###################################################
### chunk number 1: loadPackage
###################################################
#line 40 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
library(affyPLM)
options(width=60)


###################################################
### chunk number 2: makeExpressionSet
###################################################
#line 48 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
require(affydata)
data(Dilution)
eset.Dilution <- rma(Dilution)


###################################################
### chunk number 3: FirstUsageShow eval=FALSE
###################################################
## #line 58 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## par(mfrow=c(2,2))
## MAplot(eset.Dilution)


###################################################
### chunk number 4: FirstUsageDo eval=FALSE
###################################################
## #line 63 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## png("MAplotFirstUse.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in")
## par(mfrow=c(2,2))
## MAplot(eset.Dilution)
## dev.off()


###################################################
### chunk number 5: smoothScatterShow eval=FALSE
###################################################
## #line 83 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## par(mfrow=c(2,2))
## MAplot(eset.Dilution,plot.method="smoothScatter")


###################################################
### chunk number 6: smoothScatterDo eval=FALSE
###################################################
## #line 89 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## ##bitmap("MAplotsmoothScatter.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300)
## png("MAplotsmoothScatter.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in")
## par(mfrow=c(2,2))
## MAplot(eset.Dilution,plot.method="smoothScatter",nrpoints=256)
## dev.off()


###################################################
### chunk number 7: RefUsageShow eval=FALSE
###################################################
## #line 107 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## par(mfrow=c(2,2))
## MAplot(eset.Dilution,plot.method="smoothScatter",ref=1)


###################################################
### chunk number 8: RefUsageDo eval=FALSE
###################################################
## #line 113 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## png("MAplotsmoothScatterRef.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in")
## par(mfrow=c(2,2))
## MAplot(eset.Dilution,ref=1,plot.method="smoothScatter",nrpoints=256)
## dev.off()


###################################################
### chunk number 9: RefUsageWhichShow eval=FALSE
###################################################
## #line 132 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## par(mfrow=c(2,1))
## MAplot(eset.Dilution,which=c(2,4),ref=1,plot.method="smoothScatter")


###################################################
### chunk number 10: RefUsageWhichShow eval=FALSE
###################################################
## #line 137 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## png("MAplotsmoothScatterWhich.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in")
## par(mfrow=c(2,1))
## MAplot(eset.Dilution,which=c(2,4),ref=1,plot.method="smoothScatter",nrpoints=256)
## dev.off()


###################################################
### chunk number 11: SubsetUsageWhichShow eval=FALSE
###################################################
## #line 155 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## par(mfrow=c(2,1))
## MAplot(eset.Dilution,which=c(1,2),ref=c(1,2),plot.method="smoothScatter")


###################################################
### chunk number 12: SubsetUsageWhichDo eval=FALSE
###################################################
## #line 161 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## png("MAplotsmoothScatterSubset.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in")
## par(mfrow=c(2,1))
## MAplot(eset.Dilution,which=c(1,2),ref=c(1,2),plot.method="smoothScatter",nrpoints=256)
## dev.off()


###################################################
### chunk number 13: SubsetUsageWithNames
###################################################
#line 178 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
MAplot(eset.Dilution,which=c("20A","20B"),ref=c("20A","20B"),plot.method="smoothScatter",nrpoints=256)


###################################################
### chunk number 14: calcPA
###################################################
#line 188 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
PA.calls <- mas5calls(Dilution)
Is.Present <- exprs(PA.calls) == "P"
Number.Present <- apply(Is.Present,1,sum)


###################################################
### chunk number 15: addShow eval=FALSE
###################################################
## #line 195 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==4,],show.statistics=FALSE,which=1,pch=20,cex=0.4,ylim=c(-0.8,0.8),xlim=c(2,15),add.loess=FALSE)
## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==0,],plot.method="add",col="red",which=1,pch=20,cex=0.4,show.statistics=FALSE,add.loess=FALSE)
## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==3,],plot.method="add",show.statistics=FALSE,which=1,col="green",pch=20,cex=0.4,add.loess=FALSE)
## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==2,],plot.method="add",show.statistics=FALSE,which=1,col="blue",pch=20,cex=0.4,add.loess=FALSE)
## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==1,],plot.method="add",show.statistics=FALSE,which=1,col="orange",pch=20,cex=0.4,add.loess=FALSE)


###################################################
### chunk number 16: addDo eval=FALSE
###################################################
## #line 205 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## png("MAplotadd.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in")
## par(mfrow=c(1,1))
## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==4,],show.statistics=FALSE,which=1,pch=20,cex=0.4,ylim=c(-0.8,0.8),xlim=c(2,15),add.loess=FALSE)
## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==0,],plot.method="add",col="red",which=1,pch=20,cex=0.4,show.statistics=FALSE,add.loess=FALSE)
## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==3,],plot.method="add",show.statistics=FALSE,which=1,col="green",pch=20,cex=0.4,add.loess=FALSE)
## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==2,],plot.method="add",show.statistics=FALSE,which=1,col="blue",pch=20,cex=0.4,add.loess=FALSE)
## MAplot(eset.Dilution[Number.Present ==1,],plot.method="add",show.statistics=FALSE,which=1,col="orange",pch=20,cex=0.4,add.loess=FALSE)
## dev.off()


###################################################
### chunk number 17: groupsShow eval=FALSE
###################################################
## #line 228 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## MAplot(eset.Dilution,groups=c("Liver 20","Liver 20","Liver 10","Liver 10"),ref="Liver 10")


###################################################
### chunk number 18: groupsDo eval=FALSE
###################################################
## #line 233 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## png("MAplotgroups.png",height=8,width=8,pointsize=10,res=300,units="in")
## MAplot(eset.Dilution,groups=c("Liver 20","Liver 20","Liver 10","Liver 10"),ref="Liver 10")
## dev.off()


###################################################
### chunk number 19: 
###################################################
#line 258 "vignettes/affyPLM/inst/doc/MAplots.Rnw"
## give ghostscript on Windows a few seconds to catch up
Sys.sleep(10)