################################################### ### chunk number 1: Load package ################################################### #line 159 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" library(Rmagpie) ################################################### ### chunk number 2: Create genesubsets fast ################################################### #line 212 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" geneSubsets <- new("geneSubsets", speed="high", maxSubsetSize=20) geneSubsets ################################################### ### chunk number 3: Create genesubsets slow ################################################### #line 216 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" geneSubsets <- new("geneSubsets", speed="slow", maxSubsetSize=20) geneSubsets ################################################### ### chunk number 4: Gene subsets Option values ################################################### #line 223 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" geneSubsets <- new("geneSubsets", speed="high", optionValues=c(1,2,3,5,9,10,15,20)) geneSubsets ################################################### ### chunk number 5: Specify thresholds ################################################### #line 254 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" thresholds <- new("thresholds", optionValues=c(0,0.1,0.2,0.3,0.4,0.5,1,2)) ################################################### ### chunk number 6: Load Dataset ################################################### #line 285 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" data('vV70genesDataset') ################################################### ### chunk number 7: Assessment object One ################################################### #line 294 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" myAssessment <- new ( "assessment", dataset = vV70genes, noFolds1stLayer = 9, noFolds2ndLayer = 10, classifierName = "svm", featureSelectionMethod = 'rfe', typeFoldCreation = "original", svmKernel = "linear", noOfRepeats = 3) myAssessment ################################################### ### chunk number 8: Assessment object two ################################################### #line 310 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" myAssessment2 <- new ( "assessment", dataset = vV70genes, noFolds1stLayer = 9, noFolds2ndLayer = 10, classifierName = "nsc", featureSelectionMethod = 'nsc', typeFoldCreation = "original", noOfRepeats = 2) myAssessment2 ################################################### ### chunk number 9: One layer cross validation ################################################### #line 341 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" # Necessary to find the same results set.seed(234) myAssessment <- runOneLayerExtCV(myAssessment) myAssessment ################################################### ### chunk number 10: Two layer cross validation ################################################### #line 374 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" myAssessment <- runTwoLayerExtCV(myAssessment) myAssessment ################################################### ### chunk number 11: Classify observations ################################################### #line 400 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" myAssessment <- findFinalClassifier(myAssessment) ################################################### ### chunk number 12: Classify new Samples One ################################################### #line 442 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" newSamplesFile <- paste(system.file(package="Rmagpie"),"/doc/vV_newSamples.txt",sep="") res <- classifyNewSamples( myAssessment,newSamplesFile) ################################################### ### chunk number 13: Good prognois table1 ################################################### #line 447 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" library(xtable) goodPrognosis <-names(res)[res=="goodPronosis"] goodPrognosis ################################################### ### chunk number 14: poor prognois table1 ################################################### #line 453 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" poorPrognosis <-names(res)[res=="poorPronosis"] poorPrognosis ################################################### ### chunk number 15: Classify new Samples two ################################################### #line 459 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" newSamplesFile <- paste(system.file(package="Rmagpie"),"/doc/vV_newSamples.txt",sep="") res <- classifyNewSamples( myAssessment,newSamplesFile,optionValue=1) ################################################### ### chunk number 16: Good prognois table2 ################################################### #line 464 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" goodPrognosis <-names(res)[res=="goodPronosis"] goodPrognosis ################################################### ### chunk number 17: poor prognois table2 ################################################### #line 469 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" poorPrognosis <-names(res)[res=="poorPronosis"] ################################################### ### chunk number 18: Example One ################################################### #line 549 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" # All the information on error rates for the repeated one-layer CV getResults(myAssessment, 1, topic='errorRate') # Cross-validated error rates for the repeated one-layer CV: Une value # per size of subset getResults(myAssessment, 1, topic='errorRate', errorType='cv') # Cross-validated error rates for the repeated two-layer CV: Une value # only corresponding to the best error rate getResults(myAssessment, 2, topic='errorRate', errorType='cv') ################################################### ### chunk number 19: Example 2 ################################################### #line 593 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" # Frequency of the genes selected among the folds and repeats # of the one-layer CV res <- getResults(myAssessment, c(1,1), topic='genesSelected', genesType='frequ') # Genes selected for the 3rd size of subset in the 2nd fold of the # second repeat of one-layer external CV getResults(myAssessment, c(1,2), topic='genesSelected', genesType='fold')[[3]][[2]] ################################################### ### chunk number 20: Example 3 ################################################### #line 609 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" # Best number of genes in one-layer CV getResults(myAssessment, 1, topic='bestOptionValue') # Best number of genes in the third repeat of one-layer CV getResults(myAssessment, c(1,3), topic='bestOptionValue') # Average (over the folds), best number of genes in the two-layer CV getResults(myAssessment, 2, topic='bestOptionValue') # Average (over the folds), best number of genes in the # third repeat of the two-layer CV getResults(myAssessment, c(2,3), topic='bestOptionValue') ################################################### ### chunk number 21: Example 4 ################################################### #line 627 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" # Execution time to compute the repeated one-layer CV getResults(myAssessment, 1, topic='executionTime') # Execution time to compute the third repeat of the repeated one-layer CV getResults(myAssessment, c(1,3), topic='executionTime') # Execution time to compute the repeated two-layer CV getResults(myAssessment, 2, topic='executionTime') # Execution time to compute the second repeat of the repeated two-layer CV getResults(myAssessment, c(2,2), topic='executionTime') ################################################### ### chunk number 22: PlotErrorSummary1 ################################################### #line 656 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" png("plotErrorsSummaryOneLayerCV.png") plotErrorsSummaryOneLayerCV(myAssessment) dev.off() ################################################### ### chunk number 23: PlotErrorSummaryRepeated ################################################### #line 677 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" png("plotSummaryErrorRate.png") plotErrorsRepeatedOneLayerCV(myAssessment) dev.off() ################################################### ### chunk number 24: Two layer cross validation ################################################### #line 696 "vignettes/Rmagpie/inst/doc/Magpie_examples.Rnw" png("twoLayerCrossValidation.png") plotErrorsFoldTwoLayerCV(myAssessment) dev.off()