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### chunk number 1: 
###################################################
#line 198 "vignettes/BGmix/inst/doc/BGmix.Rnw"
library(BGmix)
data(ybar,ss)


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### chunk number 2: 
###################################################
#line 209 "vignettes/BGmix/inst/doc/BGmix.Rnw"
outdir <- BGmix(ybar, ss, nreps=c(8,8),niter=1000,nburn=1000)


###################################################
### chunk number 3: 
###################################################
#line 236 "vignettes/BGmix/inst/doc/BGmix.Rnw"
params <- ccParams(file=outdir)


###################################################
### chunk number 4: 
###################################################
#line 247 "vignettes/BGmix/inst/doc/BGmix.Rnw"
plotBasic(params,ybar,ss)


###################################################
### chunk number 5: 
###################################################
#line 253 "vignettes/BGmix/inst/doc/BGmix.Rnw"
par(mfrow=c(1,2))
fdr <- calcFDR(params)
plotFDR(fdr)


###################################################
### chunk number 6: 
###################################################
#line 265 "vignettes/BGmix/inst/doc/BGmix.Rnw"
pred <- ccPred(file=outdir)


###################################################
### chunk number 7: 
###################################################
#line 271 "vignettes/BGmix/inst/doc/BGmix.Rnw"
par(mfrow=c(1,2))
hist(pred$pval.ss.mix[,1])
hist(pred$pval.ss.mix[,2])


###################################################
### chunk number 8: 
###################################################
#line 280 "vignettes/BGmix/inst/doc/BGmix.Rnw"
par(mfrow=c(2,3))
plotPredChecks(pred$pval.ybar.mix2,params$pc,probz=0.8)


###################################################
### chunk number 9: 
###################################################
#line 293 "vignettes/BGmix/inst/doc/BGmix.Rnw"
nreps <- c(8,8)
outdir2 <- BGmix(ybar, ss, nreps=nreps, jstar=-1, niter=1000,nburn=1000)
params2 <- ccParams(outdir2)
res2 <-  ccTrace(outdir2)


###################################################
### chunk number 10: 
###################################################
#line 300 "vignettes/BGmix/inst/doc/BGmix.Rnw"
tpp.res <- TailPP(res2, nreps=nreps, params2, p.cut = 0.7, plots  = F)


###################################################
### chunk number 11: 
###################################################
#line 315 "vignettes/BGmix/inst/doc/BGmix.Rnw"
FDR.res <- FDRforTailPP(tpp.res$tpp, a1 = params2$maa[1], a2
= params2$maa[2], n.rep1=nreps[1], n.rep2=nreps[2], p.cut = 0.8)
pi0 <- EstimatePi0(tpp.res$tpp, tpp.res$pp0)


###################################################
### chunk number 12: 
###################################################
#line 325 "vignettes/BGmix/inst/doc/BGmix.Rnw"
par(mfrow=c(1,2))
histTailPP(tpp.res)
FDRplotTailPP(tpp.res)


###################################################
### chunk number 13: 
###################################################
#line 380 "vignettes/BGmix/inst/doc/BGmix.Rnw"
unlink("run.1", recursive=TRUE)
unlink("run.2", recursive=TRUE)