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### chunk number 1: no.nonsense
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#line 45 "vignettes/gene2pathway/inst/doc/gene2pathway.Rnw"
rm(list=ls())


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### chunk number 2: 
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#line 84 "vignettes/gene2pathway/inst/doc/gene2pathway.Rnw"
library(gene2pathway)


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### chunk number 3:  eval=FALSE
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## #line 87 "vignettes/gene2pathway/inst/doc/gene2pathway.Rnw"
## gene2pathway("FBgn0030327", flyBase=TRUE, organism="dme") 


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### chunk number 4: 
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#line 90 "vignettes/gene2pathway/inst/doc/gene2pathway.Rnw"
pred.comp = gene2pathway.signaltrans("387129", organism="hsa") # prediction of the signaling pathway component for Entrez gene ID 387129 for human
pred.comp


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### chunk number 5:  eval=FALSE
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## #line 94 "vignettes/gene2pathway/inst/doc/gene2pathway.Rnw"
## url = color.pathway.by.elements("path:hsa04020",pred.comp$elemIDs[["387129"]])


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### chunk number 6: 
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#line 101 "vignettes/gene2pathway/inst/doc/gene2pathway.Rnw"
data(classificationModel_dme)     # load the bagged model
modelKEGG[[1]]$allpathways        # all employed KEGG hierarchy levels
modelKEGG[[1]]$used_domains[[10]] # Which InterPro domains are used by the first model to detect Phosphatidylinositol signaling?
modelKEGG[[2]]$W                  # How are input code vectors weighted?


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### chunk number 7: 
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#line 120 "vignettes/gene2pathway/inst/doc/gene2pathway.Rnw"
toLatex(sessionInfo())