################################################### ### chunk number 1: prepare ################################################### #line 63 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" options(length=60, stringsAsFactors=FALSE) set.seed(123) options(SweaveHooks=list( along=function() par(mar=c(2.5,4.2,4,1.5), font.lab=2), boxplot=function() par(mar=c(5,5,1,1), font.lab=4), dens=function() par(mar=c(4.1, 4.1, 0.1, 0.1), font.lab=2))) ################################################### ### chunk number 2: loadpackage ################################################### #line 89 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" library("Ringo") ################################################### ### chunk number 3: locateData ################################################### #line 121 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" exDir <- system.file("exData",package="Ringo") list.files(exDir, pattern="pair.txt") head(read.delim(file.path(exDir,"MOD_20551_PMT1_pair.txt"), skip=1))[,c(1,4:7,9)] ################################################### ### chunk number 4: exampleFilesTxt ################################################### #line 135 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" read.delim(file.path(exDir,"example_targets.txt"), header=TRUE) ################################################### ### chunk number 5: spottypes ################################################### #line 154 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" read.delim(file.path(exDir,"spottypes.txt"), header=TRUE) ################################################### ### chunk number 6: readNimblegen ################################################### #line 162 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" exRG <- readNimblegen("example_targets.txt","spottypes.txt",path=exDir) ################################################### ### chunk number 7: showRG ################################################### #line 170 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" head(exRG$R) head(exRG$G) head(exRG$genes) exRG$targets ################################################### ### chunk number 8: loadProbeAnno ################################################### #line 224 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" load(file.path(exDir,"exampleProbeAnno.rda")) ls(exProbeAnno) show(exProbeAnno) head(exProbeAnno["9.start"]) head(exProbeAnno["9.end"]) ################################################### ### chunk number 9: imageRG0 eval=FALSE ################################################### ## #line 256 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" ## par(mar=c(0.01,0.01,0.01,0.01), bg="black") ## image(exRG, 1, channel="green", mycols=c("black","green4","springgreen")) ################################################### ### chunk number 10: imageRG ################################################### #line 261 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" #jpeg("Ringo-imageRG.jpg", quality=100, height=400, width=360) png("Ringo-imageRG.png", units="in", res=200, height=4, width=3.5) par(mar=c(0.01,0.01,0.01,0.01), bg="black") image(exRG, 1, channel="green", mycols=c("black","green4","springgreen")) dev.off() ################################################### ### chunk number 11: plotDensities ################################################### #line 286 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" plotDensities(exRG) ################################################### ### chunk number 12: showGFF ################################################### #line 301 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" head(exGFF[,c("name","symbol","chr","strand","start","end")]) ################################################### ### chunk number 13: autocorRG0 ################################################### #line 313 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" exAc <- autocor(exRG, probeAnno=exProbeAnno, chrom="9", lag.max=1000) plot(exAc) ################################################### ### chunk number 14: preprocess eval=FALSE ################################################### ## #line 336 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" ## exampleX <- preprocess(exRG) ## sampleNames(exampleX) <- ## with(exRG$targets, paste(Cy5,"vs",Cy3,sep="_")) ## print(exampleX) ################################################### ### chunk number 15: loadExampleX ################################################### #line 342 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" load(file.path(exDir,"exampleX.rda")) print(exampleX) ################################################### ### chunk number 16: preprocessNG ################################################### #line 351 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" exampleX.NG <- preprocess(exRG, method="nimblegen") sampleNames(exampleX.NG) <- sampleNames(exampleX) ################################################### ### chunk number 17: comparePreprocessings ################################################### #line 359 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" corPlot(cbind(exprs(exampleX),exprs(exampleX.NG)), grouping=c("VSN normalized","Tukey-biweight scaled")) ################################################### ### chunk number 18: chipAlongChrom ################################################### #line 377 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" plot(exampleX, exProbeAnno, chrom="9", xlim=c(34318000,34321000), ylim=c(-2,4), gff=exGFF, colPal=c("skyblue", "darkblue")) ################################################### ### chunk number 19: smoothing ################################################### #line 401 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" smoothX <- computeRunningMedians(exampleX, probeAnno=exProbeAnno, modColumn = "Cy5", allChr = "9", winHalfSize = 400) sampleNames(smoothX) <- paste(sampleNames(exampleX),"smoothed") ################################################### ### chunk number 20: smoothAlongChrom ################################################### #line 407 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" combX <- combine(exampleX, smoothX) plot(combX, exProbeAnno, chrom="9", xlim=c(34318000,34321000), ylim=c(-2,4), gff=exGFF, colPal=c("skyblue", "steelblue")) ################################################### ### chunk number 21: setY0 ################################################### #line 489 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" (y0 <- apply(exprs(smoothX),2,upperBoundNull)) ################################################### ### chunk