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### chunk number 1: 
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#line 36 "vignettes/bgx/inst/doc/bgx.Rnw"
library(bgx)


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### chunk number 2: 
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#line 62 "vignettes/bgx/inst/doc/bgx.Rnw"
library(affydata)
library(hgu95av2cdf)
data(Dilution)
eset <- bgx(Dilution, samplesets=c(2,2), probeAff=FALSE, burnin=2048, iter=8192,genes=c(12500:12599), output="all")


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### chunk number 3: 
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#line 71 "vignettes/bgx/inst/doc/bgx.Rnw"
exprs(eset)[10:40,] # Shorthand for assayData(eset)\$exprs[10:40,]


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### chunk number 4: 
###################################################
#line 79 "vignettes/bgx/inst/doc/bgx.Rnw"
sampleNames(Dilution)


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### chunk number 5: 
###################################################
#line 103 "vignettes/bgx/inst/doc/bgx.Rnw"
bgxOutput <- readOutput.bgx("run.1")


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### chunk number 6: 
###################################################
#line 109 "vignettes/bgx/inst/doc/bgx.Rnw"
plotExpressionDensity(bgxOutput, gene=10)


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### chunk number 7: 
###################################################
#line 115 "vignettes/bgx/inst/doc/bgx.Rnw"
rankedGeneList <- rankByDE(bgxOutput)
print(rankedGeneList[1:25,]) # print top 25 DEG


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### chunk number 8: 
###################################################
#line 122 "vignettes/bgx/inst/doc/bgx.Rnw"
unlink("run.1", recursive=TRUE)