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### chunk number 1: 
###################################################
#line 46 "vignettes/CGHcall/inst/doc/CGHcall.Rnw"
library(CGHcall)
data(WiltingData)
Wilting <- cghRaw(WiltingData)


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### chunk number 2: 
###################################################
#line 61 "vignettes/CGHcall/inst/doc/CGHcall.Rnw"
cghdata <- preprocess(Wilting, maxmiss=30, nchrom=22)


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### chunk number 3: 
###################################################
#line 67 "vignettes/CGHcall/inst/doc/CGHcall.Rnw"
tumor.prop <- c(0.75, 0.9, 0.8, 1, 1)
norm.cghdata <- normalize(cghdata, method="median", cellularity=tumor.prop, smoothOutliers=TRUE)


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### chunk number 4: 
###################################################
#line 74 "vignettes/CGHcall/inst/doc/CGHcall.Rnw"
norm.cghdata <- norm.cghdata[,1:2]
seg.cghdata <- segmentData(norm.cghdata, method="DNAcopy")


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### chunk number 5: 
###################################################
#line 81 "vignettes/CGHcall/inst/doc/CGHcall.Rnw"
postseg.cghdata <- postsegnormalize(seg.cghdata)


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
#line 87 "vignettes/CGHcall/inst/doc/CGHcall.Rnw"
result <- CGHcall(postseg.cghdata)


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
#line 93 "vignettes/CGHcall/inst/doc/CGHcall.Rnw"
result <- ExpandCGHcall(result,postseg.cghdata)


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### chunk number 8: 
###################################################
#line 102 "vignettes/CGHcall/inst/doc/CGHcall.Rnw"
plot(result[,1])


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### chunk number 9: 
###################################################
#line 109 "vignettes/CGHcall/inst/doc/CGHcall.Rnw"
plot(result[,2])


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### chunk number 10: 
###################################################
#line 119 "vignettes/CGHcall/inst/doc/CGHcall.Rnw"
plot.summary(result)