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### chunk number 1: geta eval=FALSE
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## #line 58 "vignettes/GGtools/inst/doc/binf09supp.Rnw"
## library(GGtools)
## data(hla2set)
## hla2set


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### chunk number 2: aasd eval=FALSE
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## #line 65 "vignettes/GGtools/inst/doc/binf09supp.Rnw"
## library(GGdata)
## data(hmceuB36)
## hmFou = hmceuB36[, which(hmceuB36$isFounder == TRUE)]


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### chunk number 3: dorun eval=FALSE
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## #line 72 "vignettes/GGtools/inst/doc/binf09supp.Rnw"
## hla2run = gwSnpTests(hla2set~male, hmFou, snpdepth(250))