################################################### ### chunk number 1: installation eval=FALSE ################################################### ## #line 52 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite("RNAinteract") ################################################### ### chunk number 2: sourecode eval=FALSE ################################################### ## #line 58 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" ## Stangle(system.file("doc", "RNAinteract.Rnw", package="RNAinteract")) ################################################### ### chunk number 3: library ################################################### #line 65 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" library("RNAinteract") ################################################### ### chunk number 4: inputpath ################################################### #line 71 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" inputpath = system.file("RNAinteractExample",package="RNAinteract") inputpath ################################################### ### chunk number 5: File: Targets ################################################### #line 84 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" inputfile <- system.file("RNAinteractExample/Targets.txt",package="RNAinteract") T <- read.table(inputfile, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE) head(T) ################################################### ### chunk number 6: File: Reagents ################################################### #line 92 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" inputfile <- system.file("RNAinteractExample/Reagents.txt",package="RNAinteract") T <- read.table(inputfile, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE) head(T[,c("RID", "TID", "PrimerSeqFor","PrimerSeqRev","Length")]) ################################################### ### chunk number 7: File: TemplateDesign ################################################### #line 100 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" inputfile <- system.file("RNAinteractExample/TemplateDesign.txt",package="RNAinteract") T <- read.table(inputfile, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE) head(T) ################################################### ### chunk number 8: File: QueryDesign ################################################### #line 108 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" inputfile <- system.file("RNAinteractExample/QueryDesign.txt",package="RNAinteract") T <- read.table(inputfile, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE) head(T) ################################################### ### chunk number 9: File: Platelist ################################################### #line 116 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" inputfile <- system.file("RNAinteractExample/Platelist.txt",package="RNAinteract") T <- read.table(inputfile, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE) head(T) ################################################### ### chunk number 10: File: DataRNAinteractExample_1 ################################################### #line 124 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" inputfile <- system.file("RNAinteractExample/DataRNAinteractExample_1.txt",package="RNAinteract") T <- read.table(inputfile, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE) ################################################### ### chunk number 11: create RNAinteract ################################################### #line 131 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" sgi = createRNAinteractFromFiles(name="RNAi interaction screen", path = inputpath) sgi ################################################### ### chunk number 12: channelnames ################################################### #line 137 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" getChannelNames(sgi) ################################################### ### chunk number 13: main effects ################################################### #line 146 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" sgi <- estimateMainEffect(sgi, use.query="Ctrl_Fluc") ################################################### ### chunk number 14: pairwise interaction term ################################################### #line 153 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" sgi <- computePI(sgi) ################################################### ### chunk number 15: summarize and combine screens ################################################### #line 159 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" sgim <- summarizeScreens(sgi, screens=c("1","2")) sgi3 <- bindscreens(sgi, sgim) ################################################### ### chunk number 16: compute p-values ################################################### #line 167 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" sgi3 <- computePValues(sgi3) sgi3limma <- computePValues(sgi3, method="limma") sgi3T2 <- computePValues(sgi3, method="HotellingT2") ################################################### ### chunk number 17: data-access-raw-data ################################################### #line 179 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" data("sgi") D <- getData(sgi, type="data", do.inv.trafo = TRUE) Dplatelayout <- getData(sgi, type="data", format="platelist", do.inv.trafo = TRUE) splots::plotScreen(Dplatelayout[["1"]][["nrCells"]], nx=sgi@pdim[2], ny=sgi@pdim[1], ncol=3) Dmatrix <- getData(sgi, type="data", format="targetMatrix", do.inv.trafo = TRUE) ################################################### ### chunk number 18: data-access raw data of a single screen ################################################### #line 192 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" data("sgi") D <- getData(sgi, screen="2", channel="nrCells", type="data", do.inv.trafo = TRUE, format="targetMatrix") ################################################### ### chunk number 19: data-access-main-effects ################################################### #line 199 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" Mplatelayout <- getData(sgi, type="main", design="template", screen="1", channel="nrCells", format="platelist") splots::plotScreen(Mplatelayout, nx=sgi@pdim[2], ny=sgi@pdim[1], ncol=3) ################################################### ### chunk number 20: data-access-pi ################################################### #line 207 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" NImatrix <- getData(sgi, type="ni.model", format="targetMatrix") PImatrix <- getData(sgi, type="pi", format="targetMatrix") PIplatelayout <- getData(sgi, type="main", design="query", screen="1", channel="nrCells", format="platelist") splots::plotScreen(PIplatelayout, nx=sgi@pdim[2], ny=sgi@pdim[1], ncol=3) p.value <- getData(sgi, type="p.value", format="targetMatrix") q.value <- getData(sgi, type="q.value", format="targetMatrix") ################################################### ### chunk number 21: heatmaps ################################################### #line 223 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" plotHeatmap(sgi, screen="1", channel="nrCells") ################################################### ### chunk number 22: doubleRNAi ################################################### #line 229 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" plotDoublePerturbation(sgi, screen="1", channel="nrCells", target="Ras85D") ################################################### ### chunk number 23: simple report ################################################### #line 236 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" outputpath = "RNAinteractHTML" report = startReport(outputpath) reportAnnotation(sgi3, path = outputpath, report = report) reportStatistics(sgi3, path = outputpath, report = report) reportGeneLists(sgi3, path = outputpath, report = report) reportGeneLists(sgi3limma, path = outputpath, dir="hitlistlimma", prefix = "hitlistlimma", report = report) ################################################### ### chunk number 24: screen plots ################################################### #line 248 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" reportMainEffects(sgi3, path = outputpath, report = report) reportScreenData(sgi3, plotScreen.args=list(ncol=3L, do.legend=TRUE, fill = c("red","white","blue")), path = outputpath, report = report) ################################################### ### chunk number 25: double perturbation plot ################################################### #line 257 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" reportDoublePerturbation(sgi3, path = outputpath, report = report,show.labels="p.value") ################################################### ### chunk number 26: heatmaps ################################################### #line 262 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" reportHeatmap(sgi, path=outputpath, report=report) ################################################### ### chunk number 27: endReport ################################################### #line 268 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" save(sgi, file=file.path(outputpath, "RNAinteractExample.rda")) endReport(report) ################################################### ### chunk number 28: browseURL eval=FALSE ################################################### ## #line 274 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" ## browseURL(file.path(outputpath, "index.html")) ################################################### ### chunk number 29: sessioninfo ################################################### #line 279 "vignettes/RNAinteract/inst/doc/RNAinteract.Rnw" sessionInfo()