################################################### ### chunk number 1: Loading ################################################### #line 57 "vignettes/BeadDataPackR/inst/doc/BeadDataPackR.rnw" library(BeadDataPackR) dataPath <- system.file("extdata", package = "BeadDataPackR") ################################################### ### chunk number 2: Compress eval=FALSE ################################################### ## #line 64 "vignettes/BeadDataPackR/inst/doc/BeadDataPackR.rnw" ## compressBeadData(txtFile = "example.txt", locsGrn = "example_Grn.locs", outputFile = "example.bab", path = dataPath, nBytes = 4, nrow = 326, ncol = 4) ################################################### ### chunk number 3: Decompress eval=FALSE ################################################### ## #line 78 "vignettes/BeadDataPackR/inst/doc/BeadDataPackR.rnw" ## decompressBeadData(inputFile = "example.bab", inputPath = dataPath, outputMask = "restored", outputPath = ".", outputNonDecoded = FALSE, roundValues = TRUE ) ################################################### ### chunk number 4: readCompressed eval=FALSE ################################################### ## #line 92 "vignettes/BeadDataPackR/inst/doc/BeadDataPackR.rnw" ## readCompressedData(inputFile = "example.bab", path = dataPath, probeIDs = c(10008, 10010) ) ################################################### ### chunk number 5: extractLocsFile eval=FALSE ################################################### ## #line 100 "vignettes/BeadDataPackR/inst/doc/BeadDataPackR.rnw" ## locs <- extractLocsFile(inputFile = "example.bab", path = dataPath) ################################################### ### chunk number 6: sessionInfo ################################################### #line 111 "vignettes/BeadDataPackR/inst/doc/BeadDataPackR.rnw" toLatex(sessionInfo())