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### chunk number 1: 
###################################################
#line 16 "vignettes/genoCN/inst/doc/genoCN.Rnw"
library(genoCN)


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### chunk number 2: 
###################################################
#line 29 "vignettes/genoCN/inst/doc/genoCN.Rnw"
data(snpData)
data(snpInfo)

dim(snpData)
dim(snpInfo)

snpData[1:2,]
snpInfo[1:2,]


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
#line 41 "vignettes/genoCN/inst/doc/genoCN.Rnw"
plotCN(pos=snpInfo$Position, LRR=snpData$LRR, BAF=snpData$BAF, 
main = "simulated data on Chr22")


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### chunk number 4: 
###################################################
#line 54 "vignettes/genoCN/inst/doc/genoCN.Rnw"
Theta = genoCNV(snpInfo$Name, snpInfo$Chr, snpInfo$Position, snpData$LRR, snpData$BAF, 
  snpInfo$PFB, sampleID="simu1", cnv.only=(snpInfo$PFB>1), outputSeg = TRUE, 
  outputSNP = 1, outputTag = "simu1")


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### chunk number 5: 
###################################################
#line 69 "vignettes/genoCN/inst/doc/genoCN.Rnw"
  
seg = read.table("simu1_segment.txt", header=TRUE)
seg


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
#line 75 "vignettes/genoCN/inst/doc/genoCN.Rnw"
snp = read.table("simu1_SNP.txt", header=TRUE)
dim(snp)
snp[1:2,]


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
#line 82 "vignettes/genoCN/inst/doc/genoCN.Rnw"
plotCN(pos=snpInfo$Position, LRR=snpData$LRR, BAF=snpData$BAF, 
main = "simulated data on Chr22", fileNames="simu1_segment.txt")