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### chunk number 1: specifyFiles
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#line 237 "vignettes/ddCt/inst/doc/rtPCR.Rnw"
library(ddCt)
datadir <- function(x) system.file("extdata", x, package="ddCt")
savedir <- function(x) file.path(tempdir(), x)

file.names <- c(datadir("Experiment1.txt"),datadir("Experiment2.txt"))
info <- datadir("sampleData.txt")
warningFile <- savedir("warnings.txt")


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### chunk number 2: readingData
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#line 257 "vignettes/ddCt/inst/doc/rtPCR.Rnw"
name.reference.sample <- c("Sample1", "Sample2")
name.reference.gene <- c("Gene2")


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### chunk number 3: readData
###################################################
#line 268 "vignettes/ddCt/inst/doc/rtPCR.Rnw"
library(Biobase)  
CtData <- SDMFrame(file.names)
sampleInformation <- read.AnnotatedDataFrame(info,header=TRUE, row.names=NULL)


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### chunk number 4: calculating
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#line 279 "vignettes/ddCt/inst/doc/rtPCR.Rnw"
result <- ddCtExpression(CtData,
                         calibrationSample=name.reference.sample,
                         housekeepingGene=name.reference.gene,
                         sampleInformation=sampleInformation,
                         warningStream=warningFile)


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### chunk number 5: showMAD
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#line 292 "vignettes/ddCt/inst/doc/rtPCR.Rnw"
CtErr(result)


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### chunk number 6: vis
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#line 303 "vignettes/ddCt/inst/doc/rtPCR.Rnw"
br <- errBarchart(result)
print(br)


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### chunk number 7: write Tables
###################################################
#line 322 "vignettes/ddCt/inst/doc/rtPCR.Rnw"
elistWrite(result,file=savedir("allValues.txt"))


###################################################
### chunk number 8: sessionInfo
###################################################
#line 337 "vignettes/ddCt/inst/doc/rtPCR.Rnw"
toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)