number 22: histogramSmoothed ################################################### #line 493 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" h1 <- hist(exprs(smoothX)[,1], n=50, xlim=c(-1.25,2.25), main=NA, xlab="Smoothed reporter intensities [log]") abline(v=y0[1], col="red") ################################################### ### chunk number 23: cherFinding ################################################### #line 512 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" chersX <- findChersOnSmoothed(smoothX, probeAnno=exProbeAnno, thresholds=y0, allChr="9", distCutOff=600, cellType="human") chersX <- relateChers(chersX, exGFF) chersXD <- as.data.frame.cherList(chersX) ################################################### ### chunk number 24: showChers ################################################### #line 519 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" chersXD[order(chersXD$maxLevel, decreasing=TRUE),] ################################################### ### chunk number 25: plotCher ################################################### #line 534 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" plot(chersX[[1]], smoothX, probeAnno=exProbeAnno, gff=exGFF, paletteName="Spectral") ################################################### ### chunk number 26: readAgilentData ################################################### #line 574 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" agiDir <- system.file("agilentData", package="Ringo") arrayfiles <- list.files(path=agiDir, pattern="H3K4Me3_Tc1Liver_sol1_mmChr17_part.txt") RG <- read.maimages(arrayfiles, source="agilent", path=agiDir) ################################################### ### chunk number 27: readAgiTargets ################################################### #line 582 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" at <- readTargets(file.path(agiDir,"targets.txt")) RG$targets <- at ################################################### ### chunk number 28: showAgilentRG ################################################### #line 587 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" show(RG) ################################################### ### chunk number 29: imageAgiRG0 eval=FALSE ################################################### ## #line 597 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" ## par(mar=c(0.01,0.01,0.01,0.01), bg="black") ## image(RG, 1, channel="red", dim1="Col", dim2="Row", ## mycols=c("sienna","darkred","orangered")) ################################################### ### chunk number 30: imageAgiRG ################################################### #line 603 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" #jpeg("Ringo-imageAgiRG.jpg", quality=100, height=455, width=534) png("Ringo-imageAgiRG.png", res=200, units="in", height=4.55, width=5.34) par(mar=c(0.01,0.01,0.01,0.01), bg="black") image(RG, 1, channel="red", dim1="Row", dim2="Col", mycols=c("sienna","darkred","orangered")) dev.off() ################################################### ### chunk number 31: makeAgilentProbeAnno ################################################### #line 636 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" pA <- extractProbeAnno(RG, "agilent", genome="mouse", microarray="Agilent Tiling Chr17") ################################################### ### chunk number 32: agiLoadGenomeAnno ################################################### #line 649 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" load(file=file.path(agiDir,"mm9chr17.RData")) ################################################### ### chunk number 33: preprocessAgilentData ################################################### #line 656 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" X <- preprocess(RG[RG$genes$ControlType==0,], method="nimblegen", idColumn="ProbeName") sampleNames(X) <- X$SlideNumber ################################################### ### chunk number 34: agiProbeDistances ################################################### #line 667 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" probeDists <- diff(pA["17.start"]) br <- c(0, 100, 200, 300, 500, 1000, 10000, max(probeDists)) table(cut(probeDists, br)) ################################################### ### chunk number 35: agiSmoothing ################################################### #line 673 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" smoothX <- computeRunningMedians(X, modColumn="Antibody", winHalfSize=500, min.probes=3, probeAnno=pA) sampleNames(smoothX) <- paste(sampleNames(X),"smooth",sep=".") ################################################### ### chunk number 36: agiSmoothAlongChrom ################################################### #line 682 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" combX <- combine(X, smoothX) plot(combX, pA, chr="17", coord=33887000+c(0, 13000), gff=mm9chr17, maxInterDistance=450, paletteName="Paired") ################################################### ### chunk number 37: agiGetTwoThresholds ################################################### #line 701 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" y0 <- upperBoundNull(exprs(smoothX)) y0G <- twoGaussiansNull(exprs(smoothX)) ################################################### ### chunk number 38: agiShowHistogram ################################################### #line 705 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" hist(exprs(smoothX), n=100, main=NA, xlab="Smoothed expression level [log2]") abline(v=y0, col="red", lwd=2) abline(v=y0G, col="blue", lwd=2) legend(x="topright", lwd=2, col=c("red","blue"), legend=c("Non-parametric symmetric Null", "Gaussian Null")) ################################################### ### chunk number 39: agiFindChers ################################################### #line 718 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" chersX <- findChersOnSmoothed(smoothX, probeAnno=pA, threshold=y0G, cellType="Tc1Liver") chersX <- relateChers(chersX, gff=mm9chr17, upstream=5000) ################################################### ### chunk number 40: agiShowChers ################################################### #line 726 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" chersXD <- as.data.frame(chersX) head(chersXD[order(chersXD$maxLevel, decreasing=TRUE),]) ################################################### ### chunk number 41: sessionInfo ################################################### #line 759 "vignettes/Ringo/inst/doc/Ringo.Rnw" toLatex(sessionInfo(), locale=FALSE)