################################################### ### chunk number 1: loadGraph ################################################### #line 43 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" library(graph) ################################################### ### chunk number 2: creategraphBAM ################################################### #line 66 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" df <- data.frame(from = c("SEA", "SFO", "SEA", "LAX", "SEA"), to = c("SFO", "LAX", "LAX", "SEA", "DEN"), weight = c( 90, 96, 124, 115, 259)) g <- graphBAM(df, edgemode = "directed") g ################################################### ### chunk number 3: nodeAndWeights ################################################### #line 78 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" nodes(g) edgeWeights(g, index = c("SEA", "LAX")) ################################################### ### chunk number 4: addNodeEdge ################################################### #line 88 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" g <- addNode("IAH", g) g <- addEdge(from = "DEN", to = "IAH", graph = g, weight = 120) g ################################################### ### chunk number 5: removeEdge ################################################### #line 99 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" g <- removeEdge(from ="DEN", to = "IAH", g) g <- removeNode(node = "IAH", g) g ################################################### ### chunk number 6: subGraph ################################################### #line 108 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" g <- subGraph(snodes = c("DEN","LAX", "SEA"), g) g ################################################### ### chunk number 7: fromTo ################################################### #line 116 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" extractFromTo(g) ################################################### ### chunk number 8: loadData1 ################################################### #line 132 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" data("esetsFemale") data("esetsMale") ################################################### ### chunk number 9: dataFrames ################################################### #line 141 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" dfMale <- esetsMale[["brain"]] dfFemale <- esetsFemale[["brain"]] head(dfMale) ################################################### ### chunk number 10: creategraphBAMs ################################################### #line 147 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" male <- graphBAM(dfMale, edgemode = "directed") female <- graphBAM(dfFemale, edgemode = "directed") ################################################### ### chunk number 11: bamIntersect ################################################### #line 161 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" intrsct <- graphIntersect(male, female, edgeFun=list(weight = sum)) intrsct ################################################### ### chunk number 12: removeEdges ################################################### #line 174 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" resWt <- removeEdgesByWeight(intrsct, lessThan = 1.5) ################################################### ### chunk number 13: updateColor ################################################### #line 189 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" ftSub <- extractFromTo(resWt) edgeDataDefaults(male, attr = "color") <- "white" edgeDataDefaults(female, attr = "color") <- "white" edgeData(male, from = as.character(ftSub[,"from"]), to = as.character(ftSub[,"to"]), attr = "color") <- "red" edgeData(female, from = as.character(ftSub[,"from"]), to = as.character(ftSub[,"to"]), attr = "color") <- "red" ################################################### ### chunk number 14: loadRBGL ################################################### #line 222 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" library(graph) library(RBGL) ################################################### ### chunk number 15: createDataFrames ################################################### #line 241 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" ft1 <- data.frame( from = c("SEA", "SFO", "SEA", "LAX", "SEA"), to = c("SFO", "LAX", "LAX", "SEA", "DEN"), weight = c( 90, 96, 124, 115, 259)) ft2 <- data.frame( from = c("SEA", "SFO", "SEA", "LAX", "SEA", "DEN", "SEA", "IAH", "DEN"), to = c("SFO", "LAX", "LAX", "SEA", "DEN", "IAH", "IAH", "DEN", "BWI"), weight= c(169, 65, 110, 110, 269, 256, 304, 256, 271)) ft3 <- data.frame( from = c("SEA", "SFO", "SEA", "LAX", "SEA", "DEN", "SEA", "IAH", "DEN", "BWI"), to = c("SFO", "LAX", "LAX", "SEA", "DEN", "IAH", "IAH", "DEN", "BWI", "SFO"), weight = c(237, 65, 156, 139, 281, 161, 282, 265, 298, 244)) ft4 <- data.frame( from = c("SEA", "SFO", "SEA", "SEA", "DEN", "SEA", "BWI"), to = c("SFO", "LAX", "LAX", "DEN", "IAH", "IAH", "SFO"), weight = c(237, 60, 125, 259, 265, 349, 191)) ################################################### ### chunk number 16: createMG ################################################### #line 269 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" esets <- list(Alaska = ft1, United = ft2, Delta = ft3, American = ft4) mg <- MultiGraph(esets, directed = TRUE) mg ################################################### ### chunk number 17: cities ################################################### #line 277 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" nodes(mg) ################################################### ### chunk number 18: DeltafromSeattle ################################################### #line 284 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" mgEdgeData(mg, "Delta", from = "SEA", attr = "weight") ################################################### ### chunk number 19: nodeData ################################################### #line 297 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" nodeDataDefaults(mg, attr="shape") <- "square" nodeData(mg, n = c("SEA", "DEN", "IAH", "LAX", "SFO"), attr = "shape") <- c("triangle", "circle", "circle", "circle", "circle") ################################################### ### chunk number 20: nodeDataVal ################################################### #line 306 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" nodeData(mg, attr = "shape") ################################################### ### chunk number 21: edgeDataVal ################################################### #line 320 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" mgEdgeDataDefaults(mg, "Delta", attr = "color") <- "red" mgEdgeData(mg, "Delta", from = c("SEA", "SEA", "SEA", "SEA"), to = c("DEN", "IAH", "LAX", "SFO"), attr = "color") <- "green" ################################################### ### chunk number 22: mgEdgeDataVal ################################################### #line 326 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" mgEdgeData(mg, "Delta", attr = "color") ################################################### ### chunk number 23: subsetMG ################################################### #line 335 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" g <- subsetEdgeSets(mg, edgeSets = c("Alaska", "United", "Delta")) ################################################### ### chunk number 24: intersecmg ################################################### #line 349 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" edgeFun <- list( weight = min) gInt <- edgeSetIntersect0(g, edgeFun = edgeFun) gInt ################################################### ### chunk number 25: intersectWeights ################################################### #line 358 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" mgEdgeData(gInt, "Alaska_United_Delta", attr= "weight") ################################################### ### chunk number 26: loadData ################################################### #line 374 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" data("esetsFemale") data("esetsMale") names(esetsFemale) head(esetsFemale$brain) ################################################### ### chunk number 27: createMultiGraphs ################################################### #line 393 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" female <- MultiGraph(edgeSets = esetsFemale, directed = TRUE) male <- MultiGraph(edgeSets = esetsMale, directed = TRUE ) male female ################################################### ### chunk number 28: graphBAMs ################################################### #line 414 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" maleBrain <- extractGraphBAM(male, "brain")[["brain"]] maleBrain femaleBrain <- extractGraphBAM(female, "brain")[["brain"]] ################################################### ### chunk number 29: edgeDistance ################################################### #line 424 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" maleWt <- bellman.ford.sp(maleBrain, start = c("10024416717"))$distance maleWt <- maleWt[maleWt != Inf & maleWt != 0] maleWt femaleWt <- bellman.ford.sp(femaleBrain, start = c("10024416717"))$distance femaleWt <- femaleWt[femaleWt != Inf & femaleWt != 0] femaleWt ################################################### ### chunk number 30: nodeAttr ################################################### #line 439 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" nodeDataDefaults(male, attr = "color") <- "gray" nodeData(male , n = c("10024416717", names(maleWt)), attr = "color" ) <- c("red") nodeDataDefaults(female, attr = "color") <- "gray" nodeData(female , n = c("10024416717", names(femaleWt)), attr = "color" ) <- c("red") ################################################### ### chunk number 31: nodeSub ################################################### #line 454 "vignettes/graph/inst/doc/MultiGraphClass.Rnw" resInt <- graphIntersect(male, female) resInt