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### chunk number 1: 
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#line 28 "vignettes/arrayQualityMetrics/inst/doc/aqm.Rnw"
options(error=recover)


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### chunk number 2: loading
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#line 56 "vignettes/arrayQualityMetrics/inst/doc/aqm.Rnw"
library("arrayQualityMetrics")
library("ALLMLL")
data("MLL.A")


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### chunk number 3: DataPreparation
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#line 72 "vignettes/arrayQualityMetrics/inst/doc/aqm.Rnw"
preparedData = prepdata(expressionset = MLL.A, 
                    intgroup = c(), 
                    do.logtransform = TRUE)


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### chunk number 4:  eval=FALSE
###################################################
## #line 89 "vignettes/arrayQualityMetrics/inst/doc/aqm.Rnw"
## ?aqm.boxplot


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### chunk number 5: metrics
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#line 96 "vignettes/arrayQualityMetrics/inst/doc/aqm.Rnw"
bo = aqm.boxplot(preparedData)
de = aqm.density(preparedData)
qm = list("Boxplot" = bo, "Density" = de)


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### chunk number 6: booutliers
###################################################
#line 120 "vignettes/arrayQualityMetrics/inst/doc/aqm.Rnw"
bo@outliers


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### chunk number 7: shortReport
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#line 152 "vignettes/arrayQualityMetrics/inst/doc/aqm.Rnw"
outdir = tempdir()
aqm.writereport(modules = qm, reporttitle = "My example", outdir = outdir, 
                arrayTable = pData(MLL.A))
outdir


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### chunk number 8: pkgs
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#line 164 "vignettes/arrayQualityMetrics/inst/doc/aqm.Rnw"
toLatex(sessionInfo())