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### chunk number 1: 
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#line 38 "vignettes/ACME/inst/doc/ACME.Rnw"
library(ACME)


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### chunk number 2: 
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#line 46 "vignettes/ACME/inst/doc/ACME.Rnw"
datdir <- system.file('extdata',package='ACME')
fnames <- dir(datdir)
example.agff <- read.resultsGFF(fnames,path=datdir)
example.agff


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### chunk number 3: 
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#line 55 "vignettes/ACME/inst/doc/ACME.Rnw"
calc <- do.aGFF.calc(example.agff,window=1000,thresh=0.95)


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### chunk number 4: 
###################################################
#line 63 "vignettes/ACME/inst/doc/ACME.Rnw"
plot(calc,chrom='chr1',sample=1)


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### chunk number 5: 
###################################################
#line 69 "vignettes/ACME/inst/doc/ACME.Rnw"
regs <- findRegions(calc)
regs[1:5,]


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### chunk number 6: 
###################################################
#line 78 "vignettes/ACME/inst/doc/ACME.Rnw"
# write both calculated values and raw data
write.sgr(calc)
# OR write only calculated data
write.sgr(calc,raw=FALSE)