw"
probs.healthy=differential.probs(data=data.healthy, beliefs=beliefs.healthy, verbose=TRUE, plot.it=TRUE)


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### chunk number 7: fig-healthyM
###################################################
#line 127 "vignettes/joda/inst/doc/JodaVignette.Rnw"
probs.healthy=differential.probs(data=data.healthy, beliefs=beliefs.healthy, verbose=FALSE, plot.it=TRUE)


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
#line 136 "vignettes/joda/inst/doc/JodaVignette.Rnw"
probs.damage=differential.probs(data=data.damage, beliefs=beliefs.damage, verbose=TRUE, plot.it=TRUE)


###################################################
### chunk number 9: fig-damageM
###################################################
#line 149 "vignettes/joda/inst/doc/JodaVignette.Rnw"
probs.damage=differential.probs(data=data.damage, beliefs=beliefs.damage, verbose=FALSE, plot.it=TRUE)


###################################################
### chunk number 10: 
###################################################
#line 166 "vignettes/joda/inst/doc/JodaVignette.Rnw"
regulation.healthy= regulation.scores(probs.healthy, model.healthy, TRUE) 
head(regulation.healthy) 
regulation.damage= regulation.scores(probs.damage, model.damage, TRUE) 
head(regulation.damage) 


###################################################
### chunk number 11: 
###################################################
#line 178 "vignettes/joda/inst/doc/JodaVignette.Rnw"
deregulation= deregulation.scores(reg.scores1=regulation.healthy, reg.scores2=regulation.damage, TRUE) 
head(deregulation)


###################################################
### chunk number 12: 
###################################################
#line 187 "vignettes/joda/inst/doc/JodaVignette.Rnw"
head(rownames(deregulation)[order(deregulation[,"p53"])])