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### chunk number 1: 
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#line 37 "vignettes/affyPLM/inst/doc/ThreeStep.Rnw"
library(affyPLM)


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### chunk number 2:  eval=FALSE
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## #line 45 "vignettes/affyPLM/inst/doc/ThreeStep.Rnw"
## require(affydata)
## data(Dilution)
## ##FIXME: remove the next line
## Dilution = updateObject(Dilution)
## eset <- threestep(Dilution)


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### chunk number 3:  eval=FALSE
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## #line 55 "vignettes/affyPLM/inst/doc/ThreeStep.Rnw"
## eset <- threestep(Dilution, background.method = "MASIM",
## 	normalize.method="quantile",summary.method="tukey.biweight")


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### chunk number 4:  eval=FALSE
###################################################
## #line 63 "vignettes/affyPLM/inst/doc/ThreeStep.Rnw"
## eset <- threestep(Dilution, background.method = "IdealMM",
## 	normalize="quantile",summary.method="log.2nd.largest")