################################################### ### chunk number 1: ################################################### #line 163 "vignettes/BSgenome/inst/doc/BSgenomeForge.Rnw" library(Biostrings) file <- system.file("extdata", "ce2chrM.fa", package="BSgenome") fasta.info(file) ################################################### ### chunk number 2: ################################################### #line 495 "vignettes/BSgenome/inst/doc/BSgenomeForge.Rnw" library(BSgenome) seed_files <- system.file("extdata", "GentlemanLab", package="BSgenome") list.files(seed_files, pattern="-seed$") rn4_seed <- list.files(seed_files, pattern="rn4", full.names=TRUE) cat(readLines(rn4_seed), sep="\n") ################################################### ### chunk number 3: eval=FALSE ################################################### ## #line 513 "vignettes/BSgenome/inst/doc/BSgenomeForge.Rnw" ## library(BSgenome) ## forgeBSgenomeDataPkg("path/to/my/seed") ################################################### ### chunk number 4: ################################################### #line 546 "vignettes/BSgenome/inst/doc/BSgenomeForge.Rnw" sessionInfo()