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### chunk number 1: 
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#line 44 "vignettes/biocViews/inst/doc/HOWTO-BCV.Rnw"
library("biocViews")
library("Biobase")


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### chunk number 2: VocabDefinition
###################################################
#line 71 "vignettes/biocViews/inst/doc/HOWTO-BCV.Rnw"
vocabFile <- system.file("dot/biocViewsVocab.dot", package="biocViews")
cat(readLines(vocabFile)[1:20], sep="\n")
cat("...\n")


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### chunk number 3: getViews
###################################################
#line 153 "vignettes/biocViews/inst/doc/HOWTO-BCV.Rnw"
data(biocViewsVocab)
reposPath <- system.file("doc", package="biocViews")
reposUrl <- paste("file://", reposPath, sep="")
biocViews <- getBiocSubViews(reposUrl, biocViewsVocab, topTerm="Software")

print(biocViews[1:2])



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### chunk number 4: listTerms
###################################################
#line 169 "vignettes/biocViews/inst/doc/HOWTO-BCV.Rnw"
getSubTerms(biocViewsVocab, term="AssayTechnologies")


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### chunk number 5: htmlViewsGen
###################################################
#line 178 "vignettes/biocViews/inst/doc/HOWTO-BCV.Rnw"
viewsDir <- file.path(tempdir(), "biocViews")
dir.create(viewsDir)
writeBiocViews(biocViews, dir=viewsDir)

dir(viewsDir)[1:2]