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### chunk number 1: readfile1 eval=FALSE
###################################################
## #line 40 "vignettes/codelink/inst/doc/CodelinkSet.Rnw"
## 
## cset <- readCodelinkSet("targets.txt")
## 


###################################################
### chunk number 2: annotations
###################################################
#line 54 "vignettes/codelink/inst/doc/CodelinkSet.Rnw"

library(codelink)
data(codelink.exprset)
annotation(codelink.exprset)
annotation(codelink.exprset) <- "rwgcod"
annotation(codelink.exprset)



###################################################
### chunk number 3: preprocess
###################################################
#line 83 "vignettes/codelink/inst/doc/CodelinkSet.Rnw"

cset <- codPreprocess(codelink.exprset)



###################################################
### chunk number 4: plot
###################################################
#line 92 "vignettes/codelink/inst/doc/CodelinkSet.Rnw"

codPlot(cset, what = "density")
codPlot(cset, what = "ma")
codPlot(cset, what = "image")



###################################################
### chunk number 5: fit eval=FALSE
###################################################
## #line 107 "vignettes/codelink/inst/doc/CodelinkSet.Rnw"
## 
## design <- model.matrix(~ -1 + factor(cset$Treatment))
## fit <- lmFit(cset, design)
## 


###################################################
### chunk number 6: fit eval=FALSE
###################################################
## #line 118 "vignettes/codelink/inst/doc/CodelinkSet.Rnw"
## 
## writeCodelink(codelink.exprset, file = "intensities.txt")
## 


###################################################
### chunk number 7: fit eval=FALSE
###################################################
## #line 128 "vignettes/codelink/inst/doc/CodelinkSet.Rnw"
## 
## foo.avg <- averageProbes(codelink.exprset)
## 


###################################################
### chunk number 8: sessioninfo
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#line 139 "vignettes/codelink/inst/doc/CodelinkSet.Rnw"

sessionInfo()