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### chunk number 1: loadLibary
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#line 42 "vignettes/MiChip/inst/doc/MiChip.Rnw"
library(MiChip)


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### chunk number 2: defaultRawData
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#line 52 "vignettes/MiChip/inst/doc/MiChip.Rnw"
datadir <-system.file("extdata", package="MiChip")
defaultRawData <- parseRawData(datadir)


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### chunk number 3: noe
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#line 78 "vignettes/MiChip/inst/doc/MiChip.Rnw"
 noEmptiesDataSet <- removeUnwantedRows(defaultRawData, c("Empty"))


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### chunk number 4: humanDataSet
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#line 83 "vignettes/MiChip/inst/doc/MiChip.Rnw"
humanDataSet <- standardRemoveRows(defaultRawData)


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### chunk number 5: flagCorrectDataSet
###################################################
#line 90 "vignettes/MiChip/inst/doc/MiChip.Rnw"
 flagCorrectedDataSet <- correctForFlags(humanDataSet)


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### chunk number 6: flagCorrectedDataSet
###################################################
#line 98 "vignettes/MiChip/inst/doc/MiChip.Rnw"
flagCorrectedDataSet <- correctForFlags(humanDataSet, intensityCutoff = 50)


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### chunk number 7: summedData
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#line 112 "vignettes/MiChip/inst/doc/MiChip.Rnw"
summedData <- summarizeIntensitiesAsMedian(flagCorrectedDataSet,minSumlength = 0, madAdjust=FALSE)


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### chunk number 8: plotIntensities
###################################################
#line 121 "vignettes/MiChip/inst/doc/MiChip.Rnw"
plotIntensitiesScatter(exprs(summedData), NULL, "MiChipDemX", "SummarizedScatter")


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### chunk number 9: boxplotSummed
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#line 136 "vignettes/MiChip/inst/doc/MiChip.Rnw"
 boxplotData(exprs(summedData), "MiChipDemX", "Summarized")


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### chunk number 10: mednormedData
###################################################
#line 155 "vignettes/MiChip/inst/doc/MiChip.Rnw"
mednormedData <- normalizePerChipMedian(summedData)


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### chunk number 11: outputAnnot
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#line 163 "vignettes/MiChip/inst/doc/MiChip.Rnw"
outputAnnotatedDataMatrix(mednormedData, "MiChipDemo", "medNormedIntensity",  "exprs")


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### chunk number 12: myNormedEset
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#line 170 "vignettes/MiChip/inst/doc/MiChip.Rnw"
datadir <-system.file("extdata", package="MiChip")
 myNormedEset <- workedExampleMedianNormalize("NormedDemo", intensityCutoff = 50,datadir)