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### chunk number 1: init
###################################################
#line 33 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
options(width=50)


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### chunk number 2: 
###################################################
#line 51 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
library(SRAdb)
sqlfile <- getSRAdbFile()


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### chunk number 3: 
###################################################
#line 58 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
file.info('SRAmetadb.sqlite')


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### chunk number 4: 
###################################################
#line 64 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
sra_con <- dbConnect(SQLite(),sqlfile)


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
#line 74 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
sra_con <- dbConnect(SQLite(),'SRAmetadb.sqlite')


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
#line 79 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
sra_tables <- dbListTables(sra_con)
sra_tables


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
#line 85 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
dbListFields(sra_con,'study')


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
#line 90 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
sqliteQuickSQL(sra_con,'PRAGMA TABLE_INFO(study)')


###################################################
### chunk number 9: j1
###################################################
#line 97 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
rs <- dbGetQuery(sra_con,'select * from study limit 3')
rs[,1:5]


###################################################
### chunk number 10: j2
###################################################
#line 104 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
rs <- dbGetQuery(sra_con,paste("select study_accession,study_title from study where",
                           "study_description like 'Transcriptome%'",sep=" "))
rs[1:3,]


###################################################
### chunk number 11: 
###################################################
#line 111 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
getTableCounts <- function(tableName,conn) {
  sql <- sprintf("select count(*) from %s",tableName)
  return(dbGetQuery(conn,sql)[1,1])
}
do.call(rbind,sapply(sra_tables,getTableCounts,sra_con,simplify=FALSE))


###################################################
### chunk number 12: 
###################################################
#line 125 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
conversion <- sraConvert(c('SRP001007','SRP000931'), sra_con= sra_con)
conversion[1:3,]


###################################################
### chunk number 13: 
###################################################
#line 131 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
apply(conversion, 2, unique)


###################################################
### chunk number 14: 
###################################################
#line 140 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
rs <- getSRA (search_terms ='breast cancer', out_types=c('run','study'),  sra_con=sra_con)
dim(rs)


###################################################
### chunk number 15: 
###################################################
#line 146 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
rs <- getSRA (search_terms ='"breast cancer"', out_types=c('run','study'),  sra_con=sra_con)
dim(rs)


###################################################
### chunk number 16: 
###################################################
#line 152 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
rs <- getSRA (search_terms ='MCF7 OR "MCF-7"', out_types=c('sample'), sra_con=sra_con) 
dim(rs)


###################################################
### chunk number 17: 
###################################################
#line 158 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
rs <- getSRA (search_terms ='submission_center: GEO', out_types=c('submission'), sra_con=sra_con)  
dim(rs)


###################################################
### chunk number 18: 
###################################################
#line 164 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
rs <- getSRA (search_terms ='Carcino*', out_types=c('study'), sra_con=sra_con)  
dim(rs)


###################################################
### chunk number 19:  eval=FALSE
###################################################
## #line 172 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
## listSRAfile ("SRX000122", sra_con=sra_con, sraType='litesra') 


###################################################
### chunk number 20:  eval=FALSE
###################################################
## #line 177 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
## rs <- getSRAinfo (in_acc=c("SRX000122"), sra_con=sra_con)
## rs[1:3,]


###################################################
### chunk number 21:  eval=FALSE
###################################################
## #line 183 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
## getSRAfile (in_acc=c("SRR000648","SRR000657"), sra_con=sra_con, destdir=getwd(), sraType='litesra')


###################################################
### chunk number 22:  eval=FALSE
###################################################
## #line 192 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
## startIGV("mm")


###################################################
### chunk number 23:  eval=FALSE
###################################################
## #line 197 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
## exampleBams = file.path(system.file('extdata',package='SRAdb'),
##   dir(system.file('extdata',package='SRAdb'),pattern='bam$'))
## sock <- IGVsocket()
## IGVgenome(sock, 'hg18')
## IGVload(sock, exampleBams)
## IGVgoto(sock, 'chr1:1-1000')
## IGVsnapshot(sock)


###################################################
### chunk number 24:  eval=FALSE
###################################################
## #line 212 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
## acc <- getSRA (search_terms ='colon cancer', out_types=c('sra'), sra_con=sra_con, acc_only=TRUE) 
## g <- entityGraph(acc)
## attrs <- getDefaultAttrs(list(node=list(fillcolor='lightblue', shape='ellipse')))
## plot(g, attrs= attrs)  


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### chunk number 25:  eval=FALSE
###################################################
## #line 220 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
## g <- sraGraph('colon cancer', sra_con)
## library(Rgraphviz)
## attrs <- getDefaultAttrs(list(node=list(fillcolor='lightblue', shape='ellipse')))
## plot(g, attrs=attrs)


###################################################
### chunk number 26: 
###################################################
#line 229 "vignettes/SRAdb/inst/doc/SRAdb.Rnw"
toLatex(sessionInfo())