################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 45 "vignettes/farms/inst/doc/farms.Rnw" options(width=75) set.seed(0) library(farms) library(utils) farmsVer<-packageDescription("farms")$Version ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 122 "vignettes/farms/inst/doc/farms.Rnw" library(farms) library(affydata) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 199 "vignettes/farms/inst/doc/farms.Rnw" data(Dilution) eset<-qFarms(Dilution) INIs <- INIcalls(eset) # apply I/NI calls summary(INIs) I_data <- getI_Eset(INIs) # affybatch containing only informative probe sets I_data ################################################### ### chunk number 4: ################################################### #line 210 "vignettes/farms/inst/doc/farms.Rnw" plot(INIs) # draws a density plot of I/NI-calls ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 221 "vignettes/farms/inst/doc/farms.Rnw" eset<-qFarms(Dilution, laplacian=TRUE) INIs <- INIcalls(eset) # apply I/NI calls summary(INIs) I_data <- getI_Eset(INIs) # affybatch containing only informative probe sets I_data ################################################### ### chunk number 6: ################################################### #line 231 "vignettes/farms/inst/doc/farms.Rnw" plot(INIs) # draws a density plot of I/NI-calls