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### chunk number 1: 
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#line 85 "vignettes/bridge/inst/doc/bridge.Rnw"
library(bridge)


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### chunk number 2: 
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#line 132 "vignettes/bridge/inst/doc/bridge.Rnw"
data(hiv)


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### chunk number 3: 
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#line 154 "vignettes/bridge/inst/doc/bridge.Rnw"
bridge.hiv<-bridge.2samples(hiv[1:640,c(1:4)],hiv[1:640,c(5:8)],B=2000,min.iter=0,batch=1,mcmc.obj=NULL,affy=FALSE,verbose=FALSE)


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### chunk number 4: 
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#line 159 "vignettes/bridge/inst/doc/bridge.Rnw"
gamma1<-mat.mean(bridge.hiv$gamma1)[,1]
gamma2<-mat.mean(bridge.hiv$gamma2)[,1]


###################################################
### chunk number 5: logratio
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#line 165 "vignettes/bridge/inst/doc/bridge.Rnw"
plot(gamma1-gamma2,bridge.hiv$post.p,col=1,pch=1,main="Posterior probability",xlab="log ratio",ylab="posterior probability")


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### chunk number 6: histdf
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#line 177 "vignettes/bridge/inst/doc/bridge.Rnw"
hist(bridge.hiv$nu1[3,],main="Posterior degree of freedoms, array 3",xlab="nu",50)


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### chunk number 7: 
###################################################
#line 200 "vignettes/bridge/inst/doc/bridge.Rnw"
sample1<-matrix(exp(rnorm(150)),50,3)
sample2<-matrix(exp(rnorm(200)),50,4)
sample3<-matrix(exp(rnorm(150)),50,3)

mcmc.bridge3<-bridge.3samples(sample1,sample2,sample3,B=10,min.iter=0,batch=1,mcmc.obj=NULL,all.out=TRUE,verbose=FALSE)