################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 41 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" library(BufferedMatrix) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 56 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" X <- createBufferedMatrix(10000) ################################################### ### chunk number 3: ################################################### #line 60 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" X ################################################### ### chunk number 4: ################################################### #line 64 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" AddColumn(X) AddColumn(X) X ################################################### ### chunk number 5: ################################################### #line 71 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" X <- createBufferedMatrix(10000,2) ################################################### ### chunk number 6: ################################################### #line 95 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" RowMode(X) ################################################### ### chunk number 7: ################################################### #line 99 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" ColMode(X) ################################################### ### chunk number 8: ################################################### #line 105 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" X <- createBufferedMatrix(10000,5,bufferrows=500,buffercols=1) ################################################### ### chunk number 9: ################################################### #line 109 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" set.buffer.dim(X,100,2) ################################################### ### chunk number 10: ################################################### #line 116 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" memory.usage(X) disk.usage(X) nrow(X) ncol(X) dim(X) buffer.dim(X) prefix(X) directory(X) is.RowMode(X) is.ColMode(X) ################################################### ### chunk number 11: ################################################### #line 130 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" ReadOnlyMode(X) is.ReadOnlyMode(X) ReadOnlyMode(X) is.ReadOnlyMode(X) ################################################### ### chunk number 12: ################################################### #line 151 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" X <- createBufferedMatrix(20,2) X[1:20,] <- 1:40 B <- X[1:5,] B B[1:2,] <- B[1:2,]^2 B X[1:5,] ################################################### ### chunk number 13: ################################################### #line 162 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" X[1:5,] <- B X[1:5,] ################################################### ### chunk number 14: ################################################### #line 168 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" rownames(X) colnames(X) rownames(X) <- letters[1:20] colnames(X) <- month.abb[1:2] ################################################### ### chunk number 15: ################################################### #line 175 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" X[c("a","b"),"Jan"] X["t",2] <- 0 ################################################### ### chunk number 16: ################################################### #line 181 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" X[rep(c(TRUE,FALSE),10),1] ################################################### ### chunk number 17: ################################################### #line 194 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" Y <- subBufferedMatrix(X,1:5,1:2) Y ################################################### ### chunk number 18: ################################################### #line 203 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" X <- createBufferedMatrix(10,3) X[1:10,] <- (1:30)^2 Max(X) Min(X) mean(X) Sum(X) Var(X) Sd(X) ################################################### ### chunk number 19: ################################################### #line 215 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" rowMeans(X) colMeans(X) rowSums(X) colSums(X) rowVars(X) colVars(X) rowSd(X) colSd(X) rowMax(X) colMax(X) rowMin(X) colMin(X) ################################################### ### chunk number 20: ################################################### #line 233 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" sum.cube.root <- function(x){ sum(x^(1/3)) } colApply(X,sum.cube.root) ################################################### ### chunk number 21: ################################################### #line 240 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" sum.arbitrary.power <- function(x,power=2){ sum(x^power) } rowApply(X,sum.arbitrary.power,power=3) ################################################### ### chunk number 22: ################################################### #line 250 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" Y <- colApply(X,sort,decreasing=TRUE) is(Y,"BufferedMatrix") ################################################### ### chunk number 23: ################################################### #line 261 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" exp(X) log(X) sqrt(X) pow(X,2.0) ################################################### ### chunk number 24: ################################################### #line 269 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" my.function <- function(x){ x^2 +3*abs(x) - 9 } ewApply(X, my.function) ################################################### ### chunk number 25: ################################################### #line 281 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" Z <- as(X,"matrix") class(Z) ################################################### ### chunk number 26: ################################################### #line 287 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" A <- as(Z,"BufferedMatrix") class(A) ################################################### ### chunk number 27: ################################################### #line 295 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" X <- createBufferedMatrix(50,10) X[1:50,] <- 1:500 Y <- as(X,"matrix") my.function <- function(a.matrix){ a.matrix[,1:10] <- a.matrix[,sample(1:10,10)] } X[1:5,] my.function(X) X[1:5,] Y[1:5,] my.function(Y) Y[1:5,] ################################################### ### chunk number 28: ################################################### #line 317 "vignettes/BufferedMatrix/inst/doc/BufferedMatrix.Rnw" X <- createBufferedMatrix(50,10) X[1:50,] <- 1:500 my.function <- function(my.bufmat){ internal.bufmat <- duplicate(my.bufmat) internal.bufmat[,1:10] <- internal.bufmat[,sample(1:10,10)] } X[1:5,] my.function(X) X[1:5,]