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### chunk number 1: 
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#line 36 "vignettes/altcdfenvs/inst/doc/ngenomeschips.Rnw"
library(altcdfenvs)


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### chunk number 2: 
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#line 40 "vignettes/altcdfenvs/inst/doc/ngenomeschips.Rnw"
library(plasmodiumanophelescdf)


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### chunk number 3: 
###################################################
#line 48 "vignettes/altcdfenvs/inst/doc/ngenomeschips.Rnw"
planocdf <- wrapCdfEnvAffy(plasmodiumanophelescdf, 712, 712, "plasmodiumanophelescdf")
print(planocdf)


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### chunk number 4: 
###################################################
#line 61 "vignettes/altcdfenvs/inst/doc/ngenomeschips.Rnw"
ids <- geneNames(planocdf)
ids.pf <- ids[grep("^Pf", ids)]


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### chunk number 5: 
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#line 67 "vignettes/altcdfenvs/inst/doc/ngenomeschips.Rnw"
## subset the object to only keep probe sets of interest
plcdf <- planocdf[ids.pf]
print(plcdf)


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### chunk number 6: 
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#line 78 "vignettes/altcdfenvs/inst/doc/ngenomeschips.Rnw"
filename <- system.file("exampleData", "Plasmodium-Probeset-IDs.txt",
                             package="altcdfenvs")
ids.pf <- scan(file = filename, what = "")
plcdf <- planocdf[ids.pf]
print(plcdf)


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### chunk number 7: 
###################################################
#line 87 "vignettes/altcdfenvs/inst/doc/ngenomeschips.Rnw"
plcdf@envName <- "Plasmodium ids only"
print(plcdf)