################################################### ### chunk number 1: SetUp Session ################################################### #line 36 "vignettes/GenomicFeatures/inst/doc/examples.Rnw" library(rtracklayer) session <- browserSession() ################################################### ### chunk number 2: Choose Genome ################################################### #line 47 "vignettes/GenomicFeatures/inst/doc/examples.Rnw" head(ucscGenomes()) ################################################### ### chunk number 3: Set Genome ################################################### #line 56 "vignettes/GenomicFeatures/inst/doc/examples.Rnw" genome(session) <- "hg18" ################################################### ### chunk number 4: Check Available Tracks ################################################### #line 64 "vignettes/GenomicFeatures/inst/doc/examples.Rnw" head(trackNames(session)) ################################################### ### chunk number 5: Simple Query eval=FALSE ################################################### ## #line 76 "vignettes/GenomicFeatures/inst/doc/examples.Rnw" ## query <- ucscTableQuery(session, "refGene") ################################################### ### chunk number 6: Get Table eval=FALSE ################################################### ## #line 85 "vignettes/GenomicFeatures/inst/doc/examples.Rnw" ## head(getTable(query)) ################################################### ### chunk number 7: Access SNPs ################################################### #line 117 "vignettes/GenomicFeatures/inst/doc/examples.Rnw" query <- ucscTableQuery(session, "snp130", GenomicRanges(57795963, 57815592, "chr12")) head(getTable(query)) ################################################### ### chunk number 8: SessionInfo ################################################### #line 145 "vignettes/GenomicFeatures/inst/doc/examples.Rnw" sessionInfo()