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### chunk number 1: clustering
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#line 54 "vignettes/graph/inst/doc/clusterGraph.Rnw"
library("graph")
library("cluster")
data(ruspini)

pm <- pam(ruspini, 4)

cG <- new("clusterGraph",
     clusters = split(names(pm$clustering), pm$clustering))


nodes(cG)


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### chunk number 2: kmeans
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#line 72 "vignettes/graph/inst/doc/clusterGraph.Rnw"
library(stats)

km = kmeans(ruspini, 4)
cG.km = new("clusterGraph",
      clusters=split(as.character(1:75), km$cluster))

inBoth = intersection(cG.km, cG)


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### chunk number 3: 
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#line 96 "vignettes/graph/inst/doc/clusterGraph.Rnw"

d1 = dist(ruspini)
dG = new("distGraph", Dist=d1)

rl = NULL
j=1
for(i in c(40, 30, 10, 5) ){
  nG = threshold(dG, i)
  rl[[j]] = connComp(nG)
  j=j+1
}


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### chunk number 4: howmany
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#line 112 "vignettes/graph/inst/doc/clusterGraph.Rnw"

sapply(rl, length)



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### chunk number 5: somecomps
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#line 118 "vignettes/graph/inst/doc/clusterGraph.Rnw"

 dr = range(d1)
 rl.lens = sapply(rl[[4]], length)