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### chunk number 1: preliminaries
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#line 82 "vignettes/MantelCorr/inst/doc/MantelCorrVignette.Rnw"
library(MantelCorr)
data(GolubTrain)
dim(GolubTrain)
data <- GolubTrain


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### chunk number 2: GetClusters
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#line 103 "vignettes/MantelCorr/inst/doc/MantelCorrVignette.Rnw"
kmeans.result <- GetClusters(data, 500, 100)


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### chunk number 3: DistMatrices
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#line 113 "vignettes/MantelCorr/inst/doc/MantelCorrVignette.Rnw"
DistMatrices.result <- DistMatrices(data, kmeans.result$clusters)


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### chunk number 4: MantelCorrs
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#line 123 "vignettes/MantelCorr/inst/doc/MantelCorrVignette.Rnw"
MantelCorrs.result <- MantelCorrs(DistMatrices.result$Dfull, DistMatrices.result$Dsubsets)


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### chunk number 5: PermutationTest
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#line 134 "vignettes/MantelCorr/inst/doc/MantelCorrVignette.Rnw"
permuted.pval <- PermutationTest(DistMatrices.result$Dfull, DistMatrices.result$Dsubsets, 100, 38, 0.05)


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### chunk number 6: ClusterList
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#line 146 "vignettes/MantelCorr/inst/doc/MantelCorrVignette.Rnw"
ClusterLists <- ClusterList(permuted.pval, kmeans.result$cluster.sizes, MantelCorrs.result)


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### chunk number 7: ClusterGeneList
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#line 157 "vignettes/MantelCorr/inst/doc/MantelCorrVignette.Rnw"
ClusterGenes <- ClusterGeneList(kmeans.result$clusters, ClusterLists$SignificantClusters, data)